| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,236,548 | A→T | 8.0% | A75A (GCT→GCA) ‡ | catA‑I ← | catechol 1,2‑dioxygenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,236,548 | 0 | A | T | 8.0% | 144.5 / 2.8 | 50 | A75A (GCT→GCA) ‡ | catA‑I | catechol 1,2‑dioxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/27); new base T (2/2); total (21/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
GTCCATGCGCGCTTCGCCCTGGGCCAGCGGCGCCCCGGCAACGTACAACGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTCGATCAGGCGGGCGGTGTCTTGCAGCACGCGCAGAATGATCTGCTTGAAGCGCGGGTTTC > NC_002947/4236401‑4236696 | gtcCATGCGCGCTTCGCCCTGGGCCAGCGGCGCCCCGGCAACGTACAACGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGgccagca < 8:82766/148‑1 (MQ=255)gtcCATGCGCGCTTCGCCCTGGGCCAGCGGCGCCCCGGCAACGTACAACGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGACATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGgccagca < 8:98278/148‑1 (MQ=255) cATGCGCGCTTCGCCCTGGGCCAGCGGAGCCCCGGCAACGTACAACGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGgccagcagc > 7:197464/1‑147 (MQ=255) gcgcTTCGCCCTGGGCCAGCGGCGCCCCGGCAACGTACAACGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑Agg > 2:56773/1‑149 (MQ=255) ccTGGGCCAGCGGCGCCCCGGCAACGTACAACGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCTGCTGGCTGC‑TGgcctgg < 1:82755/145‑2 (MQ=37) ccTGGGCCAGCGGCGCCCCGGCAACGTACAACGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCTGCTGGCTGC‑TGgcctgg > 2:82755/1‑144 (MQ=37) gcggcgCCCCGGCAACGTACAACGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGgc < 1:227161/132‑1 (MQ=255) gcggcgCCCCGGCAACGTACAACGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGgc > 2:227161/1‑132 (MQ=255) ccccGGCAACGTACAACGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAgg > 6:118452/1‑149 (MQ=255) cGGCAACGTACAACGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCgg < 3:269460/149‑1 (MQ=255) aaCGTACAACGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTg < 4:204161/148‑1 (MQ=255) aaCGTACAACGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTg > 3:204161/1‑148 (MQ=255) aCAACGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCCTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAg > 3:168735/1‑149 (MQ=255) aaCGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAg < 1:123080/143‑1 (MQ=255) aCGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGa > 1:150213/1‑141 (MQ=255) aCGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGa < 2:150213/141‑1 (MQ=255) aCGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTc > 6:68416/1‑148 (MQ=255) cGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGgccagca > 8:121664/1‑100 (MQ=255) ggCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACg < 5:83089/149‑1 (MQ=255) gCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGtt < 7:104368/135‑1 (MQ=255) gCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGtt > 8:104368/1‑135 (MQ=255) ccTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGtt > 5:44923/1‑134 (MQ=255) ccTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGtt < 6:44923/134‑1 (MQ=255) ccTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGc > 2:91427/1‑149 (MQ=255) ccTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGc > 6:162919/1‑149 (MQ=255) ttCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGt > 2:89232/1‑149 (MQ=255) gATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGc < 2:80188/148‑1 (MQ=255) tGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAg < 7:63024/149‑1 (MQ=255) tGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAAc < 8:147159/149‑1 (MQ=255) tGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCAGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAAc < 2:245832/149‑1 (MQ=255) ccgccgccAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGCTCGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCg < 1:91427/148‑1 (MQ=255) ccgccgccAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCgg < 1:56773/148‑1 (MQ=255) aGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAg < 8:197464/149‑1 (MQ=255) aGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAg < 1:152644/149‑1 (MQ=255) aGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAg < 5:162919/149‑1 (MQ=255) gCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGt > 8:185050/1‑138 (MQ=255) gCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGt < 7:185050/138‑1 (MQ=255) ggCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTCGATc < 1:199162/148‑1 (MQ=255) gCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTCGATCAGGCGGGCGgt < 5:73957/149‑1 (MQ=255) aTCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGcc > 4:15934/1‑101 (MQ=255) aTCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTAGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTCGATCAGGCGGGCGgtgt > 2:105181/1‑149 (MQ=255) tCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTc < 4:34184/131‑1 (MQ=255) tCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTc > 3:34184/1‑131 (MQ=255) cTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTa > 5:99524/1‑84 (MQ=255) cTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTa < 6:99524/84‑1 (MQ=255) cTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTAAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTCGATCAGGCGGGCGGTGTCt < 2:260773/148‑1 (MQ=255) cagcagGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTCGATCAGGCGGGCGGTGTCTTg < 5:118452/147‑1 (MQ=255) tCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTCGATCAGGCGGGCGGTGTCTTGCAGCAcgcg > 3:95097/1‑149 (MQ=255) gAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTCGATCAGGCGGGCGGTGTCTTGCAGCACGCGCa < 5:68416/149‑1 (MQ=255) gAAGTGGTCGATAGCCAGGCCAGGAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCGTCGGTAATCTCCAGGTCTTCGATCAGGCGGGCGGTGTCTTGCAGCACGCGCAGaa < 5:220557/149‑1 (MQ=255) aCCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTCGATCAGGCGGGCGGTGTCTTGCAGCACGCGCAGAATGATCTGCt > 7:71535/1‑146 (MQ=255) aCCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTCGATCAGGCGGGCGGTGTCTTGCAGCACGCGCAGAATGATCTGCt < 8:71535/146‑1 (MQ=255) aGGCCTGCTGGCTGC‑TGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCgg < 5:122094/82‑1 (MQ=21) aGGCCTGCTGGCTGC‑TGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCgg > 6:122094/1‑82 (MQ=21) ccagcagccagc‑agGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTCGATCAGGCGGGCGGTGTCTTGCAGCACGCGCAGAATGATCTGCTTGAAGCGCgg < 4:168735/149‑1 (MQ=255) ccagcagccagc‑agGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTCGATCAGGCGGGCGGTGTCTTGCAGCACGCGCAGAATGATCTGCTTGAAGCGCgg > 3:250488/1‑149 (MQ=255) cagcagccagc‑agGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTCGATCAGGCGGGCGGTGTCTTGCAGCACGCGCAGAATGATCTGc < 3:224411/137‑1 (MQ=255) cagcagccagc‑agGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTCGATCAGGCGGGCGGTGTCTTGCAGCACGCGCAGAATGATCTGc > 4:224411/1‑137 (MQ=255) agccagc‑agGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTCGATCAGGCGGGCGGTGTCTTGCAGCACGCGCAGAATGATCTGCTTGAAGCGCGGGTTTc > 3:160787/1‑149 (MQ=255) | GTCCATGCGCGCTTCGCCCTGGGCCAGCGGCGCCCCGGCAACGTACAACGGGCCTTCGATGGTGCGCGGGGTGCCGCCGCCAAGGCCGGCTTCGGCATCCTTGGCATCCTGCAGCAGGTCGAGGAAGTGCTCGATACCCAGGCCAGCAGCCAGC‑AGGCCTGCCTCGTTACGGCCGCCCAGGCGGTTGAGGTAGTCGACGGCGTGCCAGAACTCGTCCTCGGTAATCTCCAGGTCTTCGATCAGGCGGGCGGTGTCTTGCAGCACGCGCAGAATGATCTGCTTGAAGCGCGGGTTTC > NC_002947/4236401‑4236696 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |