Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,697,067 | T→C | 7.4% | intergenic (+87/+5) | PP_3262 → / ← PP_5595 | metallothionein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,697,067 | 0 | T | C | 7.4% | 151.0 / 2.9 | 54 | intergenic (+87/+5) | PP_3262/PP_5595 | metallothionein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/28); new base C (2/2); total (24/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 |
GAGCGCGGTGGACAATGCGTTGGATGAAACCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGGGCAACGCCGGCTTCTCGCCACCTATTGCCTTGGGATTGGCC > NC_002947/3696920‑3697213 | gagCGCGGTGGACAATGCGTTGGATGAAACCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCtttt < 6:14549/149‑1 (MQ=255) agCGCGGTGGACAATGCGTTGGATGAAACCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTg < 5:279714/149‑1 (MQ=255) agCGCGGTGGACAATGCGTTGGATGAAACCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTg < 5:10846/149‑1 (MQ=255) aaTGCGTTGGATGAAACCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTc < 3:138885/149‑1 (MQ=255) aaTGCGTTGGATGAAACCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTc < 7:148832/149‑1 (MQ=255) tGCGTTGGATGAAACCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTg > 1:299115/1‑149 (MQ=255) cGTTGGATGAAACCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGc < 6:201573/148‑1 (MQ=255) gTTGGATGAAACCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTgg > 4:271405/1‑146 (MQ=255) aTGAAACCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTCTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGAccc > 1:43761/1‑149 (MQ=255) aTGAAACCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTCTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGAccc > 1:48112/1‑149 (MQ=255) tGAAACCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGGCAGAccca > 7:11329/1‑148 (MQ=255) gAAACCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCg > 4:205813/1‑149 (MQ=255) aaCCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGGCAGAcccacta < 8:11329/149‑5 (MQ=255) aCCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGGCAGAcccactag < 3:271405/149‑6 (MQ=255) aCCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGGCAGAcccactag < 2:74820/149‑6 (MQ=255) cTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTAtt < 6:277511/149‑1 (MQ=255) cccAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTAttt < 4:236241/147‑1 (MQ=255) ccAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCg < 5:259415/148‑1 (MQ=255) ccAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGc > 7:83261/1‑149 (MQ=255) cAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCt > 7:174470/1‑149 (MQ=255) aTCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCAc > 2:296936/1‑149 (MQ=255) gATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACg > 7:78237/1‑149 (MQ=255) aTCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACgg > 3:264091/1‑149 (MQ=255) cTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGcc < 4:130210/149‑1 (MQ=255) aaGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCCATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAg > 1:26278/1‑149 (MQ=255) gCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGc > 5:194592/1‑149 (MQ=255) gAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCg > 1:100933/1‑149 (MQ=255) aaTAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTCTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCgg < 2:48112/149‑1 (MQ=255) aaTAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTCTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCgg < 2:43761/149‑1 (MQ=255) aTAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCggg < 6:173489/149‑1 (MQ=255) aTAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCggg < 3:205813/149‑1 (MQ=255) aTAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCggg < 6:194592/149‑1 (MQ=255) aTAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCAAATTCTGGGAGCGGGCGTGCGCTGGCTCCCAGCCTATTGCCCTAGTGGGTCTGCCTGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGTGTCTCgg < 5:58689/148‑1 (MQ=255) gCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCTGCGTa > 8:291005/1‑148 (MQ=255) cGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATc < 1:296936/149‑1 (MQ=255) gggCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCg < 8:174470/149‑1 (MQ=255) gCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGACTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGt > 3:299397/1‑148 (MQ=255) cTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTaa < 8:83261/149‑1 (MQ=255) gCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATa > 3:211192/1‑149 (MQ=255) cAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGACCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTAGGGGTATCGTAATAGTAAGta > 1:291703/1‑148 (MQ=255) cAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAACGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAg < 2:291703/147‑1 (MQ=255) cGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCa < 2:299115/149‑1 (MQ=255) gATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCAc > 8:229330/1‑149 (MQ=255) tGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTgg < 4:211192/148‑1 (MQ=255) tGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTg < 4:264091/147‑1 (MQ=255) tGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTg < 8:78237/147‑1 (MQ=255) tGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTg < 2:100933/147‑1 (MQ=255) gATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCTCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTggg > 1:15921/1‑148 (MQ=255) aaTTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGGGCAACGc > 2:23096/1‑149 (MQ=255) tcggcgCGGGCGTCCGCGCGCTCCCAGCCTTTAGCCCAACTGCCTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCCCAGTCACAACCGGCCTCCCCCAGGCTCGGGGTATCGTACTAGTAAGTGAACACCCGCGCATCCTTCGGCAACGCCgg < 8:218293/142‑1 (MQ=255) tGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGGGCAACGCCGGCt > 4:217131/1‑149 (MQ=255) gggCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGGGCAACGCCGGCTTCTCGcc < 4:299397/149‑1 (MQ=255) ttGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGGGCAACGCCGGCTTCTCGCCAcc > 8:169159/1‑148 (MQ=255) ccAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGGGCAACGCCGGCTTCTCGCCACCTATTGCCTTgg < 2:26278/147‑1 (MQ=255) ccTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGGGCAACGCCGGCTTCTCGCCACCTATTGCCTTGGGATTgg > 5:299881/1‑149 (MQ=255) tttGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGGGCAACGCCGGCTTCTCGCCACCTATTGCCTTGGGATTGGcc > 1:279669/1‑148 (MQ=255) | GAGCGCGGTGGACAATGCGTTGGATGAAACCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGGGCAACGCCGGCTTCTCGCCACCTATTGCCTTGGGATTGGCC > NC_002947/3696920‑3697213 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |