Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,346,547 | G→T | 8.7% | A182D (GCC→GAC) | gor ← | glutathione reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,346,547 | 0 | G | T | 8.7% | 161.7 / 4.6 | 58 | A182D (GCC→GAC) | gor | glutathione reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/28); new base T (2/3); total (26/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.63e-01 |
CTGGATGTCGGCGTTGAACTGCAGGTCGAGGCCGCGTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGAAGGCTTCGTTGGAGGTGATGGCCAGTTCCTTGCCGGGAATGTCCGGTACCTGCGGCCAGCCACCGGTAGCGATGAGGA > NC_002947/4346399‑4346691 | cTGGATGTCGGCGTTGAACTGCAGGTCGAGGCCGCGTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCgg > 7:63807/1‑149 (MQ=255) gTCGGCGTTGAACTGCAGGTCGAGGCCGCGTTTCTCCAGCTCTTGGTTCAGGTGGGTGCGCAGCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTAGAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCGAGGAAGATGCCGGCGAAtt > 6:174913/1‑149 (MQ=255) gTCGGCGTTGAACTGCAGGTCGAGGCCGCGTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCTCCACGGTACAGAAGTGTGGTGTCGGCACCCCGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAAtt > 6:179161/1‑149 (MQ=255) tCGGCGTTGAACTGCAGGTCGAGGCCGCGTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAAtt < 3:240474/148‑1 (MQ=255) ggCGTTGAACTGCAGGTCGAGGCCGCGTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGa > 6:116898/1‑149 (MQ=255) ggCGTTGAACTGCAGGTCGAGGCCGCGTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCCAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGa > 2:101533/1‑149 (MQ=255) gTTGAACTGCAGGTCGAGGCCGCGTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACgg > 8:106569/1‑149 (MQ=255) aaCTGCAGGTCGAGGCCGCGTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGTCGAATTCGCCGGcat < 8:175442/148‑3 (MQ=255) aGGTCGAGGCCGCGTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAAcc > 5:245096/1‑149 (MQ=255) ggTCGAGGCCGCGTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGat < 7:166973/142‑1 (MQ=255) ggTCGAGGCCGCGTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGat > 8:166973/1‑142 (MQ=255) gctgCCGCGTTTATCCAGCTCTTGGTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTTCAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCcccac < 6:44096/146‑1 (MQ=255) gAGGCCGCGTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTTTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCccca < 5:179161/148‑1 (MQ=255) gAGGCCGCGTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGAACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCccca < 5:174913/148‑1 (MQ=255) ggCCGCGTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCcccaccc < 8:212048/149‑1 (MQ=255) cgcgTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCTAAGCCGCGCATGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCcacccacc < 1:211899/149‑1 (MQ=255) cgcgTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCcacccacc > 4:219319/1‑149 (MQ=255) gTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACccaccacc < 1:75069/149‑1 (MQ=255) gTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACccaccac > 4:278240/1‑148 (MQ=255) tttCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACccaccacca < 3:104450/149‑1 (MQ=255) cAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCAcgc > 4:148984/1‑149 (MQ=255) gCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCAcgcgg > 8:30469/1‑149 (MQ=255) tctTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGTCGAATTCGCCGGcat < 5:134548/118‑3 (MQ=255) tctTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGTCGAATTCGCCGGcat > 6:134548/1‑116 (MQ=255) ttGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCAcgcggcgcg > 7:38794/1‑149 (MQ=255) gCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCAcgcggcgcgg > 6:154590/1‑148 (MQ=255) ttCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGc < 4:114764/135‑1 (MQ=255) ttCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGc > 3:114764/1‑135 (MQ=255) tCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCaaa > 8:129657/1‑149 (MQ=255) ggtgggtgCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGACGAATTCGa > 2:229340/1‑102 (MQ=255) ggtgggtgCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGACGAATTCGa < 1:229340/102‑1 (MQ=255) tgggtgCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCATCACGCGGCGCGGCAAATCCtt < 6:245096/149‑1 (MQ=255) tgggtgCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCtt < 3:278240/149‑1 (MQ=255) tgggtgCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCtt < 3:219319/149‑1 (MQ=255) tgggtgCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCtt < 8:63807/149‑1 (MQ=255) tgggtgCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCtt < 1:101533/149‑1 (MQ=255) ggtgCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGa < 7:30469/149‑1 (MQ=255) ggtgCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGa < 7:106569/149‑1 (MQ=255) cgcACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGt < 1:16591/148‑1 (MQ=255) gCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGaa > 6:1998/1‑144 (MQ=255) gCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGaa < 5:1998/144‑1 (MQ=255) gTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGTCGAATTCGCCGGcat < 2:123818/89‑3 (MQ=255) aGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGAAGGCTTCGTTGGAg < 3:148984/149‑1 (MQ=255) gCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGAAGGCTTCGTTGGAgg < 7:129657/149‑1 (MQ=255) cgcAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGAAGGCTTCGTTGGAGGTGAt < 5:116898/149‑1 (MQ=255) cACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCCCCCGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGAAGGGTTCGTGGGAGGTGATGGCCAGTTCCTTGCCg > 7:82186/1‑149 (MQ=255) cACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGAAGGCTTCGTTGGAGGTGATGGCCAGTTCCTTGCCg > 7:178348/1‑149 (MQ=255) tACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGa < 7:163313/109‑1 (MQ=255) tACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGa > 8:163313/1‑109 (MQ=255) tCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAgg < 1:241710/90‑1 (MQ=255) tCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAgg > 2:241710/1‑90 (MQ=255) ggCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGAAGGCTTCGTTGGAGGTGATGGCCAGTTCCTTGCCGGGAATGTCCGGTACCTGCGgcc < 8:38794/149‑1 (MQ=255) gCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGAAGGCTTCGTTGGAGGTGCTGGCCAGTTCCTTGCCGGGAATGTCCGGTACCTGCGgcca < 8:178348/149‑1 (MQ=255) tGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGAAGGCTTCGTTGGAGGTGATGGCCAGTTCCTTGCCGGGAATGTCCGGTACCTGCGGCCAGCCACCGGTAGc > 1:96699/1‑149 (MQ=255) gAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGAAGGCTTCGTTGGAGGTGATGGCCAGTTcc < 2:263459/106‑1 (MQ=255) gAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGAAGGCTTCGTTGGAGGTGATGGCCAGTTcc > 1:263459/1‑106 (MQ=255) tcgCCGTCGAATTCGCCGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGAAGGCTTCGTTGGAGGTGATGGCCAGTTCCTTGCCGGGAATGTCCGGTACCTGCGGCCAGCCACCGGTAGCGATGAg > 3:143233/3‑149 (MQ=255) ccGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCCCCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGAAGGCTTCGTTGGAGGTGATGGCCAGTTCCTTGCCGGGAATGTCCGGTACCTGCGGCCAGCCTCCGGTAGCGATGAGGa > 6:9567/1‑148 (MQ=255) ccGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGAAGGTTTCGTTGGAGGTGATGGCCAGTTCCTTGCCGGGAATGTCCGGTACCTGCGGCCAGCCACCGGTAGCGATGAGGa < 5:154590/148‑1 (MQ=255) | CTGGATGTCGGCGTTGAACTGCAGGTCGAGGCCGCGTTTCTCCAGCTCTTGCTTCAGGTGGGTGCGCACCGAGCCGTCGAAGCCGCGCAGGAACAGGTCGCCACGGTACAGCAGTGTGGTGTCGGCCCCCAGGCCCTGGAAGATGCCGGCGAATTCGACGGCGATATAACCCCCACCCACCACCAGCACGCGGCGCGGCAAATCCTTGAGGTAGAAGGCTTCGTTGGAGGTGATGGCCAGTTCCTTGCCGGGAATGTCCGGTACCTGCGGCCAGCCACCGGTAGCGATGAGGA > NC_002947/4346399‑4346691 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |