Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,333,093 | T→G | 7.8% | intergenic (+33/+51) | PP_3804 → / ← yaiW | hypothetical protein/lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,333,093 | 0 | T | G | 7.8% | 153.5 / 5.0 | 51 | intergenic (+33/+51) | PP_3804/yaiW | hypothetical protein/lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/21); new base G (2/2); total (28/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 |
GTGATCAAGGCGGCCGGGGCCAAGCTGGTGGTGGTGGAGAGTGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCTTCGGGCTCTT > NC_002947/4332947‑4333230 | gTGATCAAGGCGGCCGGGGCCAAGCTGGTGGTGGTGGAGAGTGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCtt < 4:235588/148‑1 (MQ=255) gTGATCAAGGCGGCCGGGGCCAAGCTGGTGGTGGTGGAGAGTGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTc > 8:180783/1‑149 (MQ=255) cAAGGCGGCCGGGGCCAAGCTGGTGGTGGTGGAGAGTGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGccc < 1:194907/148‑1 (MQ=255) aGGCGGCCGGGGCCAAGCTGGTGGTGGTGGAGAGTGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCgtg > 7:52579/1‑149 (MQ=255) aGGCGGCCGGGGCCAAGCTGGTGGTGGTGGAGAGTGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCGAAGCCCgtg < 1:15655/149‑1 (MQ=255) aGGCGGCCGGGGCCAAGCTGGTGGTGGTGGAGAGTGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCGAAGCCCgtg < 7:170860/149‑1 (MQ=255) aGGCGGCCGGGGCCAAGCTGGTGGTGGTGGAGAGTGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCGAAGCCCgtg > 2:15655/1‑149 (MQ=255) cGGGGCCAAGCTGGTGGTGGTGGAGAGTGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTTTTAGCCAGCTTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCgg < 1:98515/149‑1 (MQ=255) ggggCCAAGCTGGTGGTGGTGGAGAGTGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCggg > 2:212951/1‑149 (MQ=255) 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gagTGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGt < 5:94549/149‑1 (MQ=255) tGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTtgc > 3:257564/1‑149 (MQ=255) tGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTtgc > 8:48052/1‑149 (MQ=255) ccTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTtgctgc > 3:215201/1‑148 (MQ=255) cTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCa < 1:8994/149‑1 (MQ=255) 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4:270638/1‑118 (MQ=255) cAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAAc < 3:270638/118‑1 (MQ=255) cAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCAc > 4:30355/1‑149 (MQ=255) ggCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCa > 5:40594/1‑148 (MQ=255) gCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCAc < 8:227892/137‑1 (MQ=255) gCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCAc > 7:227892/1‑137 (MQ=255) ttGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAAc > 2:212779/1‑147 (MQ=255) ggcgCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTg < 1:212951/149‑1 (MQ=255) ggcgCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTg < 4:210983/149‑1 (MQ=255) ggcgCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTg < 4:257564/149‑1 (MQ=255) gcgcTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTgg < 6:289365/149‑1 (MQ=255) aTCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAg < 5:271501/147‑1 (MQ=255) tCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCtt > 8:144406/1‑149 (MQ=255) aCAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAAc < 7:189553/128‑1 (MQ=255) aCAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAAc > 8:189553/1‑128 (MQ=255) gCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTaa > 2:236386/1‑149 (MQ=255) gcgcgGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCt > 6:271107/1‑148 (MQ=255) ggTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCTTCggg < 7:180783/149‑1 (MQ=255) gTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCTTCGGGc < 8:52579/149‑1 (MQ=255) tGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCCCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCTTCGGGct > 4:260749/1‑149 (MQ=255) ccgcgaacACGGGCGAAGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCTTCGGGct > 3:131229/8‑149 (MQ=255) tGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCTTCGGGCTCtt > 7:202952/1‑148 (MQ=255) | GTGATCAAGGCGGCCGGGGCCAAGCTGGTGGTGGTGGAGAGTGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCTTCGGGCTCTT > NC_002947/4332947‑4333230 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |