| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,419,549 | +C | intergenic (‑38/+98) | PP_1242 ← / ← PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,419,548 | 1 | . | C | 93.3% | 39.0 / ‑2.8 | 15 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (10/4); total (10/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATG > NC_002947/1419406‑1419679 | aGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGGCGTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATGGTTTTGTTTCCCTGGAGTCTGGGGTGCCTGggctgg‑cctctt < 4:48180/149‑6 (MQ=255) ggAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca > 4:100198/1‑148 (MQ=255) gggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtg < 3:160301/149‑1 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgt < 2:37668/149‑1 (MQ=255) tgttgtTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTg > 4:138000/1‑149 (MQ=255) gttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGCGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCcgtgcgtg > 7:66154/1‑149 (MQ=255) cTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGCCGGCtgt > 7:151352/1‑149 (MQ=255) tgtgGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCCCGCCCGCTCCCACAGGTGCTGTGGAGTGCGTGACGGGGGTGGTGCCCCGGGGGGAGCGGGCGTGc > 8:80516/1‑149 (MQ=38) gtggtgGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGcc < 3:127311/149‑1 (MQ=255) tggtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGGAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGccc > 7:78900/1‑149 (MQ=255) tgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGGGCAGTGCGTGACGGCTGTGGGGACCCGGGGGGAGCGGGAGAGCCCGCGAAGAGGCCAGAc > 6:84745/1‑149 (MQ=37) ttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCAAGCCCGCTACCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCt > 3:83304/1‑149 (MQ=255) ggggggCTTTGTTTTGTTCCCGTGGTTGCGGGGTGGCTGGGGGGGGCC‑GCTTCGCGGGCACGCCGGCTCCCACGGGTAGTGGGCTGGGGGGGCGGGCTGGGGTGACCCGGGGGTTGGGGGGGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTaa < 8:66154/146‑1 (MQ=255) tgttttgtttCCCTGGTTTCGGGGTTGCGGGGGGTGG‑CGTCTTCGCGGGCCCGCCGGCTCCCACTGGTAGTGGGCAGTGCGTGAGGGCTGTGGTGCCCCTGTGGGAGGGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGgt < 8:78900/148‑1 (MQ=255) cccTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCCCCCCCGCTCCCCCAGGTACGGTGCCGTGCGGGCCGGCTGTGGGGACCCGGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCCCAGCGGGCTGACCGGCGTCTGGCAGGTGTGAAGcgcgt > 8:78575/1‑145 (MQ=255) tGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCCCGCCCGCTCCCCCAGGTTCTGTGCAGTGCGTGCCGGCTGTGGTGCCCCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGCAGAGGGCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCGCGGTGGGTTAATg > 3:48374/1‑149 (MQ=37) | AGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATG > NC_002947/1419406‑1419679 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |