| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,730,041 | C→G | 7.6% | G468A (GGC→GCC) | lpdG ← | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,730,041 | 0 | C | G | 7.6% | 244.1 / 8.8 | 79 | G468A (GGC→GCC) | lpdG | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/35); new base G (3/3); total (41/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.04e-01 | |||||||||||
CACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAAT > NC_002947/4729896‑4730186 | caccTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGcgccgc > 7:150526/1‑149 (MQ=255) tgACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCa > 4:271754/1‑149 (MQ=255) ccGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGGCGCCATTCAcgt < 2:169441/149‑3 (MQ=255) ccGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGGCGCCATTCAcgt < 6:80082/149‑3 (MQ=255) tcgcccGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAgc < 5:45122/146‑1 (MQ=255) gACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCAcc > 8:258483/1‑143 (MQ=255) gACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCAcc < 7:258483/143‑1 (MQ=255) aCCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAgc < 7:214664/148‑1 (MQ=255) ccGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAgc > 6:45122/1‑145 (MQ=255) ccGGGTTTCCCGTGTGAT‑CGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCgctgc > 7:226317/1‑149 (MQ=255) tttCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCa > 7:20055/1‑149 (MQ=255) tttCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCACCATCGCTCCTTCa > 4:37156/1‑149 (MQ=255) tCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCAt < 7:243200/148‑1 (MQ=255) cccGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATg > 6:281748/1‑148 (MQ=255) ccGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGc < 1:275869/148‑1 (MQ=255) ccGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGc > 1:40906/1‑148 (MQ=255) ccGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGc > 3:126419/1‑148 (MQ=255) cGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTc < 6:237178/126‑1 (MQ=255) cGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTc > 5:237178/1‑126 (MQ=255) aTCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTc > 3:121576/1‑149 (MQ=255) ccggtccggCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCg > 8:32603/1‑148 (MQ=255) gtccggCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACa < 6:206642/149‑1 (MQ=255) gtccggCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACa < 3:74749/149‑1 (MQ=255) cgtctgACTTTCCGAGGTTAGTAATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCAAGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGACAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAgg < 3:37156/143‑1 (MQ=255) cggcggACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAgg < 8:20055/148‑1 (MQ=255) ggcggACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCAt < 3:228709/130‑1 (MQ=255) ggcggACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCAt > 4:228709/1‑130 (MQ=255) tttCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATgg < 5:281748/149‑1 (MQ=255) gcgGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTg > 4:41168/1‑147 (MQ=255) aTGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTg < 7:147341/129‑1 (MQ=255) aTGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTg > 8:147341/1‑129 (MQ=255) aTGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCACCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTAGGATGGCTGAAGACCATCATg > 7:201643/1‑149 (MQ=255) aTGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTCGTTTCTTAGAAGTAACGGATCTTACGGTTGGCCACCTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGCCCAGGGTTGTATGGCTGAAGACCATCATg > 6:239334/1‑149 (MQ=255) tGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGc < 8:226317/149‑1 (MQ=255) cACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGcc > 1:166627/1‑148 (MQ=255) gCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGcc > 5:96301/1‑145 (MQ=255) aaGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATc > 1:300925/1‑149 (MQ=255) aaGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAAAGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATc > 1:305663/1‑149 (MQ=255) aCTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTc < 3:6500/149‑1 (MQ=255) cTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCg < 3:271754/149‑1 (MQ=255) tCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCa < 8:285119/94‑1 (MQ=255) tCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCgg > 1:145493/1‑149 (MQ=255) tCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACCGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCgg > 1:61079/1‑149 (MQ=255) acgacgGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAg > 3:161132/1‑125 (MQ=255) acgacgGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAg < 4:161132/125‑1 (MQ=255) gCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGc > 6:281521/1‑149 (MQ=255) gCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTAGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGc > 5:50402/1‑149 (MQ=255) cAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGcc > 7:141574/1‑149 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gccgTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACCAGTGCCGaggat < 3:159294/149‑5 (MQ=255) ttCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCatt > 1:167756/1‑145 (MQ=255) ttCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCatt < 2:167756/145‑1 (MQ=255) ttATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCattgcgattg > 7:198537/1‑149 (MQ=255) ataATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGcc > 1:272943/1‑130 (MQ=255) ataATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGcc < 2:272943/130‑1 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(MQ=255) aTGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCCGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGc < 8:234056/148‑1 (MQ=255) tGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGcc > 6:293943/1‑148 (MQ=255) ggCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACCAGTGCCGa > 8:278386/1‑98 (MQ=255) ggCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACCAGTGCCGa < 7:278386/98‑1 (MQ=255) cgccgcCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAAt > 6:202347/1‑148 (MQ=255) | CACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAAT > NC_002947/4729896‑4730186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |