Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,981,977 | A→T | 13.3% | noncoding (28/207 nt) | PP_mr43 ← | Cobalamin regulatory region |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,981,977 | 0 | A | T | 13.3% | 107.2 / 8.7 | 45 | noncoding (28/207 nt) | PP_mr43 | Cobalamin regulatory region |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/19); new base T (2/4); total (22/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.49e-01 |
TGGCTTGCACCGTTCCATGTCCCCGTTCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGACAACGCTGGGCGCAAGTGCGTTACAGTGGCGCCTTATCCACGGTCAAGGACGCACCATGCCCCTCGCCCCC > NC_002947/3981830‑3982122 | tGGCTTGCACCGTTCCATGTCCCCGTTCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAg > 1:169355/1‑149 (MQ=255) gCTTGCACCGTTCCATGTCCCCGTTCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAgg < 2:169355/148‑1 (MQ=255) ttGCACCGTTCCATGTCCCCGTTCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGcc > 3:50343/1‑148 (MQ=255) gCACCGTTCCATGTCCCCGTTCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCTGGCCga < 2:9544/148‑1 (MQ=255) gCACCGTTCCATGTCCCCGTTCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCga < 6:89111/148‑1 (MQ=255) cACCGTTCCATGTCCCCGTTCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCgaa < 7:188912/148‑1 (MQ=255) cACCGTTCCATGTCCCCGTTCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCgaa < 7:164504/148‑1 (MQ=255) cACCGTTCCATGTCCCCGTGCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGGCGATCCGTTGGCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCgaa < 8:186589/148‑1 (MQ=255) aCCGTTCCATGTCCCCGTTCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCTGGCCgaagc > 1:280472/1‑148 (MQ=255) aCCGTTCCATGTCCCCGTTCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCTGGCCgaagc < 2:280472/149‑2 (MQ=255) ggtCCATGTCCCCGTTCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGGTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCGTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCTGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCTGGCCgaagctaa < 8:99863/147‑5 (MQ=255) gTTCCATGTCCCCGTTCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCTGGCCgaagctaa < 6:116578/149‑5 (MQ=255) ttCCATGTCCCCGTTCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCt > 4:168700/1‑149 (MQ=255) gTCCCCGTTCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGt > 8:267671/1‑149 (MQ=255) ttcccGTTCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTGCGGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATTCGTTGTTGGTGTTTACTGTTGGGGGGGGAGCCGCGGGTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCATGCGGAAGATCCTCgttgt < 4:50343/146‑5 (MQ=255) ttCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGGCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAgg < 6:126718/149‑1 (MQ=255) gggCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTa > 2:295444/1‑149 (MQ=255) tGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACg > 5:132292/1‑147 (MQ=255) gATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGtggct > 7:65304/1‑149 (MQ=255) cGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCgg > 3:234227/1‑149 (MQ=255) ccTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGggt < 1:137026/149‑1 (MQ=255) cgcgTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAAcc < 7:267671/149‑1 (MQ=255) gTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTCGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGGGGCTGGCGGGTGGGCAACCAtt < 6:108769/149‑1 (MQ=255) ggCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTAGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCACGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCAGGCGGGTGGTCAACCATtgct > 2:238408/1‑149 (MQ=255) gcAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCg > 4:292706/1‑149 (MQ=255) gcAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCg > 3:155018/1‑149 (MQ=255) tGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGc < 8:65304/149‑1 (MQ=255) tCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGa > 7:242895/1‑148 (MQ=255) aTCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGACAAc < 4:155018/149‑1 (MQ=255) tCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGACAACg > 4:219176/1‑149 (MQ=255) gTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGACAACGCTGGGCGCaa < 8:242895/149‑1 (MQ=255) ttACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGACAACGCTGGGCGCAAGTGc > 2:95062/1‑149 (MQ=255) tACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGACAACGCTGGGCGCAAGTGCg > 5:100900/1‑149 (MQ=255) aCAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGACAACACTGGGCGCAAGTGCg < 4:234227/148‑1 (MQ=255) aGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGACAACGCTGGGCGCAAGTGCGTTACAGTGGCGCCt > 2:61429/1‑148 (MQ=255) cgGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGAGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGACAACGCTGGGCGCAAGTGCGTTACAGTGGCGCCTTATCCa < 3:168700/149‑1 (MQ=255) ggCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGACAACGCTGGGCGCAAGTGCGTTACAGTGGCGCCTTATCCAc < 6:132292/149‑1 (MQ=255) tCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGACAACGCTGGGCGCAAGTGCGTTACAGTGGCGCCTTATCCACGGTCAAGGACGCAc > 7:177711/1‑149 (MQ=255) cccGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGTCAACGCTGGGCGCAAGTGCGTTACAGTGGCGCCTTATCCACGGTCAAGGACGCAc < 1:238408/148‑1 (MQ=255) ttcTTCGGCCTGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGACAACGCTGGGCGCAAGTGCGTTACAGTGGCGCCTTATCCACGGTCAAGGCCGCACCATGCCCCt > 8:259062/3‑149 (MQ=255) aGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTTGACAACGCTGGGCGCAAGGGCGTTACAGTGGCGCCTTATCCACGGTCAAGGACGCACCATGcccc < 1:92214/148‑1 (MQ=255) aGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGACAACGCTGGgc > 7:164953/1‑96 (MQ=255) aGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGACAACGCTGGgc < 8:164953/96‑1 (MQ=255) gCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCACCCATTGCTGCGGGGCCGGTCGACAACGCTGGGCGCAAGTGCGTTACAGTGGCGCCTTATCCACGGTCAAGGACGCACCATGCCCCTCGccccc > 5:29308/1‑149 (MQ=255) gCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGACAACGCTTGGCGCAAGTGCGTTACAGTGGCGCCTTATCCACGGTCAAGGACGCACCATGCCCCTCGccccc > 3:58617/1‑149 (MQ=255) | TGGCTTGCACCGTTCCATGTCCCCGTTCGGGCTGGCGGGATGACGCCTTCCCGCGCGTTGGCGCAGTGGCTGTGTCGATCCGTTGTCGGTGCTTACAGTTGCGGGGGCAGCCGCGGCTTGTACCGCGTTCCCGTCTTAGCTTCGGCCAGGCCGAAGAACCTCGAAGTGGCAAGGCTACGCAGTGGCTGGCGGGTGGTCAACCATTGCTGCGGGGCCGGTCGACAACGCTGGGCGCAAGTGCGTTACAGTGGCGCCTTATCCACGGTCAAGGACGCACCATGCCCCTCGCCCCC > NC_002947/3981830‑3982122 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |