Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,911,964 | C→A | 8.9% | L104M (CTG→ATG) ‡ | PP_3452 → | GGDEF domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,911,964 | 0 | C | A | 8.9% | 129.6 / 3.9 | 45 | L104M (CTG→ATG) ‡ | PP_3452 | GGDEF domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/24); new base A (2/2); total (19/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.94e-01 |
CCTCGGCGACCAAGGCTTCACCTGGCTGTCCTTCCTGTTCATCGCCCTGCTCGGCAGCCTGATCGTAGTGCTGCATTTCACCCGCCGCAGCCATCACTTCGACGTGCTCAACCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCT > NC_002947/3911816‑3912103 | ccTCGGCGACCAAGGCTTCACCTGGCTGTCCTTCCTGTTCATCGCCCTGCTCGGCAGCCTGATCGTAGTGCTGCATTTCACCCGCCGCAGCCATCACTTCGACGTGCTCAACCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGcc > 2:55493/1‑149 (MQ=255) tCGGCGACCAAGGCTTCACCTGGCTGTCCTTCCTGTTCATCGCCCTGCTCGGCAGCCTGATCGTAGTGCTGCATTTCACCCGCCGCATCCATCACTTCGACGTGCTCAACCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTg > 2:117964/1‑149 (MQ=255) tCGGCGACCAAGGCTTCACCTGGCTGTCCTTCCTGTTCATCGCCCTGCTCGGCAGCCTGATCGTAGTGCTGCATTTCACCCGCCGCAGCCATCACTTCGACGTGCTCAACCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTg > 2:47699/1‑149 (MQ=255) ggCGACCAAGGCTTCACCTGGCTGTCCTTCCTGTTCATCGCCCTGCTCGGCAGCCTGATCGTAGTGCTGCATTTCACCCGCCGCAGCCATCACTTCGACGTGCTCAACCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTgg < 5:3570/148‑1 (MQ=255) ggCGACCAAGGCTTCACCTGGCTGTCCTTCCTGTTCATCGCCCTGCTCGGCAGCCTGATCGTAGTGCTGCATTTCACCCGCCGCAGCCATCACTTCGACGTGCTCAACCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTGGt < 8:128341/149‑1 (MQ=255) aaGGCTTCACCTGGCTGTCCTTCCTGTTCATCGCCCTGCTCGGCAGCCTGATCGTAGTGCTGCATTTCACCCGCCGCAGCCATCACTTCGACGTGCTCAACCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTGGTGAT‑CGaa < 4:195729/149‑1 (MQ=255) ttCACCTGGCTGTCCTTCCTGTTCATCGCCCTGCTCGGCAGCCTGATCGTAGTGCTGCATTTCACCCGCCGCAGCCATCACTTCGACGTGCTCAACCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCAt > 8:289857/1‑149 (MQ=255) tccttcctGTTCATCGCCCTGCTCGGCAGCCTGATCGTAGTGCTGCATTTCACCCGCCGCAGCCATCACTTCGACGTGCTCAACCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCt < 1:117964/149‑1 (MQ=255) ccttcctGTTCATCGCCCTGCTCGGCAGCCTGATCGTAGTGCTGCATTTCACCCGCCGCAGCCATCACTTCGACGTGCTCAACCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCt < 1:47699/148‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggCAGCCTGATCGTAGTGCTGCATTTCACCCGCCGCAGCCATCACTTCGACGTGCTCAACCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCgg < 2:147730/149‑1 (MQ=255) gctcccTGAGCGTAGGGCTGCAGTTCACCCGCCGCAGCCATCACTTCGACGGGCTCAACCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCggg < 4:259074/145‑1 (MQ=255) gCAGCCTGATCGTAGTGCTGCATTTCACCCGCCGCAGCCATCACTTCGACGTGCTCAACCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCggg < 7:241277/149‑1 (MQ=255) gTAGTGCTGCATTTCACCCGCCGCAGCCATCACTTAGACGTGCTCAACCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTGGTGATCCGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCAcc < 1:234902/148‑1 (MQ=255) tgcATTTCACCCGCCGCAGCCATCACTTCGACGTGCTCAACCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTAt < 8:223476/149‑1 (MQ=255) 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tCAACCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCAttc > 4:157765/1‑149 (MQ=255) aaCCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCAttctt < 5:192700/149‑1 (MQ=255) ttCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCAt > 3:301300/1‑149 (MQ=255) ttCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCAt > 1:207853/1‑149 (MQ=255) aTTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGt < 3:31583/149‑1 (MQ=255) 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aCCCTGGGCATGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGt < 3:132715/149‑1 (MQ=255) ggCATGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCTCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGc < 1:82620/148‑1 (MQ=255) ggCATGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATg < 2:207853/147‑1 (MQ=255) cgCATGCCCAGGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCt < 6:94383/148‑1 (MQ=255) aTGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGtca < 4:180116/130‑1 (MQ=255) aTGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGtca > 3:180116/1‑130 (MQ=255) | CCTCGGCGACCAAGGCTTCACCTGGCTGTCCTTCCTGTTCATCGCCCTGCTCGGCAGCCTGATCGTAGTGCTGCATTTCACCCGCCGCAGCCATCACTTCGACGTGCTCAACCTGCTGTTCATTACCGTCATCACCCTGGGCATGCGCCTGGTGAT‑CGAAGGCATCCCGATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCT > NC_002947/3911816‑3912103 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |