Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,763,787 | T→C | 12.0% | N42D (AAC→GAC) | PP_2417 ← | iron ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,763,787 | 0 | T | C | 12.0% | 125.1 / 8.1 | 50 | N42D (AAC→GAC) | PP_2417 | iron ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/20); new base C (3/3); total (27/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.22e-01 |
TTGCGCAACATCGCCTGCAGGATGACACCACAGGTGGCCAGCCCGGCGCCACAAGCGGCCGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAGGGTAACAGGCGGATCATCACGGGGCTGCTTTACCGCTGGCG > NC_002947/2763642‑2763931 | ttGCGCAACATCGCCTGCAGGATGACACCACAGGTGGCCAGCCCGGCGCCACAAGCGGCCGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGc < 7:147373/149‑1 (MQ=255) ttGCGCAACATCGCCTGCAGGATGACACCACAGGTGGCCAGCCCGGCGCCACAAGCGGCCGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGc < 3:169965/149‑1 (MQ=255) gcgcAACATCGCCTGCAGGATGACACCACAGGTGGCCAGCCCGGCGCCACAAGCGGCCGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGcc < 4:252953/148‑1 (MQ=255) cgcAACATCGCCTGCAGGATGACACCACAGGTGGCCAGCCCGGCGCCACAAGCGGCCGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCa < 6:259147/148‑1 (MQ=255) aaCATCGCCTGCAGGATGACACCACAGGTGGCCAGCCCGGCGCCACAAGCGGCCGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCAc < 7:26600/149‑1 (MQ=255) tGACACCACAGGTGGCCAGCCCGGCGCCACAAGCGGCCGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTCGGTCAGGTGCTGGCCAACCAc > 1:136816/1‑145 (MQ=255) tGACACCACAGGTGGCCAGCCCGGCGCCACAAGCGGCCGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTCGGTCAGGTGCTGGCCAACCAc < 2:136816/145‑1 (MQ=255) gACACCACAGGTGGCCAGCCCGGCGCCACAAGCGGCCGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTgg > 4:39373/1‑149 (MQ=255) cacaGGTGGCCAGCCCGGCGCCACAAGCGGCCGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGa > 1:2890/1‑148 (MQ=255) caGGTGGCCAGCCCGGCGCCACAAGCGGCCGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAg > 7:80197/1‑149 (MQ=255) gCCCGGCGCCACAAGCGGCCGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCg < 3:39160/149‑1 (MQ=255) gcgcCACAAGCGGCCGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAAt > 2:16120/1‑149 (MQ=255) cacaAGCGGCCGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCt > 4:280061/1‑108 (MQ=255) cacaAGCGGCCGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCt < 3:280061/108‑1 (MQ=255) acaAGCGGCCGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCgg > 3:5450/1‑149 (MQ=255) ccGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTCGGTCAGGTGCTGGCCAACCAcct > 4:25876/1‑109 (MQ=38) ccGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTCGGTCAGGTGCTGGCCAACCAcct > 4:21954/1‑109 (MQ=38) ccGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTCGGTCAGGTGCTGGCCAACCAcct < 3:21954/111‑3 (MQ=38) ccGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTCGGTCAGGTGCTGGCCAACCAcct < 3:25876/111‑3 (MQ=38) aGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGggc > 5:145170/1‑149 (MQ=255) gTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCaa > 4:264701/1‑146 (MQ=255) ggCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCg > 4:155086/1‑149 (MQ=255) gCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCgg > 7:32094/1‑149 (MQ=255) gCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCgg > 2:286769/1‑149 (MQ=255) gCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCgg > 8:172373/1‑149 (MQ=255) gTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTGCCGGCCAGCAGGGAGGCCAACAGAGCGGc > 8:293038/1‑147 (MQ=255) tAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGcc < 2:42827/135‑1 (MQ=255) tAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGATGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGcc > 1:42827/1‑135 (MQ=255) gTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAggg > 7:118245/1‑149 (MQ=255) gTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAgg < 7:172373/148‑1 (MQ=255) gACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACcg < 3:92667/149‑1 (MQ=255) cGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACcgcg < 1:286769/149‑1 (MQ=255) ggCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCaa < 1:143849/92‑1 (MQ=255) ggCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCaa > 2:143849/1‑92 (MQ=255) ggCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAgg < 6:145170/149‑1 (MQ=255) cGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAGGGt < 4:5450/149‑1 (MQ=255) tCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAGGGTAACAgg < 3:155086/149‑1 (MQ=255) gggTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAGGGTAACAggag > 8:9778/1‑147 (MQ=255) ggTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAGGGTAACAGGCgg < 8:118245/149‑1 (MQ=255) cACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAGGGTAACAGGCGGatca > 3:279114/1‑149 (MQ=255) cACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAGGGTAACAGGCGGatca > 3:157527/1‑149 (MQ=255) cACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAGGGTAACAGGCGGatca > 4:128915/1‑149 (MQ=255) cACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAGGGTAACAGGCGGatc < 2:2890/148‑1 (MQ=255) aCCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAGGGTAACAGGCGGatcat > 7:265653/1‑149 (MQ=255) cGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAGGGTAACAGGCGGAtcatca > 3:11592/1‑149 (MQ=255) gcggcTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAGGGTAACAGGCGGATCATCACGGGgct > 6:55416/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAGGGTAACAGGCGGATCATCACGGGGCTGCTTTAc < 8:80197/148‑1 (MQ=255) cacaGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAGGGTAACAGGCGGATCATCACGGGGCTGCTTTACCg > 1:85736/1‑149 (MQ=255) gtggtTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAGGGTAACAGGCGGATCATCACGGGGCTGCTTTACCGCTGGc < 3:39373/149‑1 (MQ=255) tggtTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAGGGTAACAGGCGGATCATCACGGGGCTGCTTTACCGCTGGCg < 8:265653/149‑1 (MQ=255) | TTGCGCAACATCGCCTGCAGGATGACACCACAGGTGGCCAGCCCGGCGCCACAAGCGGCCGCGACCAGGGTGCGGGTCAGGCGGTAGTTCCAGACGATGCCGGCGTCGATCGGGTCCACCGGGTAGGCGGCTTGCCACAGGTGGTTGGCCAGCACCTGACCGACCACGCTGGGCGACAGGTTGGTTTCGCCAATGGCGGTACCGGCCAGCAGGGCGGCCAACAGAGCGGCCAGGGCAACCGCGATGCAGGGTAACAGGCGGATCATCACGGGGCTGCTTTACCGCTGGCG > NC_002947/2763642‑2763931 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |