| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,470,613 | Δ1 bp | 7.0% | coding (178/1182 nt) | PP_2165 → | two‑component system response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 2,470,613 | 0 | C | . | 7.0% | 320.9 / 15.9 | 100 | coding (178/1182 nt) | PP_2165 | two‑component system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/50); new base . (4/3); total (47/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CATCGATGACGACGACGTGGTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCT > NC_002947/2470465‑2470758 | catcGATGACGACGACGTGGTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGc > 6:179828/1‑149 (MQ=255) atcGATGACGACGACGTGGTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGcc > 5:41686/1‑149 (MQ=255) atcGATGACGACGACGTGGTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGACCTCCAGGCCGGGAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTCATCTGCGATCTGC‑GCATGcc > 8:343477/1‑149 (MQ=255) tGACGACGACGTGGTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACGTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGa < 1:32230/149‑1 (MQ=255) tGACGACGACGTGGTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGCGGCATG‑CGCAGa < 4:168253/149‑1 (MQ=255) gacgacgTGGTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATggg > 7:19617/1‑149 (MQ=255) acgacgTGGTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGggc > 4:31364/1‑149 (MQ=255) acgacgTGGTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGGCTTCGAAGCACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGCGGCATG‑CGCAGAtcgca < 5:336/149‑5 (MQ=255) gacgTGGTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGggcgg > 5:180124/1‑149 (MQ=255) gacgTGGTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGGTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGggcgg > 4:89469/1‑149 (MQ=255) tCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGaa < 3:305307/149‑1 (MQ=255) ccGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCACCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTGTTCGAAGAACACCAGCCCGCCCTCGTGAACTCCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTGGaag > 3:12389/1‑148 (MQ=255) cGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAAc < 2:304036/148‑1 (MQ=255) 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< 7:192759/149‑1 (MQ=255) cacCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTgcg > 3:79341/1‑149 (MQ=255) gCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTgg < 3:89469/149‑1 (MQ=255) gCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTgg < 4:139915/149‑1 (MQ=255) cGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGgcg > 2:185011/1‑149 (MQ=255) cGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGgcg > 2:335495/1‑149 (MQ=255) gACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGgcgc > 7:7912/1‑149 (MQ=255) cTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGcgccgc < 3:272294/149‑1 (MQ=255) tCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCgccgcc > 1:182869/1‑149 (MQ=255) gcccatctgcgGCATG‑CGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCt > 3:73239/5‑149 (MQ=255) gcgatctgc‑gCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGcgccgc > 4:58020/1‑139 (MQ=255) cgatctgc‑gCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTAcc < 7:11298/146‑1 (MQ=255) cgatctgc‑gCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCt < 6:102292/147‑1 (MQ=255) cgatctgc‑gCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTGGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCtc < 2:150595/148‑1 (MQ=255) cgatctgc‑gCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGGCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTa < 5:350067/144‑1 (MQ=255) ccatctgcgGCATG‑CGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCtca > 7:333414/3‑149 (MQ=255) ccatctgcgGCATG‑CGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCtca > 3:52829/3‑149 (MQ=255) ccatctgcgGCATG‑CGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCtca > 1:194259/3‑149 (MQ=255) catctgcgGCATG‑CGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGGGGTGTGCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCtcat < 2:194259/148‑1 (MQ=255) c‑gcATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCtcat < 4:79341/143‑1 (MQ=255) c‑gcATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCtcat < 8:7912/143‑1 (MQ=255) c‑gcATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGc < 1:335495/148‑1 (MQ=255) cATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGc > 5:361211/1‑149 (MQ=255) aTGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCt > 7:73727/1‑149 (MQ=255) aTGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCt > 3:328164/1‑149 (MQ=255) | CATCGATGACGACGACGTGGTCCGTGCCAGCCTCGCCGCCTATCTTGAAGACAGTGGTTTCAGCGTCCTCCAGGCCGGTAATGGCCAGCAGGGGCTTCAGGTCTTCGAAGAACACCAGCCCGACCTCGTGATCTGCGATCTGC‑GCATGCCGCAGATGGGCGGCCTCGAACTGATCCGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCT > NC_002947/2470465‑2470758 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |