Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,881,737 | C→A | 10.6% | R92L (CGG→CTG) | PP_2536 ← | glutathione S‑transferase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,881,737 | 0 | C | A | 10.6% | 132.5 / 3.9 | 45 | R92L (CGG→CTG) | PP_2536 | glutathione S‑transferase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/20); new base A (3/2); total (23/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCGCATGTAGCGTGACCACTCGGCACAACCGGCAGCCAGTGCTTGCGGGTCCTGGTGAGCGGGCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAGGTGAAGTCGCCGTCCTGGATCACCGGAATCATGGCGTTGGGGTTCAGCGCGA > NC_002947/2881592‑2881878 | gcgcATGTAGCGTGACCACTCGGCACAACCGGCAGCCAGTGCTTGCGGGTCCTGGTGAGCGGGCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATccgcg > 2:133488/1‑149 (MQ=255) gcATGTAGCGTGACCACTCGGCACAACCGGCAGCCAGTGCTTGCGGGTCCTGGTGAGCGGGCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATccgcgcc > 2:295172/1‑149 (MQ=255) gTGACCACTCGGCACAACCGGCAGCCAGTGCTTGCGGGTCCTGGTGAGCGGGCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTgg < 2:5648/149‑1 (MQ=255) tGACCACTCGGCACAACCGGCAGCCAGTGCTTGCGGGTCCTGGTGAGCGGGCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATccgcgcccgc > 5:141337/1‑142 (MQ=255) tGACCACTCGGCACAACCGGCAGCCAGTGCTTGCGGGTCCTGGTGAGCGGGCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATccgcgcccgc < 6:141337/142‑1 (MQ=255) tCGGCACAACCGGCAGCCAGTGCTTGCGGGTCCTGGTGAGCGGGCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑cc > 8:175490/1‑149 (MQ=255) cacaACCGGCAGCCAGTGCTTGCGGGTCCTGGTGAGCGGGCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCAGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGa > 3:69738/1‑149 (MQ=255) cacaACCGGCAGCCAGTGCTTGCGGGTCCTGGTGAGCGGGCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCAGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑ACggg > 3:73909/1‑148 (MQ=255) gCAGCCAGTGCTTGCGGGTCCTGGTGAGCGGGCCATTGCCTGACAAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCATGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAAcgc > 1:203469/1‑149 (MQ=255) ccAGTGCTTGCGGGTCCTGGTGAGCGGGCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTg > 2:30721/1‑149 (MQ=255) aGTGCTTGCGGGTCCTGGTGAGCGGGCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGgc > 5:68860/1‑149 (MQ=255) ggTCCTGGTGAGCGGGCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCgg > 2:230744/1‑149 (MQ=255) ggTCCTGGTGAGCGGGCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCAGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCgg < 4:69738/149‑1 (MQ=255) ggTACTGGTGAGCGGGCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCAGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCgg < 4:73909/149‑1 (MQ=255) tCCTGGTGAGCGGGCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCt > 8:112302/1‑149 (MQ=255) cGGGCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTaa > 2:251185/1‑149 (MQ=255) gggCGAATGCCTGACCAGCGAAATGAAAGCGTAGCTCCATTAGCCGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATAAGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACTCGATGGAGCCGTAGCGGCTGGACAGGTAAc > 7:270142/1‑149 (MQ=255) ggCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACg > 7:19632/1‑149 (MQ=255) aTGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGgatga < 1:30721/149‑1 (MQ=255) aTGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGgatga < 1:133488/149‑1 (MQ=255) ccTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCGCCCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGatgatg < 1:230744/149‑1 (MQ=255) ccTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGatgatg < 1:295172/148‑1 (MQ=255) ccTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTCGCGACGTAGAGGCTGGTCAGGTAACGGATGATGc > 4:113222/1‑149 (MQ=255) aCCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTAtt < 7:112302/149‑1 (MQ=255) aCCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTAtt < 6:68860/149‑1 (MQ=255) aGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGa < 8:19632/149‑1 (MQ=255) gACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTc < 2:203469/149‑1 (MQ=255) tGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCca > 3:178979/1‑148 (MQ=255) gAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAAc < 2:85854/125‑1 (MQ=255) gAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAAc > 1:85854/1‑125 (MQ=255) aCGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGTCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAg < 3:113222/149‑1 (MQ=255) aCGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAg < 7:175490/149‑1 (MQ=255) gCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAGGTGAAGTCGCCGTCCt < 4:178979/149‑1 (MQ=255) gTTCAGGTCCGAGGCGTGCCAGTCGTTCCACTGGTCGATGCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAGGTGAAGTCGCCGTCCTGGa < 7:272459/149‑1 (MQ=255) gTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAGGTGAAGTCGCCGTCCTGGa > 2:137290/1‑149 (MQ=255) cTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAGGTGAAGTCGCCGTCCTGGATCACCGGAATCATgg > 1:256318/1‑149 (MQ=255) ccAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAGGTGAAGTCGCCGTCCTGGATCACCGGAATCATGGCGt > 5:56223/1‑149 (MQ=255) aGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACCCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAGGTGAAGTCGCCGTCCTGGATCACCGGAATCATGGCGTTg < 1:251185/149‑1 (MQ=255) gTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAGGTGAAGTCGCCGTCCTGGATCACCGGAATCATGGCGTTgg < 1:137290/149‑1 (MQ=255) gTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAGGTGAAGTCGCCGTCCTGGATCACCGGAATCATGGCGTTgg < 6:56223/149‑1 (MQ=255) gATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTg < 4:220969/94‑1 (MQ=255) gATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTg > 3:220969/1‑94 (MQ=255) tCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAGGTGAAGTCGCCGTCCTGGATCACCGGAATc > 7:2063/1‑134 (MQ=255) tCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAAGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAGGTGAAGTCGCCGTCCTGGATCACCGGAATc < 8:2063/134‑1 (MQ=255) ccACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAGGTGAAGTCGCCGTCCTGGATCACCGGAATCATGGCGTTGGGGtt > 8:279568/1‑147 (MQ=255) gTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAGTTGAAGTCGCCGTCCTGGATCACCGGAATCATGGCGTTGGGGTTCAGCGCGa < 6:78341/149‑1 (MQ=255) gTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAGGTGAAGTCGCCGTCCTGGATCACCGGAATCATGGCGTTGGGGTTCAgcgc > 5:78341/1‑147 (MQ=255) gTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAGGTGAAGTCGCCGTCCTGGATCACCGGAATCATGGCGTTGGGGTTCAgcgc > 3:43480/1‑147 (MQ=255) gTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAGGTGAAGTCGCCGTCCTGGATCACCGGAATCATGGCGTTGGGGTTCAgcgc > 2:299690/1‑147 (MQ=255) | GCGCATGTAGCGTGACCACTCGGCACAACCGGCAGCCAGTGCTTGCGGGTCCTGGTGAGCGGGCGAATGCCTGACCAGCGACATGAACGCGTAGCTCCATGAGCGGTTCAGGTCCGAGGCCTGCCAGTCGATCCACTGGTCGATCCGCGCCCGCGCCTGGGCCTCG‑CCGGGATAGAACGCGGTGGCGCCGTAGCGGCTGGCCAGGTAACGGATGATGCTATTGGATTCCCACAAGGTGAAGTCGCCGTCCTGGATCACCGGAATCATGGCGTTGGGGTTCAGCGCGA > NC_002947/2881592‑2881878 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |