Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,258,891 | T→C | 7.5% | R146R (CGT→CGC) ‡ | PP_3732 → | enoyl‑CoA hydratase/isomerase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,258,891 | 0 | T | C | 7.5% | 150.8 / 2.3 | 53 | R146R (CGT→CGC) ‡ | PP_3732 | enoyl‑CoA hydratase/isomerase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/23); new base C (2/2); total (28/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 |
CAGCGGTCAGTGGTGCGGCGATCGGCATCGGGGCCACCCTGTTGCTGCACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGAAAACGGCGAACAGTGCCTGGAAGCTGCCCGCACGCTGGCGCGGCAGC > NC_002947/4258743‑4259036 | cAGCGGTCAGTGGTGCGGCGATCGGCATCGGGGCCACCCTGTTGCTGCACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCgt > 4:141085/1‑149 (MQ=255) tCAGTGGTGCGGCGATCGGCATCGGGGCCACCCTGTTGCTGCACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCtt > 6:312707/1‑149 (MQ=255) cAGTGGTGCGGCGATCGGCATCGGGGCCACCCTGTTGCTGCACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCgtgagatcg > 7:20724/1‑143 (MQ=255) cAGTGGTGCGGCGATCGGCATCGGGGCCACCCTGTTGCTGCACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCgt < 8:20724/142‑1 (MQ=255) aGTGGTGCGGCGATCGGCATCGGGGCCACCCTGTTGCTGCACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTg < 5:293120/148‑1 (MQ=255) gtgCGGCGATCGGCATCGGGGCCACCCTGTTGCTGCACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAg > 1:194945/1‑149 (MQ=255) tgCGGCGATCGGCATCGGGGCCACCCTGTTGCTGCACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCCCGGGCCTGGCCaag > 2:57744/1‑147 (MQ=255) gcgATCGGCATCGGGGCCACCCTGTTGCTGCACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCg < 7:142594/149‑1 (MQ=255) cgATCGGCATCGGGGCCACCCTGTTGCTGCACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCgg < 3:21421/149‑1 (MQ=255) ggggCCACCCTGTTGCTGCACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCCCGGGCCTGGCCAAGCACACGCGGCagcag < 1:57744/148‑5 (MQ=38) gCCACCCTGTTGCTGCACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTtgct < 6:166819/149‑1 (MQ=255) gCCACCCTGTTGCTGCACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTtgct < 8:262932/149‑1 (MQ=255) gCCACCCTGTTGCTGCACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTtgct < 2:194945/149‑1 (MQ=255) cccTGTTGCTGCACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTgctgct > 1:28180/1‑148 (MQ=255) tgctgcACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAAt > 1:148481/1‑149 (MQ=255) ctgcACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATg > 8:136547/1‑148 (MQ=255) tgcACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCa > 2:152189/1‑149 (MQ=255) cACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCAtt > 2:73096/1‑149 (MQ=255) cACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCAt < 3:141085/148‑1 (MQ=255) cGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTgg < 2:28180/149‑1 (MQ=255) gTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGc > 7:278286/1‑117 (MQ=255) gTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGc < 8:278286/117‑1 (MQ=255) ggTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGaa > 1:222414/1‑145 (MQ=255) gTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGAt > 3:96029/1‑149 (MQ=255) gTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGAt > 3:3114/1‑149 (MQ=255) tCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATg < 1:73096/149‑1 (MQ=255) tCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATg < 7:112565/149‑1 (MQ=255) ccGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTgg > 3:40987/1‑149 (MQ=255) cGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGc > 5:28017/1‑149 (MQ=255) gACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTggg < 5:312707/149‑1 (MQ=255) gCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTgg < 6:28017/149‑1 (MQ=255) gcATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAAt < 4:96029/149‑1 (MQ=255) tGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTCGATCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAg > 4:102482/1‑149 (MQ=255) cgcgCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCAt < 2:148481/148‑1 (MQ=255) ccgcTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGaaaa > 5:34813/1‑149 (MQ=255) tGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGAAAACGGc < 6:24654/149‑1 (MQ=255) gtgtgCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGAAAACGGCGaa > 8:278674/1‑147 (MQ=255) gtgtgCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGAAAACGGCGAACa < 4:3114/149‑1 (MQ=255) gtgCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGAAAACGGCGAACAGt > 7:101565/1‑149 (MQ=255) cccGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGAAAACGGCGAACAGTGcc > 5:131541/1‑149 (MQ=255) cccGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGAAAACGGCGAACAGTGcc > 4:222991/1‑149 (MQ=255) cGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGAAAACGGCGAACAGTGCCTg < 6:34813/149‑1 (MQ=255) tttGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGAAAACGGCGAACAGTGCCTGGAAGc < 6:131541/149‑1 (MQ=255) ttCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTg > 5:99664/1‑91 (MQ=255) ttCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTg > 5:95501/1‑91 (MQ=255) ttCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTg < 6:95501/91‑1 (MQ=255) ttCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTg < 6:99664/91‑1 (MQ=255) tCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGAAAACGGCGAACAGTGCCTGGAAGCTGCCCg > 6:234765/1‑149 (MQ=255) cAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGAAAACGGCGAACAGTGCCTGGAAGCTGCCCGCa > 6:222244/1‑149 (MQ=255) cAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGAAAACGGCGAACAGTGCCTGGAAGCTGCCCGCa > 4:202850/1‑149 (MQ=255) ctgctgcCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGAAAACGGCGAACAGTGCCTGGAAGCTGCCCGCACGCTgg < 5:222244/148‑1 (MQ=255) gcgtgcCGCCCGGGCCTGGCCAAGCACACGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCaa > 2:293298/4‑97 (MQ=21) gcgtgcCGCCCGGGCCTGGCCAAGCACACGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCaa < 1:293298/94‑1 (MQ=21) ctgcCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGAAAACGGCGAACAGTGCCTGGAAGCTGCCCGCACGCTGgcgc < 8:101565/148‑1 (MQ=255) tgcCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGAAAACGGCGAACAGTGCCTGGAAGCTGCCCGCACGCTGGCGCgg > 5:181143/1‑149 (MQ=255) gcgTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATGGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGAAAACGGCGAACAGTGCCTGGAAGCTGCCCGCACGCTGGCGCGGCAGc > 1:75444/1‑149 (MQ=255) | CAGCGGTCAGTGGTGCGGCGATCGGCATCGGGGCCACCCTGTTGCTGCACTGCGACCAGGTGCTGGTCAGCCGCTCGACCAAGCTGCGCATGCCTTTCGCGCCGCTGGGTGTGTGCCCGGAGTTTGGTTCCAGCCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTTGGCCAGGCCCGGGCGGCACGCTTGCTGCTGACCAATGCATTGCTGGATGGCGAACAGATGCTGGCCTGGGGGCTGGCCAATGAGCTGCATGAAAACGGCGAACAGTGCCTGGAAGCTGCCCGCACGCTGGCGCGGCAGC > NC_002947/4258743‑4259036 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |