Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,190,795 | G→A | 10.2% | Q402* (CAG→TAG) | PP_2800 ← | diaminobutyrate‑2‑oxoglutarate transaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,190,795 | 0 | G | A | 10.2% | 104.3 / 2.5 | 39 | Q402* (CAG→TAG) | PP_2800 | diaminobutyrate‑2‑oxoglutarate transaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/16); new base A (2/2); total (21/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAACGCGCTGCTGGGCATCCTTGGCCAAGGCCACGTTGCCGCGGCCGAAATCGATG > NC_002947/3190651‑3190943 | ggCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTc < 7:239228/148‑1 (MQ=255) tCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGc > 8:76521/1‑149 (MQ=255) gTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTggt > 5:16459/1‑149 (MQ=255) gTTCCTGTCGCAGGGCGAGGCTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTggt > 3:230819/1‑149 (MQ=255) tCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGtcggtcgg > 2:103807/1‑149 (MQ=255) cGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCa < 6:16459/149‑1 (MQ=255) cccGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCTGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTGAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGGCGGGGTGTTCTCCggcggc < 2:62419/148‑1 (MQ=255) cccGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCa > 1:100824/1‑149 (MQ=255) ccGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCAt > 5:211803/1‑149 (MQ=255) ccGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCAt > 2:131991/1‑149 (MQ=255) gTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCtt > 4:137095/1‑149 (MQ=255) tGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTtg < 6:211803/149‑1 (MQ=255) aGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTtgat < 1:103807/149‑1 (MQ=255) cccAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCgg < 1:131991/149‑1 (MQ=255) cGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCg > 6:250851/1‑149 (MQ=255) gCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACcggc < 2:228164/110‑1 (MQ=255) gCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACcggc > 1:228164/1‑110 (MQ=255) gCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCgg > 7:82463/1‑149 (MQ=255) cTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTATTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGt > 1:70537/1‑149 (MQ=255) ggTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGAcc < 6:176769/149‑1 (MQ=255) cTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGccc > 7:203232/1‑149 (MQ=255) aCCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGCCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCtt < 1:175869/149‑1 (MQ=255) cTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTATTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAACgcgc < 2:70537/148‑1 (MQ=255) gCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGCAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAACGCgctgct > 8:229229/1‑149 (MQ=255) gAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAACGCGCTGCTgg < 5:250851/149‑1 (MQ=255) ccGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAACGCGCTGCTGGGCATCCTTg < 7:76521/149‑1 (MQ=255) gcgACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAACGCGCTGCTGGGCATCCTTGGc > 3:34442/1‑149 (MQ=255) cgACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCa < 6:218536/123‑1 (MQ=255) cgACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCa > 5:218536/1‑123 (MQ=255) gACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAACGCGCTGCTGGGCATCCTTGGcc > 4:39358/1‑148 (MQ=255) ccTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAACGCGCTGCTGGGCATCCTTGGCCAAGGc > 2:72666/1‑148 (MQ=255) cTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAAcgcg < 6:59953/123‑1 (MQ=255) cTCGCCGAAGGCGTTCAGCCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAAcgcg > 5:59953/1‑123 (MQ=255) cGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAACGCGCTGCTGGGCATCCTTGGCCAAGGCCACGTTGCCGCgg > 1:297159/1‑149 (MQ=255) cGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAACGCGCTGCTGGGCATCCTTGGCCAAGGCCACGTTGCCGCgg < 2:100824/149‑1 (MQ=255) ggCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAACGCGCTGCTGGGCATCCTTGGCCAAGGCCACGTTGCCGCGGCCGaaa < 4:34442/149‑1 (MQ=255) ggCCCTATTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAACGCGCTGCTGGGCATCCTTGGCCAAGGCCACGTTGCCGCGGc < 4:121758/144‑1 (MQ=255) ggCCCTATTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAACGCGCTGCTGGGCATCCTTGGCCAAGGCCACGTTGCCGCGGc > 3:121758/1‑144 (MQ=255) gCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAACGCGCTGCTGGGCATCCTTGGCCAAGGCCACGTTGCCGCGGCCGAAAt < 3:137095/149‑1 (MQ=255) gTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAACGCGCTGCTGGGCATCCTTGGCCAAGGCCACGTTGCCGCGGACGAAATCGATg > 1:157244/1‑149 (MQ=255) | GGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAGCACGCCCGCTTGCAGAACGCGCTGCTGGGCATCCTTGGCCAAGGCCACGTTGCCGCGGCCGAAATCGATG > NC_002947/3190651‑3190943 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |