| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 337,836 | C→T | 16.1% | intergenic (‑86/+43) | PP_0279 ← / ← PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 337,836 | 0 | C | T | 16.1% | 105.6 / 11.5 | 51 | intergenic (‑86/+43) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/21); new base T (5/3); total (26/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.74e-01 | |||||||||||
AGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAA > NC_002947/337689‑337980 | aGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTAAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGTAATGGCAAGGATGTGTTGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCCCGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCA‑ACATTCAAGGTTGGCGCTaca > 5:312016/1‑149 (MQ=255) cTGGTCTAGGGCCTGGTAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGTCCTCTTCGCTGTCACTCACGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑AAATTCAAGTTTGGAGCTACACCtgt < 6:312016/149‑1 (MQ=255) gCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAAAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTAACCCTTTGGGAGCGGGCGTGCCcgc > 8:284772/1‑149 (MQ=255) 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8:289565/149‑1 (MQ=255) gcgcTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTgcggc > 1:178480/1‑148 (MQ=255) cgcTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGaa < 7:113551/117‑1 (MQ=255) cgcTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGaa > 8:113551/1‑117 (MQ=255) gcTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCgaa < 2:162625/149‑1 (MQ=255) cTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTa < 7:226517/130‑1 (MQ=255) cTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTa > 8:226517/1‑130 (MQ=255) | AGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑GCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAA > NC_002947/337689‑337980 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |