Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,839,676 | A→T | 7.9% | A73A (GCT→GCA) | PP_5529 ← | epimerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,839,676 | 0 | A | T | 7.9% | 187.9 / 3.8 | 63 | A73A (GCT→GCA) | PP_5529 | epimerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/29); new base T (2/3); total (31/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
TTGTTCCAGTGCAATGACATGCACAAGCCGAGATATACGCTCATAACGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCG > NC_002947/2839529‑2839821 | ttGTTCCAGTGCAATGACATGCACAAGCCGAGATATACGCTCATAACGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAg < 4:274456/149‑1 (MQ=255) ttCCAGTGCAATGACATGCACAAGCCGAGATATACGCTCATAACGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCg > 1:96527/1‑149 (MQ=255) cAGTGCAATGACATGCACAAGCCGAGATATACGCTCATAACGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTATGccagcc < 2:6067/149‑5 (MQ=255) aGTGCAATGACATGCACAAGCCGAGATATACGCTCATAACGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCt > 1:251350/1‑149 (MQ=255) aGTGCAATGACATGCACAAGCCGAGATATACGCTCATAACGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCt > 5:124464/1‑149 (MQ=255) aaTGACATGCACAAGCCGAGATATACGCTCATAACGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTg < 5:126807/145‑1 (MQ=255) aaTGACATGCACAAGCCGAGATATACGCTCATAACGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTg > 6:126807/1‑145 (MQ=255) cacaAGCCGAGATATACGCTCATAACGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTATGCCAGCCCGGCTTACCAGGcgg < 1:59061/149‑3 (MQ=255) cacaAGCCGAGATATACGCTCATAACGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTc > 7:77786/1‑149 (MQ=255) gagaTATACGCTCATAACGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCt < 2:251350/149‑1 (MQ=255) tataCGCTCATAACGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTc < 1:278825/148‑1 (MQ=255) aTAACGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTc < 2:188101/147‑1 (MQ=255) aaCGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTgg < 5:302445/114‑1 (MQ=255) aaCGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTgg > 6:302445/1‑114 (MQ=255) aaCGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTc < 6:25733/137‑1 (MQ=255) aaCGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTc > 5:25733/1‑137 (MQ=255) aCGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAAc > 7:110255/1‑149 (MQ=255) ttGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAg > 7:34535/1‑148 (MQ=255) gtgCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGaa < 4:6275/148‑1 (MQ=255) aCGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGAcc < 4:54031/149‑1 (MQ=255) cgcgTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCt < 5:67447/130‑1 (MQ=255) cgcgTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCt > 6:67447/1‑130 (MQ=255) gcgTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCg > 4:140244/1‑148 (MQ=255) tCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCt > 4:14491/1‑149 (MQ=255) aGTTAGGTGATGTGTCGGTGCGGTCGATTAGATAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGGTGGCTTCTCTTGGAATCGTAGACTGACCGGTccggcg > 8:157833/1‑145 (MQ=255) tAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCtcgat < 8:77786/148‑1 (MQ=255) gTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCt < 8:59302/137‑1 (MQ=255) gTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCt > 7:59302/1‑137 (MQ=255) gATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATgg > 4:191355/1‑149 (MQ=255) aTGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGa < 3:85535/149‑1 (MQ=255) gtgtCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGAc < 8:110255/148‑1 (MQ=255) gtCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCgg > 5:139449/1‑75 (MQ=255) gtCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCgg < 6:139449/75‑1 (MQ=255) tCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTc < 8:34535/149‑1 (MQ=255) ccTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAacac < 6:124464/149‑1 (MQ=255) ttCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCt > 3:202626/1‑149 (MQ=255) ttCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCt > 6:282127/1‑149 (MQ=255) cGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTc < 2:96527/148‑1 (MQ=255) gATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTc > 3:235434/1‑147 (MQ=255) aTTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCAg < 3:14491/149‑1 (MQ=255) aGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCatat > 1:155624/1‑91 (MQ=255) aGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCatat < 2:155624/91‑1 (MQ=255) gAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGAcc < 2:35677/110‑1 (MQ=255) gAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGAcc > 1:35677/1‑110 (MQ=255) aaaaaCTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCACAGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTACAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCACTTGAc > 3:277640/1‑149 (MQ=255) ataaCTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCACGTCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGTCTCGAGCGGCTGTCTTATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCTGTTGAcc < 4:277640/147‑1 (MQ=255) cTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCAGtt < 4:169380/141‑1 (MQ=255) cTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCAGtt > 3:169380/1‑141 (MQ=255) tCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCAGTTGACCGTAg > 6:107117/1‑148 (MQ=255) ggTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCAGTTGACCGTAGa > 2:115443/1‑147 (MQ=255) tACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCAGTTGACCGTAGAAAGc < 2:171144/149‑1 (MQ=255) cGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGAAGGACCTTCCAACACCTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGAc < 3:140244/149‑1 (MQ=255) ccGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACgtgt < 7:157833/149‑1 (MQ=255) gatttAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCAGTTCACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGccc > 4:56902/3‑148 (MQ=255) tttAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTtc > 7:117871/1‑149 (MQ=255) gccgccTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGc < 6:30154/149‑1 (MQ=255) gccTGGTATGCCAGCCCGGCTTACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCgg > 7:62539/1‑148 (MQ=255) gccTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCgg > 6:90762/1‑148 (MQ=255) gccTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGc < 5:90762/149‑1 (MQ=255) ccTGGTATGCCAGCCCGGCTTACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCt > 3:23693/1‑72 (MQ=25) ccTGGTATGCCAGCCCGGCTTACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCt < 4:23693/72‑1 (MQ=25) gTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAgg < 7:8406/147‑1 (MQ=255) gTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTACAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGgcg > 2:274593/1‑149 (MQ=255) | TTGTTCCAGTGCAATGACATGCACAAGCCGAGATATACGCTCATAACGACTTGTGCACGCGTGTCAGTTAGGTGATGTGTCGGTGCCTTCGATTAGAAAAACTCGGTACTCCGCACCGGAGAGACGATGCTTTAGCGCCGCCTGGTAAGCCGGGCTGGCATACCAGGCTCGAGCGGCTGTCATATCTTCGAAACGTAGAATGACCGCTCCCTCGATCGATGGACCTTCCAACACCTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCG > NC_002947/2839529‑2839821 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |