| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,997,189:1 | +G | 21.1% | intergenic (‑158/+42) | PP_5252 ← / ← PP_5253 | hypothetical protein/arylesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,997,189 | 1 | . | G | 21.1% | 94.6 / 29.8 | 38 | intergenic (‑158/+42) | PP_5252/PP_5253 | hypothetical protein/arylesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (10/20); new base G (2/6); total (12/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
GGGGCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCC‑CTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCACGA > NC_002947/5997047‑5997333 | ggggCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCC‑CTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGt < 5:155665/147‑1 (MQ=255) ggggCGGCTGGTGTACTGGTAAGCATGGGGGTTTATTCAAGGGCTGGGCTTTAATGGTTGTGCGGTGGGTTGAAGATTGTTAGCC‑CTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAGA‑ACTTCTg < 2:164944/149‑1 (MQ=25) cAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCC‑CTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGACGT‑TGTAGGAGc < 2:184369/149‑1 (MQ=255) 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cGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCC‑CTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTAccc < 3:292839/148‑1 (MQ=255) cGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCC‑CTGGTCAAACTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCcg > 3:114835/1‑149 (MQ=255) gCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCC‑CTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa < 2:267441/149‑1 (MQ=255) aTGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCC‑CTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGt > 5:155745/1‑126 (MQ=255) aTGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCC‑CTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGt < 6:155745/126‑1 (MQ=255) tGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCC‑CTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTACTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAAt > 3:73848/1‑149 (MQ=255) gCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCGCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTTAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAAt > 1:84088/1‑149 (MQ=255) gCCTGGGCTTGAATGTATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCC‑CTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGc < 2:84088/149‑1 (MQ=255) tGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCC‑CTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACagac < 7:95874/101‑4 (MQ=255) tGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCC‑CTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACagac > 8:95874/1‑98 (MQ=255) ggCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCC‑CTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGaa < 4:73848/148‑1 (MQ=255) tgCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCC‑CTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAg < 4:105495/148‑1 (MQ=255) 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3:142186/109‑1 (MQ=255) gaagGTTAGCC‑CTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTGGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCAtt < 1:296561/142‑1 (MQ=255) gCC‑CTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCAt < 8:249711/148‑1 (MQ=255) cTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGa < 1:327027/147‑1 (MQ=255) gctgcCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTg > 3:294792/1‑149 (MQ=255) ccTGTTCGGGGGTAAACCCGCTCATACA‑AGTTCTGTCTCTGGGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCAt < 5:47619/149‑1 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCtt < 4:114835/149‑1 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGc > 1:75580/1‑149 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTc < 4:294792/148‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACAGACGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCCGCTGCTGCGCATGa < 7:310102/101‑1 (MQ=37) ccGCTCCTACAGACGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGGTGCGCATGAGTCACTGCAAAAc < 7:229392/114‑1 (MQ=37) ccGCTCCTACAGACGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGa > 8:310102/1‑101 (MQ=37) ccGCTCCTACAGACGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAAc > 8:229392/1‑114 (MQ=255) ccTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCAc > 1:335741/1‑148 (MQ=255) tACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCACGa > 3:67052/1‑148 (MQ=255) | GGGGCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCC‑CTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCT‑GGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGTCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCACGA > NC_002947/5997047‑5997333 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |