| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,819,789 | Δ1 bp | 7.0% | intergenic (+26/‑449) | rpoS → / → PP_1624 | RNA polymerase sigma S factor/group II intron‑encoding maturase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,819,789 | 0 | G | . | 7.0% | 178.4 / 6.8 | 57 | intergenic (+26/‑449) | rpoS/PP_1624 | RNA polymerase sigma S factor/group II intron‑encoding maturase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/26); new base . (2/2); total (29/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
GATGTTGGGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGG > NC_002947/1819641‑1819928 | gaTGTTGGGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCg > 1:308578/1‑149 (MQ=255) gTTGGGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGGAAGGGCTCAAGCGATTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCAAGCGAGTCATTGTTCAAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGt > 1:94267/1‑149 (MQ=255) gTTGGGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCAGTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGt > 4:240558/1‑148 (MQ=255) gagaTCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑Cg < 1:78178/146‑1 (MQ=255) gagaTCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑Cg > 2:78178/1‑146 (MQ=255) aTCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGt > 5:219770/1‑149 (MQ=255) cGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGttt > 2:132848/1‑149 (MQ=255) gCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGttttt < 6:219770/149‑1 (MQ=255) ccgcaCCCGTTCACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGTGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGtt > 4:165475/5‑145 (MQ=255) 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GATGTTGGGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGT‑GGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGG > NC_002947/1819641‑1819928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |