| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,733,017:1 | +C | 7.8% | coding (2618/2832 nt) | sucA ← | 2‑oxoglutarate dehydrogenase subunit E1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,733,017 | 1 | . | C | 7.8% | 203.4 / 11.2 | 51 | coding (2618/2832 nt) | sucA | 2‑oxoglutarate dehydrogenase subunit E1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (23/24); new base C (2/2); total (25/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.69e-01 | |||||||||||
GCGTCGCGACCGGCGTATTCCAGGACCAGTGCCTTGTTGTGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCACGGCGTTTTTCCAGCAGGTCGTAGTAGACCTTGCCGCTGCA > NC_002947/4732885‑4733153 | gCGTCGCGACCGGCGTATTCCAGGACCAGTGCCTTGTTGTGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAg < 3:164513/149‑1 (MQ=255) gTCGCGACCGGCGTATTCCAGGACCAGTGCCTTGTTGTGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGgt < 4:284565/135‑1 (MQ=255) gTCGCGACCGGCGTATTCCAGGACCAGTGCCTTGTTGTGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGgt > 3:284565/1‑135 (MQ=255) tCGCGACCGGCGTATTCCAGGACCAGTGCCTTGTTGTGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGAt > 2:18912/1‑149 (MQ=255) gACCGGCGTATTCCAGGACCAGTGCCTTGTTGTGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTc > 4:284216/1‑148 (MQ=255) aCCGGCGTATTCCAGGACCAGTGCCTTGTTGTGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACCCCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGa > 2:252003/1‑149 (MQ=255) gTATTCCAGGACCAGTGCCTTGTTGTGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTAATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGAc > 7:154951/1‑144 (MQ=255) ccAGGACCAGTGCCTTGTTGTGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTTACACCA‑ACCTCAAGCATGCGGTCTGGTGTCAggaag > 4:228866/1‑124 (MQ=25) ccAGGACCAGTGCCTTGTTGTGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTTACACCA‑ACCTCAAGCATGCGGTCTGGTGTCAggaag < 3:228866/127‑4 (MQ=25) ccAGGACCAGTGCCTTGTTGTGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTc < 1:18912/148‑1 (MQ=255) ccAGGACCAGTGCCTTGTTGTGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTc < 4:244383/148‑1 (MQ=255) cAGTGCCTTGTTGTGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGAGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCAGACACCAGACCGCATGCATGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAggg > 6:87352/1‑148 (MQ=255) gTGCCTTGTTGTGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAAc < 3:284216/149‑1 (MQ=255) tttgtGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATAc < 8:154951/147‑1 (MQ=255) gttgtGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGa > 2:355093/1‑145 (MQ=255) gttgtGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGa < 1:355093/145‑1 (MQ=255) gttgtGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACa > 4:208198/1‑149 (MQ=255) ggcggcCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAgctgc < 8:265177/149‑1 (MQ=255) aTACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAg > 6:342503/1‑149 (MQ=255) gcATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGc > 1:227058/1‑148 (MQ=255) gcATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCg < 6:207110/149‑1 (MQ=255) aTGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGAt < 3:208198/149‑1 (MQ=255) gtgCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCtt > 4:209375/1‑149 (MQ=255) ctggctgCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTc > 2:128071/1‑147 (MQ=255) ctggctgCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTc < 1:128071/147‑1 (MQ=255) tggctgCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTATGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTcgcg > 6:66655/1‑149 (MQ=255) tgTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCg > 8:143692/1‑149 (MQ=255) gTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCg < 6:4830/79‑1 (MQ=255) gTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCg > 5:4830/1‑79 (MQ=255) tACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCgg > 8:204554/1‑148 (MQ=255) ccAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCAc > 8:312781/1‑149 (MQ=255) ccAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCAc > 2:66076/1‑149 (MQ=255) gcCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCACGGCGtt < 7:196244/149‑1 (MQ=255) gTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCTAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCACGGCGTTTTTc < 5:297688/147‑1 (MQ=255) gTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCACGGCGTTTTTCca < 5:342503/149‑1 (MQ=255) aTCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTcgcg < 6:114584/122‑1 (MQ=255) aTCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTcgcg > 5:114584/1‑122 (MQ=255) tctTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCACGGCGTTTTTCCAGCAGGTCgta > 7:133043/1‑149 (MQ=255) ttCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCTGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCACGGCGTTTTTCCAGCAGGTCgta < 5:87352/147‑1 (MQ=255) cccTTACACCA‑ACCTCAAGCATGCGGTCTGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGAt < 6:317791/103‑1 (MQ=25) cccTTACACCA‑ACCTCAAGCATGCGGTCTGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGAt > 5:317791/2‑104 (MQ=25) ccTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCACGGCGTTTTTCCAGCAGGTCgtagta < 7:312781/148‑1 (MQ=255) cTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCACGGCGTTTTTCCAGCAGGTCGTAGTAGa < 3:209375/149‑1 (MQ=255) tGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCACGGCGTTTTTCCAGCAGGTCGTAGTAGAc > 4:239603/1‑149 (MQ=255) cacCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGAAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCACGGCGTTTTTCCAGCAGGTCGTAGTAGACCtt > 7:238574/1‑149 (MQ=255) acCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCACGGCGTTTTTCCAGCAGGTCGTAGTAGACCTTg < 3:239603/149‑1 (MQ=255) ccAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCACGGCGTTTTTCCAGCAGGTCGTAGTAGACCTTGc < 8:133043/149‑1 (MQ=255) ccAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCACGGCGTTTTTCCAGCAGGTCGTAGTAGACCTTGc < 2:227058/149‑1 (MQ=255) ccAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCACGGCGTTTTTCCAGCAGGTCGTAGTAGACCTTGc < 1:66076/149‑1 (MQ=255) cTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCACGGCGTTTTTCCAGCAGGTCGTAGTAGACCTTGCCGCTGca < 5:11700/144‑1 (MQ=255) cTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCACGGCGTTTTTCCAGCAGGTCGTAGTAGACCTTGCCGCTGca > 6:11700/1‑144 (MQ=255) | GCGTCGCGACCGGCGTATTCCAGGACCAGTGCCTTGTTGTGGCGGCCCAGGATACGGCGCATGTGGTGCTGGCTGCTGTACCAGGCGCCCTGGTTCATCGGCTCTTCCTGACACCAGACCGCATGCTTGAGGT‑TGGTGTAAGGGGCGAGGATTTCGACCAGATCGTCCTCAGGGAACGGATACAGCTGCTCGATACGCAGGATGGCGATGTCTTCGCGGCCTTCGGCACGGCGTTTTTCCAGCAGGTCGTAGTAGACCTTGCCGCTGCA > NC_002947/4732885‑4733153 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |