Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,333,428 | C→T | 7.0% | P126P (CCG→CCA) | PP_2931 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,333,428 | 0 | C | T | 7.0% | 167.0 / 2.5 | 57 | P126P (CCG→CCA) | PP_2931 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/23); new base T (2/2); total (32/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 |
GGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCGGCCGAGGCCTGCATCAGTGCCTTGAAACCCTGGTCC > NC_002947/3333280‑3333572 | gggCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAAc < 3:6490/149‑1 (MQ=255) gggCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAAc < 2:260445/149‑1 (MQ=255) gCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGctgctg > 6:46107/1‑145 (MQ=255) gCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGctgctg < 5:46107/145‑1 (MQ=255) gCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑c < 3:259969/149‑1 (MQ=255) gCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑c > 2:52948/1‑149 (MQ=255) atcaGCACCCCCATGGCCGCACCTGCCTTGACCGCACGTATGCCCCCCCGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTCTTGACGCACAGGCGGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGaa < 6:246882/149‑1 (MQ=255) gcagcTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑tt > 8:280780/1‑149 (MQ=255) cagcTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTg > 4:95312/1‑149 (MQ=255) cagcTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTAATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTg > 1:269588/1‑149 (MQ=255) cATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGt < 3:95312/147‑1 (MQ=255) aTGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAATGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGa > 6:297278/1‑136 (MQ=255) aTGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAATGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGa < 5:297278/136‑1 (MQ=255) tGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCa > 6:12003/1‑149 (MQ=255) tCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACt > 1:266470/1‑149 (MQ=255) ggCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTc > 4:276029/1‑149 (MQ=255) aGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTa < 6:186434/149‑1 (MQ=255) aCCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGcc > 2:153431/1‑149 (MQ=255) ccGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCt < 3:276029/149‑1 (MQ=255) aGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑c > 7:185907/1‑110 (MQ=255) aGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑c < 8:185907/110‑1 (MQ=255) aGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGa < 7:280780/149‑1 (MQ=255) tATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCg < 1:153431/149‑1 (MQ=255) gCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCC‑CGGAAGC‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGt > 3:236373/1‑149 (MQ=255) cccAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACGGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑TGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTggg < 1:225822/149‑1 (MQ=255) cccAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTggg < 5:12003/149‑1 (MQ=255) ccAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTgggg > 3:51991/1‑149 (MQ=255) cTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCtt > 4:66774/1‑128 (MQ=255) cTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCtt < 3:66774/128‑1 (MQ=255) cAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGgca < 2:269588/149‑1 (MQ=255) gctgctGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGATATTTAAATTGTAATAGATGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCggg > 1:253142/1‑147 (MQ=255) ctgctgGAGATAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGgaagca > 4:80146/1‑149 (MQ=255) tgGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGcaccac > 2:222937/1‑149 (MQ=255) ggAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCaccacc > 2:190115/1‑149 (MQ=255) aGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTgg > 1:130492/1‑90 (MQ=255) aGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTgg < 2:130492/90‑1 (MQ=255) ggCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGt > 6:94721/1‑53 (MQ=255) ggCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGt < 5:94721/53‑1 (MQ=255) ccAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACgg > 2:301289/1‑137 (MQ=255) ccAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACgg < 1:301289/137‑1 (MQ=255) ccAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCg > 3:283179/1‑149 (MQ=255) cAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCgg > 4:162583/1‑149 (MQ=255) ggCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCGGcc > 5:37747/1‑149 (MQ=255) ggCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCGGcc < 1:52948/149‑1 (MQ=255) gTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCGGCCGAGGc < 1:222937/149‑1 (MQ=255) cGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCGGCCGAGGCCTGc < 3:162583/149‑1 (MQ=255) gTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAATGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCGGCCGa > 5:79555/1‑141 (MQ=255) gTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAATGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCGGCCGa < 6:79555/141‑1 (MQ=255) tCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGAAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCGGCCGAGGCCTGCAt < 3:80146/149‑1 (MQ=255) tgtTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCGTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCGGCCGAGGCCTGCATCAGt > 2:292189/1‑149 (MQ=255) gccGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTCGCACTGCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCGGCCGAGGCCTGCATCAGTGcc < 4:236373/146‑1 (MQ=255) gACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCGGCCGAGGCCTGCATCAGTGCCt > 3:46198/1‑149 (MQ=255) cacaGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCGGCCGAGGCCTGCATCAGTGCCTTGaa < 1:190115/149‑1 (MQ=255) gCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTAA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCGGCCGAGGCCTGCATCAGTGCCTTGAAACCCt > 7:251299/1‑149 (MQ=255) cTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCGGCCGAGGCCTGCATCAGTGCCTTGAAACCCTg > 6:150222/1‑149 (MQ=255) tGGCGATCGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCGGCCGAGGCCTGCATCAGTGCCTTGAAACCCTgg > 1:195624/1‑149 (MQ=255) tGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTggg < 7:100179/76‑1 (MQ=255) tGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTggg > 8:100179/1‑76 (MQ=255) cGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCGGCCGAGGCCTGCATCAGTGCCTTGAAACCCTGGTcc > 2:133586/1‑149 (MQ=255) | GGGCGGCCTGGATGATCTCGCTCATCAGCAGCTCCATGTCGGCAGGTTCGTTGACCGCAGGTATGGCCCCCAGCGGCTGCAGCTGCTGGAGAAAGTTCATGGCAGCATCCAGGCCGGTGACGTCGGTGTTGACGCACAGGCTGGCGAACGGGTGGCCGCTGCTGTCA‑CGGAAGA‑TTGCCGTGGCACTTCGTAGCGTGCGGCCTTTGAGCGTAGTGGGGTAATCGGGCAGCACCACCGGCTCACGGCCGTGCTGGTCGGCCGAGGCCTGCATCAGTGCCTTGAAACCCTGGTCC > NC_002947/3333280‑3333572 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |