Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,977,238 | A→G | 8.0% | Y373H (TAC→CAC) | PP_2604 ← | major facilitator family transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,977,238 | 0 | A | G | 8.0% | 140.4 / 3.1 | 50 | Y373H (TAC→CAC) | PP_2604 | major facilitator family transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/20); new base G (2/2); total (28/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
ATGGCCGGGATCATGGTAAACAGCACGGCATAGTTGTTGTTGGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTGGCGTTGGCAGCAAAGATGACGCTGAGCATGGTGCAGGCAAAGATCAGCATGGACAC > NC_002947/2977090‑2977385 | aTGGCCGGGATCATGGTAAACAGCACGGCATAGTTGTTGTTGGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGTGTGTGTa > 8:281718/1‑149 (MQ=255) tGGCCGGGATCATGGTAAACAGCACGGCATAGTTGTTGTTGGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAg > 6:258620/1‑149 (MQ=255) tGGCCGGGATCATGGTAAACAGCACGGCATAGTTGTTGTTGGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAg > 2:195883/1‑149 (MQ=255) gCCGGGATCATGGTAAACAGCACGGCATAGTTGTTGTTGGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTc < 1:195883/149‑1 (MQ=255) tGGTAAACAGCACGGCATAGTTGTTGTTGGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAgg > 7:41480/1‑149 (MQ=255) aaCAGCACGGCATAGTTGTTGTTGGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTc > 4:287009/1‑134 (MQ=255) aaCAGCACGGCATAGTTGTTGTTGGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTc < 3:287009/134‑1 (MQ=255) aaCAGCACGGCATAGTTGTTGTTGGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTcc < 7:281718/148‑1 (MQ=255) aaCAGCACGGCATAGTTGTTGTTGGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCa < 8:41480/149‑1 (MQ=255) cGGCATAGTTGTTGTTGGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTc < 1:191315/149‑1 (MQ=255) cATAGTTGTTGTTGGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTGGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGcc > 6:186961/1‑149 (MQ=255) cATAGTTGTTGTTGGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTGGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGcc > 6:182640/1‑149 (MQ=255) aTAGTTGTTGTTGGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCg < 1:32433/149‑1 (MQ=255) gttgttgttGGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTc > 1:261/1‑148 (MQ=255) gttgGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCt > 7:129823/1‑149 (MQ=255) ttgGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCt < 1:270862/148‑1 (MQ=255) ttgGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTg > 7:179424/1‑149 (MQ=255) ttgGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGCAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCt < 7:186498/148‑1 (MQ=255) ttgGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAACACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTg > 2:266415/1‑149 (MQ=255) gTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTg > 4:145600/1‑149 (MQ=255) gTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGcc > 8:80295/1‑149 (MQ=255) gTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGcc > 3:108513/1‑149 (MQ=255) aGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTAc < 2:103857/149‑1 (MQ=255) gCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGa < 4:108513/149‑1 (MQ=255) cGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTGGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGgcc < 5:182640/145‑1 (MQ=255) cGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTGGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGgcc < 5:186961/145‑1 (MQ=255) aTGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACcgc > 2:132926/1‑149 (MQ=255) aTGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACcg < 7:80295/148‑1 (MQ=255) aaCATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGGTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGGCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGAc < 8:179424/149‑1 (MQ=255) aCATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGAcc > 4:1014/1‑149 (MQ=255) aTCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCca > 7:289543/1‑149 (MQ=255) ccGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCcaca < 3:145600/148‑1 (MQ=255) cGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGt > 2:305982/1‑149 (MQ=255) ttGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTg < 8:129823/149‑1 (MQ=255) gCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTGGCGtt > 6:29964/1‑149 (MQ=255) acacaTGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTgcgc < 2:20253/96‑1 (MQ=255) acacaTGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTgcgc > 1:20253/1‑96 (MQ=255) cacaTGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTGGCGTTGgc < 5:258620/149‑1 (MQ=255) tgcCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTGGCGTTGgcagca > 6:148519/1‑146 (MQ=255) ccgaagccgaaTACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTGGCGTTGGCAGCAAAg < 3:1014/147‑1 (MQ=255) aagccgaaTACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTGGCGTTGGCAGCAAAGATGAc > 2:20911/1‑149 (MQ=255) agccgaaTACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTGGCGTTGGCAGCAAAGATGACg > 6:222816/1‑149 (MQ=255) gaaTACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTGGCGTTGGCAGCAAAGATGACGCt > 3:213388/1‑147 (MQ=255) tGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTGGCGTTGGCAGCAAAGATGACGCTGAGCATGGTg < 1:20911/149‑1 (MQ=255) aCCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTGGCGTTGGCAGCAAAGATGACGCTGAGCATGGTGCAg < 5:29964/147‑1 (MQ=255) ccAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTGGCGTTGGCAGCAAAGATGACGCTGAGCATGGTGCAGGc > 6:110186/1‑148 (MQ=255) gCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTGGCGTTGGCAGCAAAGATGACGCTGAGCATg < 2:33372/134‑1 (MQ=255) gCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTGGCGTTGGCAGCAAAGATGACGCTGAGCATg > 1:33372/1‑134 (MQ=255) gCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACAGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTGGCGTTGGCAGCAAAGATGACGCTGAGCATGGTGCAGGCAAAGAt > 5:213141/1‑148 (MQ=255) gggTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTGGCGTTGGCAGCAAAGATGACGCTGAGCATGGTGCAGGCAAAGATCAGCa > 8:163232/1‑149 (MQ=255) tAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTGGCGTTGGCAGCAAAGATGACGCTGAGCATGGTGCAGGCAAAGATCAGCATGGacac > 3:13891/1‑149 (MQ=255) | ATGGCCGGGATCATGGTAAACAGCACGGCATAGTTGTTGTTGGTAGCGGTCAGCACGCTGCCGACAATCTGCGTCATGAACATCCCGCCAATTGCCGCACACATGCTGCCGAAGCCGAATACGGTGCTCACCAGATGCTTGGGTGTGTAGTCCATCACCAGGCTCCAGATATTCGCCGTCCACGCCTGGTGCGCGCCTACCGCGATCGAGATGGCCGCCACCGCGACCCACAGTCCACTGGCGTTGGCAGCAAAGATGACGCTGAGCATGGTGCAGGCAAAGATCAGCATGGACAC > NC_002947/2977090‑2977385 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |