Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 298,992 | G→A | 8.7% | R712C (CGC→TGC) | yhgF ← | transcriptional accessory protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 298,992 | 0 | G | A | 8.7% | 126.2 / 2.5 | 46 | R712C (CGC→TGC) | yhgF | transcriptional accessory protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/22); new base A (2/2); total (22/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.02e-01 |
CTGATGCACGCCGATGTCGACGAAGGCACCGAAGTTGGTAACGTTGGTCACCACGCCTTCGAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCAGCGAGCGGATGTCGCGGTCGGTATCGGCAGCAATGC > NC_002947/298849‑299138 | cTGATGCACGCCGATGTCGACGAAGGCACCGAAGTTGGTAACGTTGGTCACCACGCCTTCGAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCgg < 7:2282/149‑1 (MQ=255) ttcACGCCGATGTCGACGAAGGCACCGAAGTTGGTAACGTTGGTCACCACGCCTACGAGGATCATGCCCGGTTCCAGCTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTTGCGGTCTTGAACTCCGTACGTGGGTCGCGGCCGGGCtt < 5:220716/147‑1 (MQ=255) tGCACGCCGATGTCGACGAAGGCACCGAAGTTGGTAACGTTGGTCACCACGCCTTCGAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCtt < 2:301059/149‑1 (MQ=255) ccGATGTCGACGAAGGCACCGAAGTTGGTAACGTTGGTCACCACGCCTTCGAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAg < 1:283740/149‑1 (MQ=255) gacgaAGGCACCGAAGTTGGTAACGTTGGTCACCACGCCTTCGAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGc < 5:148856/148‑1 (MQ=255) gacgaAGGCACCGAAGTTGGTAACGTTGGTCACCACGCCTTCGAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGc < 5:144408/148‑1 (MQ=255) acgaAGGCACCGAAGTTGGTAACGTTGGTCACCACGCCTTCGAGGATCATGACCGGTTCAAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAg > 5:219677/1‑149 (MQ=255) ggCACCGAAGTTGGTAACGTTGGTCACCACGCCTTCGAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCggg < 8:143660/126‑1 (MQ=255) ggCACCGAAGTTGGTAACGTTGGTCACCACGCCTTCGAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCggg > 7:143660/1‑126 (MQ=255) cGAAGTTGGTAACGTTGGTCACCACGCCTTCGAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGAAGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGt > 6:301578/1‑148 (MQ=255) gTAACGTTGGTCACCACGCCTTCGAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCCGTGACGGTTgg > 3:205985/1‑149 (MQ=255) cacGCCTTCGAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGATGGCAGGCCGAAGGttt > 7:284719/1‑149 (MQ=255) acGCCTTCGAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGc < 3:228093/99‑1 (MQ=255) acGCCTTCGAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGc > 4:228093/1‑99 (MQ=255) acGCCTTCGAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTtc < 1:56622/149‑1 (MQ=255) ctCGAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGTAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTtcgtcg < 1:249178/147‑1 (MQ=255) cGAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCgg < 1:225420/147‑1 (MQ=255) gAGGATGATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTg < 1:37193/148‑1 (MQ=255) gAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTtcgtcg > 2:249178/1‑145 (MQ=255) aTCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACtt > 7:112484/1‑149 (MQ=255) aTGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTTAACttttt < 6:219677/149‑1 (MQ=255) aTGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACttttt > 8:129040/1‑149 (MQ=255) gCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCg > 1:39699/1‑149 (MQ=255) cccGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTtcgt > 3:81168/1‑133 (MQ=255) cccGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTtcgt < 4:81168/133‑1 (MQ=255) ggTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTc > 3:136362/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAg < 2:39699/148‑1 (MQ=255) cTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGa < 8:112484/149‑1 (MQ=255) gAGGTCTTCGACGCCGTCCTTGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAg < 2:236884/147‑1 (MQ=255) gACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGATGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGt < 8:284719/149‑1 (MQ=255) aCGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGt > 7:38264/1‑148 (MQ=255) gCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCAc < 7:129040/149‑1 (MQ=255) cTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGGCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCa < 5:243789/149‑1 (MQ=255) ggAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCagc > 8:10453/1‑149 (MQ=255) gAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCAGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCagc > 6:282548/1‑148 (MQ=255) gAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCAGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCagc > 6:287005/1‑148 (MQ=255) gCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCAGCGAGCGGAt < 4:205985/149‑1 (MQ=255) cGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCAGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCAGCGAGCGGATg < 5:287005/149‑1 (MQ=255) cGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCAGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCAGCGAGCGGATg < 5:282548/149‑1 (MQ=255) ggTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCAGCGAGCGGATGt > 5:260001/1‑149 (MQ=255) cTTGAACCCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCagcga < 5:49178/138‑1 (MQ=255) cTTGAACACCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCagcga > 6:49178/1‑138 (MQ=255) gAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCAGCGAGCGGATGTCGcggt > 5:45964/1‑149 (MQ=255) cGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCAGCGAGCGGATGTCGCGGTCGGTAt > 1:286408/1‑149 (MQ=255) gTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGa > 2:254047/1‑99 (MQ=255) tCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCAGCGAGCGGATGTCGCGGTCGGTATCGGCAGCAAt > 7:96719/1‑149 (MQ=255) gcgGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCTGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGTTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCAGCGAGTGGATGTCGCGGTCGGTATCGGCAGCAATgc < 5:301578/149‑1 (MQ=255) cgGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCagcgag < 4:252671/117‑1 (MQ=255) cgGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCagcgag > 3:252671/1‑117 (MQ=255) | CTGATGCACGCCGATGTCGACGAAGGCACCGAAGTTGGTAACGTTGGTCACCACGCCTTCGAGGATCATGCCCGGTTCCAGGTCCTTGAGGTCTTCGACGCCGTCCTGGAAGGTGGCGGTCTTGAACTCCGGACGTGGGTCGCGGCCGGGCTTGTCCAGCTCTTGCAGGATGTCGGTGACGGTTGGCAGGCCGAAGGTTTCGTCGGTGAACTTTTTCGGGTCCAGGCGCTTGAGGAAGCTGCTGTCACCAATCAGCGAGCGGATGTCGCGGTCGGTATCGGCAGCAATGC > NC_002947/298849‑299138 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |