| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,522,676 | G→A | 11.2% | intergenic (+463/‑234) | PP_5584 → / → PP_3113 | hypothetical protein/transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,522,676 | 0 | G | A | 11.2% | 117.7 / 2.7 | 44 | intergenic (+463/‑234) | PP_5584/PP_3113 | hypothetical protein/transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/18); new base A (3/2); total (24/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCCACGGTAAAGATCCCCGCGCCACTGGCCGCGGCCGTCCCCGGCAATGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTC > NC_002947/3522528‑3522824 | gCCCACGGTAAAGATCCCCGCGCCACTGGCCGCGGCCGTCCCCGGCAATGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑Cgg < 1:183547/149‑1 (MQ=255) cccACGGTAAAGATCCCCGCGCCACTGGCCGCGGCCGTCCCCGGCAATGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGc > 4:61407/1‑149 (MQ=255) ccACGGTAAAGATCCCCGCGCCACTCGCCGCGGCCGTCCCCGGCAAACAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGc > 8:64271/1‑148 (MQ=255) tAAAGATCCCCGCGCCACTGGCCGCGGCCGTCCCCGGCAATGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAg > 6:93308/1‑148 (MQ=255) cccGCGCCACTGGCCGCGGCCGTCCCCGGCAATGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTc < 6:312970/149‑1 (MQ=255) gTCCCCGGCAATGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCAt > 5:47082/1‑149 (MQ=255) tCCCCGGCAATGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCCGCGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCAt > 1:49693/1‑149 (MQ=255) tCCCCGGCAATGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCTGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATg > 1:303278/1‑149 (MQ=255) ccccGGCAATGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATgg < 5:93308/149‑1 (MQ=255) ggCAATGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCTGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGtt < 2:303278/149‑1 (MQ=255) gCAATGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGtt > 5:65044/1‑148 (MQ=255) taatCGAAGGCCAGCGCTTGCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGACCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCAtgtg > 7:196361/4‑149 (MQ=255) tCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGACCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCAtgtg > 7:196362/1‑149 (MQ=255) cTCGAAGGCCAGCGCTTGCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGc < 7:64271/148‑1 (MQ=255) ccAGCGCTTGCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTc < 3:61407/149‑1 (MQ=255) cAGCGCTTGCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGCAGGTAGTCCAGCTCTTACGACCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCg > 1:250093/1‑149 (MQ=255) gCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGt > 1:203820/1‑149 (MQ=255) cc‑cGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTg > 5:36007/1‑149 (MQ=255) cgaggtacacCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGt < 3:17884/142‑1 (MQ=255) cTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCa > 2:307101/1‑116 (MQ=255) cTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCa < 1:307101/116‑1 (MQ=255) cGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTc > 5:52512/1‑149 (MQ=255) ccAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGACCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACg < 8:196361/149‑1 (MQ=255) ccAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGACCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACg < 8:196362/149‑1 (MQ=255) cGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACAt < 1:267031/149‑1 (MQ=255) ggTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCAt > 6:294610/1‑149 (MQ=255) tGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATgg < 5:248523/149‑1 (MQ=255) gTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATggg > 1:43133/1‑146 (MQ=255) gTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATggg < 2:43133/146‑1 (MQ=255) tAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTg < 6:52512/149‑1 (MQ=255) aGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTgg > 4:72139/1‑149 (MQ=255) gggCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTgg < 6:65044/148‑1 (MQ=255) gCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGc > 1:48070/1‑129 (MQ=255) gCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGc < 2:48070/129‑1 (MQ=255) cAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGc > 1:282314/1‑147 (MQ=255) cAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGc < 2:282314/147‑1 (MQ=255) cAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCAt > 5:23757/1‑149 (MQ=255) gCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGATCACCACGCACATGCCCAGGCCCATGGCATCGGCATgt < 2:250093/149‑2 (MQ=255) cGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGc < 6:47082/148‑1 (MQ=255) gggTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCTTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCTATGCCATGGGCCTGGGCATGCTc < 6:36007/149‑1 (MQ=255) gTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTc > 1:291360/1‑147 (MQ=255) gC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCaa > 5:253699/1‑148 (MQ=255) cGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAg < 2:49693/149‑1 (MQ=255) cAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTg > 2:227861/1‑149 (MQ=255) tt‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTg > 2:178899/1‑149 (MQ=255) gCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTc > 1:212427/1‑149 (MQ=255) | GCCCACGGTAAAGATCCCCGCGCCACTGGCCGCGGCCGTCCCCGGCAATGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCC‑CGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGC‑CGT‑G‑CCAGCTCTT‑CGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTC > NC_002947/3522528‑3522824 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |