Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,173,788 | G→C | 9.7% | intergenic (+9/‑42) | PP_2785 → / → PP_2786 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,173,788 | 0 | G | C | 9.7% | 121.0 / 2.3 | 41 | intergenic (+9/‑42) | PP_2785/PP_2786 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/19); new base C (2/2); total (20/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
TCACCTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACACGCACGGCCGACGACATCATTC > NC_002947/3173649‑3173926 | tCACCTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGtgtg > 2:191219/1‑149 (MQ=255) cACCTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACGCCGGTGCGGTGTGc > 7:26313/1‑149 (MQ=255) cTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACGCCGGTGCGGTGTGCGaa < 8:26313/149‑1 (MQ=255) cTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGCACCGGtgtggt < 8:179895/147‑3 (MQ=255) cTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCAAACCGCACCGGtgtggt > 7:179895/1‑145 (MQ=255) cTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTACGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTCCGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGaa > 3:182035/1‑149 (MQ=255) tACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAAc > 8:201095/1‑149 (MQ=255) aCAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAAc > 3:251208/1‑148 (MQ=255) cAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCa < 1:54424/149‑1 (MQ=255) cAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCa < 3:123685/149‑1 (MQ=255) aaCCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACt < 5:183313/149‑1 (MQ=255) ggTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCaaa < 1:191219/149‑1 (MQ=255) ggTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCaaa < 7:205762/149‑1 (MQ=255) gCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGACAGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACAACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGaa > 7:81145/1‑147 (MQ=255) cTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGCACCGGtgtggtca > 1:184529/1‑126 (MQ=255) cTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGCACCGGtgtggtca < 2:184529/130‑5 (MQ=255) gTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCTGCAAGACCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCAGGTTATCTGTTCTGACCCCACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAAt > 7:285252/1‑149 (MQ=255) gggCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGcc < 7:118480/149‑1 (MQ=255) aaGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGc < 7:65950/149‑1 (MQ=255) aTGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCt > 4:265849/1‑149 (MQ=255) ttcttcGGCAAGCCCGACCGCGAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGAGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCTGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCaa < 8:81145/148‑1 (MQ=255) cttgGGCAAGCCCGAGCGCCAGTTCGGTGCGTACGTCAACCGCGATGAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTAATCTGTTCTGACCAGACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGTAATCGCCTTGTTGCCCATCTTCAAGa < 4:251208/148‑1 (MQ=255) cttcGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGAc > 7:203654/1‑149 (MQ=255) cGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAg < 6:31140/117‑1 (MQ=255) cGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAg > 5:31140/1‑117 (MQ=255) ccAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCAct > 5:29732/1‑149 (MQ=255) gTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTTTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGa < 7:201095/149‑1 (MQ=255) cGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGTTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAgc < 7:280731/148‑1 (MQ=255) tACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGcgcc > 6:34181/1‑149 (MQ=255) gACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCt > 4:230343/1‑149 (MQ=255) tGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCt > 3:59218/1‑148 (MQ=255) gcTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGaaa < 8:203654/149‑1 (MQ=255) ccgccgGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAAcacgc < 3:230343/148‑1 (MQ=255) ccgGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGAGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACAAGCACgg > 1:72396/1‑149 (MQ=255) cgGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACACGCACGGc < 6:29732/149‑1 (MQ=255) ggTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACACGCACGGcc > 1:157673/1‑149 (MQ=255) gTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCACGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACACGCACGGCCGACGAcat > 8:58894/1‑149 (MQ=255) ttCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACACGCACGGCCGACGAca < 4:59218/147‑1 (MQ=255) aCCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAATTCGCCATGTTGCCCATGTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACACGCACGGCCGACGACATCATTc < 4:182035/148‑1 (MQ=255) cacaCCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAac < 5:64920/123‑1 (MQ=255) cacaCCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAac > 6:64920/1‑123 (MQ=255) | TCACCTACAAACCGGTGGACTGGCTCAAGTTGGGGCTCGAAGTCGATGTGTTCTTCGGCAAGCCCGACCGCCAGTTCGGTGCGTACGACAACCGCGATCAGGTGCGCTTGTCCGCCGGTTATCTGTTCTGACCACACCGGTGCGGTGTGCGAACCACTCAAACAATGAAAAGGAAATCGCCATGTTGCCCATCTTCAAGACCCTGACTGTAAGCGCACTGCTGTTGAGCGCCGCTGCCGCCATGGCAGCTGAAACACGCACGGCCGACGACATCATTC > NC_002947/3173649‑3173926 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |