Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,970,885 | C→T | 10.5% | I408I (ATC→ATT) | PP_2599 → | chemotaxis sensory transducer family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,970,885 | 0 | C | T | 10.5% | 97.2 / 3.6 | 38 | I408I (ATC→ATT) | PP_2599 | chemotaxis sensory transducer family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/17); new base T (2/2); total (19/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
GAGCGGGTGGGCGAGGCATTTCGGCGCTTTGTCGAGGAGCTGTCCGGTGTGGCTGCAGTGGCCATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGCAGTGGCAGCCGACAGCGGTCCGTTCGCCAGCTTCAGCATGACCGAGGCAGAGCGGTACGAGTTCCGTGTGG > NC_002947/2970748‑2971030 | gAGCGGGTGGGCGAGGCATTTCGGCGCTTTGTCGAGGAGCTGTCCGGTGTGGCTGCAGTGGCCATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAagag > 5:259670/1‑149 (MQ=255) gTGGGCGAGGCATTTCGGCGCTTTGTCGAGGAGCTGTCCGGTGTGGCTGCAGTGGCCATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCta > 5:196253/1‑149 (MQ=255) ggCATTTCGGCGCTTTGTCGAGGAGCTGTCCGGTGTGGCTGCAGTGGCCATCGCAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTg < 4:191374/149‑1 (MQ=255) aTTTCGGCGCTTTGTCGAGGAGCTGTCCGGTGTGGCTGCAGTGGCCATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCAAAGAGCCCCTATACCGGTGGc > 6:60844/1‑148 (MQ=255) ctcTTTGTCGAGGAGCTGTCCGGTGTGGCTGCAGTGGCCATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGa < 6:196253/147‑1 (MQ=255) gcTTTGTCGAGGAGCTGTCCGGTGTGGCTGCAGTGGCCATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGc > 5:262331/1‑140 (MQ=255) gcTTTGTCGAGGAGCTGTCCGGTGTGGCTGCAGTGGCCATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGc < 6:262331/140‑1 (MQ=255) cTTTGTCGAGGAGCTGTCCGGTGTGGCTGCAGTGGCCATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGc > 8:15169/1‑149 (MQ=255) cTTTGTCGAGGAGCTGTCCGGTGTGGCTGCAGTGGCCATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTCGCCACTGCGAGc > 8:102368/1‑149 (MQ=255) tGTCGAGGAGCTGTCCGGTGTGGCTGCAGTGGCCATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCg < 6:259670/147‑1 (MQ=255) gaggagCTGTCCGGTGTGGCTGCAGTGGCCATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGcc > 7:66322/1‑149 (MQ=255) ggagCTGTCCGGTGTGGCTGCAGTGGCCATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCt > 5:117368/1‑148 (MQ=255) gCTGTCCGGTGTGGCTGCAGTGGCCATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGc > 8:159798/1‑149 (MQ=255) tCCGGTGTGGCTGCAGTGGCCATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTg < 8:183398/147‑1 (MQ=255) tCCGGTGTGGCTGCAGTGGCCATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGgc > 3:113160/1‑149 (MQ=255) ccATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAg < 6:117368/149‑1 (MQ=255) ccATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAg > 3:213190/1‑149 (MQ=255) aTCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGt > 4:279612/1‑99 (MQ=255) aTCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGt < 3:279612/99‑1 (MQ=255) tCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAgg > 8:68278/1‑147 (MQ=255) gAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGCAGt < 8:66322/149‑1 (MQ=255) aaCCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGCAGTgg < 7:159798/149‑1 (MQ=255) cAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCa < 6:150040/134‑1 (MQ=255) gTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGCAGTGGCAGCCGa > 6:173789/1‑147 (MQ=255) gTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGCAGTGGCAGCCGACa < 5:173789/149‑1 (MQ=255) tCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGCAGTGGCAGCCGACAGCGGt < 4:213190/149‑1 (MQ=255) cGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGCAGTGGCAGCCGACAGCGGTCCGTTCGCCAGCTTCAGCATGACCg < 4:113160/149‑1 (MQ=255) ccATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGCAGTGGCAGCCGACAGCGGTCCGTTCGCCAGCTTCAGCATGACCGAg < 3:162213/149‑1 (MQ=255) aaGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGCAGTGGCAGCCGACAGCGGTCCGTTCGCCAGCTTCAGCATGACCGAGGCAGAGCg < 7:102368/149‑1 (MQ=255) gCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCATCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGCAGTGGCAGCCGACAGCGGTCCGTTCGCCAGCTTCAGCATGACCGAGGCAGAGCGGTACGAg < 5:60844/147‑1 (MQ=255) gCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGc < 4:98312/80‑1 (MQ=255) gCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGc > 3:98312/1‑80 (MQ=255) gCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGCAGTGGCAGCCGACAGCGGTCCGTTCGCCAGCTTCAGCATGACCGAGGCAGAGCGGTACGAGTTCCgtgt > 1:162008/1‑149 (MQ=255) cATTGATGCCAAGAGCTCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGCAGTGGCAGCCGACAGCGGTCCGTTCGCCAGCTTCAGCATGACCGAGGCAGAGCGGTACGAGTTCCg < 7:150978/144‑1 (MQ=255) cATTGATGCCAAGAGCTCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGCAGTGGCAGCCGACAGCGGTCCGTTCGCCAGCTTCAGCATGACCGAGGCAGAGCGGTACGAGTTCCg > 8:150978/1‑144 (MQ=255) cATTGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGCAGTGGCAGCCGACAGCGGTCCGTTCGCCAGCTTCAGCATGACCGAGGCAGAGCGGTACGAGTTCCg > 4:48548/1‑144 (MQ=255) cATTGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGCAGTGGCAGCCGACAGCGGTCCGTTCGCCAGCTTCAGCATGACCGAGGCAGAGCGGTACGAGTTCCg < 3:48548/144‑1 (MQ=255) aTCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGCAGTGGCAGCCGACAGCGGTCCGTTCGCCAGCTTCAGCATGACCGAGGCAGAGCGGTACGAGTTCCGTGTgg > 5:204190/1‑148 (MQ=255) | GAGCGGGTGGGCGAGGCATTTCGGCGCTTTGTCGAGGAGCTGTCCGGTGTGGCTGCAGTGGCCATCGAAACCCGCCAGTTGGTCGAAGCCCAGCAACGCCTGCTGGACGCCATGATCAAGCTGCTGGCAGACGCCATCGATGCCAAGAGCCCCTATACCGGTGGCCACTGCGAGCGGGTGCCTCAGCTGGCGCAGATGCTGCTGGATCAGGCAGTGGCAGCCGACAGCGGTCCGTTCGCCAGCTTCAGCATGACCGAGGCAGAGCGGTACGAGTTCCGTGTGG > NC_002947/2970748‑2971030 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |