| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,787,340 | Δ1 bp | 14.1% | coding (1295/1392 nt) | PP_3350 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,787,340 | 0 | T | . | 14.1% | 186.4 / 26.8 | 64 | coding (1295/1392 nt) | PP_3350 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/27); new base . (4/5); total (32/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.61e-01 | |||||||||||
GCATGAATGATGCATGTGTGGCCCTCTGTTGTTGTTATCGGTCGGGTGGTCAAAGGCGGAACGTGGCGCGTACTGAGACAAACGA‑CGA‑ATCTTCGCCGCCAGCCTCCTTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGACATGGCGACCCGTGCCGCGGGTGTTGGCCAGCATGCTCATGCCGGGCATGTACACGCCGTCTTCCTCACGCTGTTTCCACACTTCGAA > NC_002947/3787194‑3787485 | gcATGAATGATGCATGTGTGGCCCTCTGTTGTTGTTATCGGTCGGGTGGTCAAAGGCGGAACGTGGCGCGTACTGAGACAAACGA‑CGA‑ATCTTCGCCGCCAGCCTCCTTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTc > 8:40699/1‑148 (MQ=255) cATGTGTGGCCCTCTGTTGTTGTTATCGGTCGGGGGGGCAAAGGCGGAACGTGGCGCGTACTGAGACAAACGA‑CGA‑ATCTTCGCCGCCAGCCTCCTTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTg < 2:151218/149‑1 (MQ=255) aTGTGTGGCCCTCTGTTGTTGTTATCGGTCGGGTGGTCAAAGGCGGAACGTGGCGCGTACTGAGACAAACGAGGGAGATCTTCGCCGCCGGCCACCATGATTGCCGAGCCCACGTCGTAGTACTTAAGGTCAAGCTGCAGGGTCAGCtt > 1:293853/1‑149 (MQ=255) 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6:325117/1‑137 (MQ=255) aaGGCGGAACGTGGCGCGTACTGAGACAAACGA‑CGA‑ATCTTCGCCGCCAGCCTCCTTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGgcgc < 5:325117/137‑1 (MQ=255) gCGGAACGTGGCGCGTACTGAGACAAACGA‑CGA‑ATCTTCGCCGCCAGCCTCCTTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGa > 4:186136/1‑149 (MQ=255) aaCGTGGCGCGTACTGAGACAAACGA‑CGA‑ATCTTCGCCGCCAGCCTCCTTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGACATg > 4:48291/1‑149 (MQ=255) cttGGCGCGTACTGAGACAAACGA‑CGA‑ATCTTCGCCGCCAGCCTCCTTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGACATgg < 3:246104/146‑1 (MQ=255) ggCGCGTACTGAGACAAACGA‑CGA‑ATCTTCGCCGCCAGCCTCCTTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGACATgg > 4:246104/1‑145 (MQ=255) 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aaaCGA‑CGA‑ATCTTCGCCGCCAGCCTCCTTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTg < 4:101078/82‑1 (MQ=255) aaaCGA‑CGA‑ATCTTCGCCGCCAGCCTCCTTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTg > 3:101078/1‑82 (MQ=255) aaaCGA‑CGA‑ATCTTCGCCGCCAGCCTCCTTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCACGCCAGCGCGTGCTg < 7:310424/106‑1 (MQ=255) aaaCGA‑CGA‑ATCTTCGCCGCCAGCCTCCTTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGG‑CCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGACATGGCGACCCGTGCCGCGGGTGtt > 2:67/1‑149 (MQ=255) acga‑cgA‑ATCTTCGCCGCCAGCCTCCTTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGTGTCAGGTTGGGAGTGGCAACCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGACATGGCGACCCGCGGCACGGgtcgcc < 6:340007/149‑5 (MQ=255) ga‑cga‑ATCTTCGCCGCCAGCCTCCTTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGACATGGCGACCCGTGCCGCGGGTGTTGGc < 7:65746/149‑1 (MQ=255) 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4:4018/110‑1 (MQ=255) gccAGCCTCCTTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGACAt > 3:4018/1‑110 (MQ=255) cAGCCTCCTTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGG‑CCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGACATGGCGACCCGTGCCGCGGGTGTTGGCCAg < 8:257372/135‑1 (MQ=255) cAGCCTCCTTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGG‑CCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGACATGGCGACCCGTGCCGCGGGTGTTGGCCAg > 7:257372/1‑135 (MQ=255) ctcctTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGACATGGCGACCCGTGCCGCGGGTGTTGGCCAGCATGCTCATGCCGGGCa > 3:258641/1‑149 (MQ=255) ctTGATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGG‑CCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGACATGGCGACCCGTGCCGCGGGTGTTGGCCAGCATGCTCATGCCGGGCATGt < 3:40565/148‑1 (MQ=255) gATGGCCGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGACATGGCGACCCGTGCCGCGGGTGTTGGCCAGCATGCTCATGCCGGGCATGTaca > 1:77807/1‑149 (MQ=255) ccGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGa > 7:63069/1‑81 (MQ=255) ccGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGa < 8:63069/81‑1 (MQ=255) ccGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGACATGGCGACTCGTGCCGCGGGTGTTGGCCAGCATGCTCATGCCGGGCATGt > 1:3142/1‑141 (MQ=255) ccGTGCCCACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGACATGGCGACTCGTGCCGCGGGTGTTGGCCAGCATGCTCATGCCGGGCATGt < 2:3142/141‑1 (MQ=255) cccACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGACATGGCGACCCGTGCCGCGGGTGTTGGCCAGCATGCTCATGCCGGGCATGTACACGCCGTCTTc < 2:1957/149‑1 (MQ=255) cccACGTCGTAGTACTTCAGGTCAAGGTCCAGGGTCAGGTTGGGAGTGGCAAGCCAGCGCGTGCTGGCGCGGTAGATGGTACCGACATGGCGACCCGTGCCGCGGGTGTTGGCCAGCATGCTCATGCCGGGCATGTACACGCCGTCTTc < 7:266515/149‑1 (MQ=255) 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NC_002947/3787194‑3787485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |