Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 337,822 | C→G | 19.1% | intergenic (‑72/+57) | PP_0279 ← / ← PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 337,822 | 0 | C | G | 19.1% | 89.1 / 14.4 | 47 | intergenic (‑72/+57) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/19); new base G (7/2); total (26/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.43e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 |
GCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACA > NC_002947/337675‑337967 | gctgGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCa < 5:304852/149‑1 (MQ=255) gATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGgcgc > 3:101387/1‑149 (MQ=255) aGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTAAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGTAATGGCAAGGATGTGTTGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCCCGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCA‑ACATTCAAGGTTGGCGCTaca > 5:312016/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) aGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCACCCACAGGTTTAGCGCC‑ACCTTGAAGGTTGGGGCGACCCCAGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAG‑GGAGGGAGTGAGGGGGCAGCGGGCGTGGCAGGCAGCCAcc > 6:301649/1‑148 (MQ=19) gATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCAcgcg < 2:43227/149‑1 (MQ=255) tgggggggtTTTGCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCaa < 1:62386/143‑1 (MQ=37) tggtTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATTGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGGTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAgcg > 7:8283/1‑149 (MQ=255) tgtgggCCTTTTCGCGGGCACGCCGGATCCCACTGTTTTAGGCCA‑AAATTCATGGTTGGCGCTAAACCTGTGGTTGGGGGGGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCca < 8:40350/145‑1 (MQ=255) 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(MQ=25) ccACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 7:289565/1‑148 (MQ=25) ccACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGc > 5:57966/1‑142 (MQ=255) ccACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGc < 6:57966/142‑1 (MQ=255) cacaGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 3:205972/1‑147 (MQ=255) acaGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 4:116635/1‑146 (MQ=25) 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4:205972/148‑1 (MQ=255) gcC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCt < 3:48832/112‑1 (MQ=255) gcC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCt > 4:48832/1‑112 (MQ=255) acaTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGaa < 5:133529/149‑1 (MQ=255) aTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAaca > 1:162625/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc < 6:241028/129‑1 (MQ=255) | GCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACA > NC_002947/337675‑337967 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |