| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,020,294 | G→A | 12.5% | A278T (GCA→ACA) | PP_2638 → | cellulose synthase operon protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,020,294 | 0 | G | A | 12.5% | 75.9 / 3.1 | 32 | A278T (GCA→ACA) | PP_2638 | cellulose synthase operon protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/16); new base A (2/2); total (14/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.74e-01 | |||||||||||
AGCCGTGAGTGCCACCAGCGCGGCAGCCTGGCAAGCCTTTCTTCAGCGTTACCCGGCTTCGCCGTTGCTGGCACAGGCCAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCATGGGGCCCTGGGTTATGCGTTGATGCGCCAGGGCCGCCATGAAGACGCCCATGCGGC > NC_002947/3020146‑3020436 | aGCCGTGAGTGCCACCAGCGCGGCAGCCTGGCAAGCCTTTCTTCAGCGTTACCCGGCTTCGCCGTTGCTGGCACAGGCCAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAgg < 8:264704/149‑1 (MQ=255) ccGTGAGTGCCACCAGCGCGGCAGCCTGGCAAGCCTTTCTTCAGCGTTACCCGGCTTCGCCGTTGCTGGCACAGGCCAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCa > 3:97033/1‑149 (MQ=255) aGTGCCACCAGCGCGGCAGCCTGGCAAGCCTTTCTTCAGCGTTACCCGGCTTCGCCGTTGCTGGCACAGGCCAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCt > 4:46645/1‑149 (MQ=255) ccacccGCCCGGCAGCCTGGCACGCCTTTCTTCCGCGTTACCGGGCTTCGCCGTTGCTGGCACAGGCCAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGAc < 4:31952/149‑1 (MQ=255) caccaGCGCGGCAGCCTGGCAAGCCTTTCTTCAGCGTTACCCGGCTTCGCCGTTGCTGGCACAGGCCAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGAc > 8:91200/1‑148 (MQ=255) ccGGCTTCGCCGTTGCTGGCACAGGCCAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCcgcg > 1:233473/1‑148 (MQ=255) ccGGCTTCGCCGTTGCTGGCACAGGCCAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCcgcg > 6:297553/1‑148 (MQ=255) cTTCGCCGTTGCTGGCACAGGCCAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTg < 3:46645/149‑1 (MQ=255) cGCCGTTGCTGGCACAGGCCAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTgcgc > 4:192698/1‑149 (MQ=255) gCCGTTGCTGGCACAGGCCAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTgcgc < 5:185242/148‑1 (MQ=255) ccGTTGCTGGCACAGGCCAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTgcgc > 1:64621/1‑147 (MQ=255) ccGTTGCTGGCACAGGCCAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCa < 5:92094/149‑1 (MQ=255) ccGTTGCTGGCACAGGCCAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCa < 2:233473/149‑1 (MQ=255) ttGCTGGCACAGGCCAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTa > 7:256102/1‑149 (MQ=255) ccAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGACATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGcc > 3:184571/1‑149 (MQ=255) ccAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGACATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGc > 3:188298/1‑148 (MQ=255) ccTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCAt < 3:192698/149‑1 (MQ=255) aaCAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCATGGGGcc > 7:202316/1‑149 (MQ=255) agcttgcgctgctGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCATGGGGCCCTGGGt < 7:84984/142‑1 (MQ=255) cAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCATGGGGCCCTGGGTTATg < 4:97033/149‑1 (MQ=255) gctgctGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCATGGGGCCCTGGGTTATGCGt < 7:91200/149‑1 (MQ=255) ctgctgGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCATGGGGCCCTGGGTTa < 3:31496/143‑1 (MQ=255) ctgctgGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCATGGGGCCCTGGGTTa > 4:31496/1‑143 (MQ=255) ctgGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCATGGGGCCCTGGGTTATGCGTTGAt < 2:64621/149‑1 (MQ=255) gCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCATGGGGCCCTGGGTTATGCGTTGATGCGCCAgg < 5:226532/145‑1 (MQ=255) gCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAACCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCATGGGGCCCTGGGTTATGCGTTGATGCGCCAgg > 6:226532/1‑145 (MQ=255) aTGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGACATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCATGGGGCCCTGGGTTATGCGTTGATGCGCCAGGgccgcc < 4:188298/149‑1 (MQ=255) aTGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGACATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCATGGGGCCCTGGGTTATGCGTTGATGCGCCAGGgccgcc < 4:184571/149‑1 (MQ=255) tGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCATGGGGCCCTGGGTTATGCGTTGATGCGCCAGGGCCGCCa < 4:129117/149‑1 (MQ=255) cAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCATGGGGCCCTGGGTTATGCGTTGATGCGCCAGGGCCGCCATGa < 7:176150/149‑1 (MQ=255) aGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCAt < 3:211244/107‑1 (MQ=255) aGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCAt > 4:211244/1‑107 (MQ=255) ggTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCATGGGGCCCTGGGTTATGCGTTGATGCGCCAGGGCCGCCATGAAGACGCCCATgcggc < 8:219319/149‑1 (MQ=255) | AGCCGTGAGTGCCACCAGCGCGGCAGCCTGGCAAGCCTTTCTTCAGCGTTACCCGGCTTCGCCGTTGCTGGCACAGGCCAGCGAGACCTTGCAACAGCAGCGCAAGCTGCTGGCCGACCCGGCATGGCAGGCCGGTCAACGGGGTAAGGCATTGCTCGACAAGGGCCTTAATGCCGAAGCGGAAACGCAGCTGCGCCGCGCACTGCGCCAGTACCCGGGCGATGCCAGCCTGCATGGGGCCCTGGGTTATGCGTTGATGCGCCAGGGCCGCCATGAAGACGCCCATGCGGC > NC_002947/3020146‑3020436 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |