Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,687,526 | C→T | 11.1% | S200S (AGC→AGT) | PP_3252 → | HemK family modification methylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,687,526 | 0 | C | T | 11.1% | 91.3 / 3.3 | 36 | S200S (AGC→AGT) | PP_3252 | HemK family modification methylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/15); new base T (2/2); total (19/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.70e-01 |
GCTGATTGCTCGCGCCGCCCAGCACGCTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGACCCCAACGCCCGCATCTACCGTCACGGTGGCGGCGCGCTAGGCGTCGACCTGTCGCTACGTATCGTGGAGCAGGCTCGCGATCGGCTGAGCCGCCACGGTACGT > NC_002947/3687382‑3687674 | gCTGATTGCTCGCGCCGCCCAGCACGCTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGt < 8:272175/148‑1 (MQ=255) aTTGCTCGCGCCGCCCAGCACGCTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGt > 6:163736/1‑148 (MQ=255) cTCGCGCCGCCCAGCACGCTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGAc < 7:100294/149‑1 (MQ=255) tCGCGCCGCCCAGCACGCTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAGTGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGAcc > 3:6661/1‑149 (MQ=255) tCGCGCCGCCCAGCACGCTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGAc > 5:228244/1‑148 (MQ=255) tCGCGCCGCCCAGCACGCTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTGGGCGGGGGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGGTCGAcc > 4:181813/1‑149 (MQ=255) tCGCGCCGCCCAGCACGCTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATAAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGAc > 8:239664/1‑148 (MQ=255) gcgcCGCCCAGCACGCTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGAc < 6:228244/146‑1 (MQ=255) gcgcCGCCCAGCACGCTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCt > 8:234387/1‑148 (MQ=255) gcgcCGCCCAGCACGCTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCt > 6:137468/1‑148 (MQ=255) cgccCAGCACGCTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCg > 7:259128/1‑149 (MQ=255) ccgCACGCTCACGTCAGCGCCGTTTCCATCACCCCCCTGGCGTTTCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGc < 4:169274/147‑1 (MQ=255) cAGCACGCTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGc < 8:259128/149‑1 (MQ=255) cAGCACGCTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGc < 7:234387/149‑1 (MQ=255) cGCTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGTGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAAcc > 7:286913/1‑149 (MQ=255) cGCTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGTGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAAcc > 7:283002/1‑149 (MQ=255) cTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCg > 6:299938/1‑149 (MQ=255) tCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTg > 1:30429/1‑140 (MQ=255) tCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTg < 2:30429/140‑1 (MQ=255) aGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGTGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGc < 8:286913/147‑1 (MQ=255) aGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGTGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGc < 8:283002/147‑1 (MQ=255) cgcCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGc < 3:268703/149‑1 (MQ=255) gTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAGTGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGa < 4:6661/149‑1 (MQ=255) gTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGa > 7:106351/1‑149 (MQ=255) tCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGACCCCAAc < 3:178780/149‑1 (MQ=255) cccccTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGACCCCAACGccc > 2:281177/1‑149 (MQ=255) gCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGACCCCAACGCCCGCATCTa < 7:239664/149‑1 (MQ=255) tAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGTACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGACCCCAACGCCCGCATCTACCGTCACGGTGGCGGCGCGCTAGGCGTc < 4:173951/133‑1 (MQ=255) aaCCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGACCCCAACGCCCGCATCTACCGTCACGGTGGCGGCGCGCTAGGCGTCGACCTGTCGCTACGTa < 1:281177/148‑1 (MQ=255) cTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGACCCCAACGCCCGCATCTACCGTCACGGTGGCGGCGCGCTAGGCGTCGACCTGTCg < 4:69779/138‑1 (MQ=255) cTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGACCCCAACGCCCGCATCTACCGTCACGGTGGCGGCGCGCTAGGCGTCGACCTGTCg > 3:69779/1‑138 (MQ=255) ccAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGACCCCAACGCCCGCATCTACCGTCACGGTGGCGGCGCGCTAGGCGTCGACCTGTCGCTACGTATCGTGGAGCAGGCTcgc < 2:9366/149‑1 (MQ=255) gACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGACCCCAACGCCCGCATCTACCGTCACGGTGGCGGCGCGCTAGGCGTCGCCCTGTCGCTACGTATCGTGGAGCAGGCTCGCGATCg > 6:140365/1‑149 (MQ=255) tGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGACCCCAACGCCCGCATCTACCGTCACGGTGGCGGCGCGCTAGGCGTCGACCTGTCGCTACGTATCGTGGAGCAGGCTCGCGATCGGCTGAgc > 2:144516/1‑149 (MQ=255) tATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGACCCCAACGCCCGCATCTACCGTCACGGTGGCGGCGCGCTAGGCGTCGACCTGTCGCTACGTATCGTGGAGCAGGCTCGCGATCGGCTGAGCCGCCACg > 7:128508/1‑149 (MQ=255) tCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGACCCCAACGCCCGCATCTACCGTCACGGTGGCGGCGCGCTAGGCGTCGACCTGTCGCTACGTATCGTGGAGCAGGCTCGCGATCGGCTGAGCCGCCACgg > 6:151594/1‑148 (MQ=255) cGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGACCCCAACGCCCGCATCTACCGTCACGGTGGCGGCGCGCTAGGCGTCGACCTGTCGCTACGTATCGTGGAGCAGGCTCGCGATCGGCTGAGCCGCCACGGTACGt > 6:280129/1‑149 (MQ=255) cGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGACCCCAACGCCCGCATCTACCGTCACGGTGGCGGCGCGCTAGGCGTCGACCTGTCGCTACGTATCGTGGAGCAGGCTCGCGATCGGCTGAGCCGCCACGGTACGt > 8:52676/1‑149 (MQ=255) | GCTGATTGCTCGCGCCGCCCAGCACGCTCAGGTCAGCGCCGTTGACATCAACCCCCTGGCGTTGCGCTATACGGCAATCAATGCAGCCTTGGCGGGTGTGAGTAACCTGTCGGTCGAGCCCAGCGACTTGCTGGACGGTATCAGCGGTACGTTCGACCTGATCGTTGCCAACCCGCCCTACATGCTTGACCCCAACGCCCGCATCTACCGTCACGGTGGCGGCGCGCTAGGCGTCGACCTGTCGCTACGTATCGTGGAGCAGGCTCGCGATCGGCTGAGCCGCCACGGTACGT > NC_002947/3687382‑3687674 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |