| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,286,505:1 | +G | 7.3% | coding (801/1668 nt) | ggt ← | gamma‑glutamyltranspeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,286,505 | 1 | . | G | 7.3% | 214.2 / 9.1 | 55 | coding (801/1668 nt) | ggt | gamma‑glutamyltranspeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (26/25); new base G (2/2); total (28/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
GTAATCGGCGCGGTCGGCGAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAATCGGCGGTCTTGCC > NC_002947/5286358‑5286651 | gTAATCGGCGCGGTCGGCGAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTc‑g < 6:344988/149‑1 (MQ=255) aTCGGCGCGGTCGGCGAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTc‑ggcg < 5:6615/149‑1 (MQ=255) tCGGCGAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGt < 2:255257/149‑1 (MQ=255) cGGCGAACACCCGCTTTTCGATCTCCGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGta < 7:306906/149‑1 (MQ=255) ggCGAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGta < 1:187356/148‑1 (MQ=255) gAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATaca > 7:346703/1‑149 (MQ=255) gAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCG‑CCGAGCTCGGGCGGTgt > 4:350935/1‑137 (MQ=255) gAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCG‑CCGAGCTCGGGCGGTgt < 3:350935/138‑2 (MQ=255) acCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATAcacca > 8:123797/1‑148 (MQ=255) acCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATAcacca > 6:18774/1‑148 (MQ=255) gCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATac > 1:69912/1‑140 (MQ=255) gCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATac < 2:69912/140‑1 (MQ=255) tctcGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCG‑CCGAGCTCGGGCGGTgtg > 1:308814/1‑120 (MQ=255) tctcGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCG‑CCGAGCTCGGGCGGTgtg < 2:308814/122‑3 (MQ=255) cAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACgg > 8:236145/1‑149 (MQ=255) aCAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACAACATTGCCACGCCAGCTCACGGc > 4:184837/1‑148 (MQ=255) cgcCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGtata < 7:143576/105‑1 (MQ=255) cgcCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGtata > 8:143576/1‑105 (MQ=255) cGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCg > 3:217425/1‑149 (MQ=255) cgcCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTaa < 7:123797/148‑1 (MQ=255) gcCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTCATGCCCATCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATc > 6:71871/1‑149 (MQ=255) gcCACCCCTCTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATc > 3:143165/1‑149 (MQ=255) ccACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATcc > 4:177719/1‑149 (MQ=255) ccccTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTc < 4:217425/149‑1 (MQ=255) ccccTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTc < 6:125344/149‑1 (MQ=255) cccTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGACCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCtt > 4:25702/1‑147 (MQ=255) cccTCTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCGTTGTAATCCTTCa < 4:143165/149‑1 (MQ=255) cTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAgg > 7:1461/1‑149 (MQ=255) tttGAAGTCGGCCGTGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACCCCAGCTCACGGCCATCGCTTCACGCCATACCCCCTAGTAATCCATCAgg > 2:246418/1‑148 (MQ=255) tttGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGt > 2:224879/1‑149 (MQ=255) gTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTcttctt < 3:177719/149‑1 (MQ=255) cGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGACCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTg < 3:25702/149‑1 (MQ=255) gCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGt < 8:346703/149‑1 (MQ=255) gcgGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCa < 5:18774/149‑1 (MQ=255) ttCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATAcc > 1:126266/1‑109 (MQ=255) ttCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATAcc < 2:126266/109‑1 (MQ=255) ccTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCttt < 4:359552/148‑1 (MQ=255) cTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGt > 1:147274/1‑149 (MQ=255) ccAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTCATCCTGCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGGCAGCCTg > 3:272100/1‑148 (MQ=255) cAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCa < 1:246418/149‑1 (MQ=255) tGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTgcgc > 3:154663/1‑149 (MQ=255) ggCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGcca < 7:236145/149‑1 (MQ=255) gcgaGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGccac < 8:1461/146‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGccac > 7:142653/1‑149 (MQ=255) cacaCCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAAt > 3:270423/1‑149 (MQ=255) acacCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAATc > 1:151056/1‑149 (MQ=255) acCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAATcgg < 1:224879/149‑1 (MQ=255) cGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAATcggcg > 1:113959/1‑149 (MQ=255) gCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAATcggcgg < 8:239627/149‑1 (MQ=255) cccGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAgg < 6:162200/108‑1 (MQ=255) cccGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAgg > 5:162200/1‑108 (MQ=255) cccGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCt > 3:108914/1‑121 (MQ=255) cccGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCt < 4:108914/121‑1 (MQ=255) ccGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTGAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAATCGGCGGTc < 5:71871/149‑1 (MQ=255) ccGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAATCGGCGGTc < 4:154663/149‑1 (MQ=255) gAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAATCGGCGGTCtt < 4:270423/149‑1 (MQ=255) cTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCAACGGTTCACGCCATACCGCCATGTACTCCTTCAGGTCTTCTTTCGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAATCGTCGGACTAGcc > 3:124621/1‑149 (MQ=255) | GTAATCGGCGCGGTCGGCGAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAATCGGCGGTCTTGCC > NC_002947/5286358‑5286651 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |