New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2775128 = | 50 (0.880) | 4 (0.070) | 4/246 | NT | 7.7% | coding (384/1353 nt) | PP_5521 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 2775164 = | 49 (0.910) | coding (348/1353 nt) | PP_5521 | hypothetical protein |
CCAGGCGTTGCACTTGCGGGCCGCCCCAGCCATCGGTCACACGCACGCCCTCGGCATTGGCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGGTGTGCGGGTGGCCAGGCCTTGCGGAATGCCTGGC > NC_002947/2774980‑2775273 | ccaggcGTTGCACTTGCGGGCCGCCCCAGCCATCGGTCACACGCACGCCCTCGGCATTGGCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCaccacc > 7:269711/1‑149 (MQ=255) aggcagccaaccgtcctggcgtcgacgaacagcagcgccaggcattccgcaaggcctggccacccgcacaccaccccttgataccgttgctcgaagaccacggccaaggcatcagccatgtcctgctgctggaagatggcagcctgctg > 5:133686‑M1/147‑149 (MQ=255) aggcagccaaccgtcctggcgtcgacgaacagcagcgccaggcattccgcaaggcctggccacccgcacaccaccccttgataccgttgctcgaagaccacggccaaggcatcagccatgtcctgctgctggaagatggcagcctgctg > 8:221083‑M1/147‑149 (MQ=255) gcGTTGCACTTGCGGGCCGCCCCAGCCATCGGTCACACGCACGCCCTCGGCATTGGCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGc < 4:191024/149‑1 (MQ=255) aCTTGCGGGCCGCCCCAGCCATCGGTCACACGCACGCCCTCGGCATTGGCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTc > 7:210322/1‑149 (MQ=255) gCGGGCCGCCCCAGCCATCGGTCACACGCACGCCCTCGGCATTGGCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGt > 5:21043/1‑147 (MQ=255) cgccCCAGCCATCGGTCACACGCACGCCCTCGGCATTGGCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGAACGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATg > 6:167913/1‑149 (MQ=255) cccAGCCATCGGTCACACGCACGCCCTCGGCATTGGCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTgg > 6:293835/1‑128 (MQ=255) cccAGCCATCGGTCACACGCACGCCCTCGGCATTGGCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGcc > 2:194859/1‑148 (MQ=255) gacgaacagcagcgccaggcattccgcaaggcctggccacccgcacaccaccccttgataccgttgctcgaagaccacggccaaggcatcagccatgtcctgctgctggaagatggcagcctgCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGa < 3:288402‑M1/26‑1 (MQ=255) gCCATCGGTCACACGCACGCCCTCGGCATTGTCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGc < 7:135479/149‑1 (MQ=255) gCCATCGGTCACACGCACGCCCTCGGCATTGGCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGc < 6:27407/149‑1 (MQ=255) tCGGTCACACGCACGCCCTCGGCATTGGCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCTGCGGCCAAAGTGTTCGAGGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGc < 6:56051/149‑1 (MQ=255) ggTCACACGCACGCCCTCGGCATTGGCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGACTACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGc < 1:68693/148‑1 (MQ=255) gTCACACGCACGCCCTCGGCATT‑GCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCcag > 1:51551/1‑148 (MQ=255) cacgcacgCCCTCGGCATTGGCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAgg < 5:109438/149‑1 (MQ=255) attccgcaaggcctggccacccgcacaccaccccttgataccgttgctcgaagaccacggccaaggcatcagccatgtcctgctgctggaagatggcagcctgCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCa > 4:288402‑M1/104‑149 (MQ=255) ccTCGGCATTGGCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCa > 6:142341/1‑146 (MQ=255) ccTCGGCATTGGCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCa < 5:142341/146‑1 (MQ=255) cgcaaggcctggccacccgcacaccaccccttgataccgttgctcgaagaccacggccaaggcatcagccatgtcctgctgctggaagatggcagcctgCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCcagca < 6:103088‑M1/38‑1 (MQ=255) cgcaaggcctggccacccgcacaccaccccttgataccgttgctcgaagaccacggccaaggcatcagccatgtcctgctgctggaagatggcagcctgCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCcagca > 5:103088‑M1/100‑137 (MQ=255) ggCATTGGCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCca < 5:139913/149‑1 (MQ=255) ggCATTGGCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCca < 1:194859/149‑1 (MQ=255) ggCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGAACGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCcagcagc < 5:167913/148‑1 (MQ=255) gAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGc > 3:146849/1‑149 (MQ=255) gcgcCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGc < 8:269711/149‑1 (MQ=255) gccgcGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGAt < 1:169322/145‑1 (MQ=255) gccgcGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGAt > 2:169322/1‑145 (MQ=255) ccgcGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCAAGCAACAGGACATTGCTGATGCAtt > 6:204199/1‑149 (MQ=255) cgcgcgGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAACAGGACATGGCTGATGCCTTg < 5:204199/149‑1 (MQ=255) gcgGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGcc < 6:21043/149‑1 (MQ=255) gggCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTg < 8:210322/149‑1 (MQ=255) cAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATgg > 1:284159/1‑129 (MQ=255) cAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATgg < 2:284159/129‑1 (MQ=255) cGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTAt > 4:54918/1‑148 (MQ=255) gATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATc > 8:304927/1‑148 (MQ=255) aTGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCaa < 3:54918/149‑1 (MQ=255) cGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTc < 5:64809/130‑1 (MQ=255) cGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTc > 6:64809/1‑130 (MQ=255) ccGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGgtgt > 8:221044/1‑149 (MQ=255) cGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGgtgt < 7:306048/148‑1 (MQ=255) gggTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGGTGTGCg > 5:187503/1‑149 (MQ=255) ccccATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGGTGTGCGGGTGGc > 5:343636/1‑149 (MQ=255) cccATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAggg > 7:130823/1‑132 (MQ=255) cccATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAggg < 8:130823/132‑1 (MQ=255) cccATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGGTGTGCGGGt < 2:220724/145‑1 (MQ=255) cccATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGGTGTGCGGGt > 1:220724/1‑145 (MQ=255) ccATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGGTGTGCGGGTGGc > 8:22292/1‑147 (MQ=255) gtggtCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGc < 7:91556/86‑1 (MQ=255) gtggtCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGc > 8:91556/1‑86 (MQ=255) tggtCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGGTGTGCGGGTGGCCAGGCCtt < 7:221044/149‑1 (MQ=255) ggtCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGGTGTGCGGGTGGCCAGGCCTTg < 7:304927/149‑1 (MQ=255) tCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGGTGTGCGGGTGGCCAGGCCTTGCg > 8:32524/1‑149 (MQ=255) cGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGGTGTGCGGGTGGCCAGGCCTTGCg > 1:2683/1‑148 (MQ=255) gA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGGTGTGCGGGTGGCCAGGCCTTGCgg > 1:12297/1‑148 (MQ=255) tACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGCGTGGTGTGCGGGTGGCCAGGCCTTGCGGAAt > 4:246567/1‑149 (MQ=255) cGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGGTGTGCGGGTGGCCAGGCCTTGCGGAATg < 4:146849/148‑1 (MQ=255) gCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGGTGTGCGGGTGGCCAGGCCTTGCGGAATGcc > 3:220816/1‑149 (MQ=255) gCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGGTGTGCGGGTGGCCAGGCCTTGCGGAATGcc < 2:51551/149‑1 (MQ=255) accaccTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGGTGTGCGGGTGGCCAGGCCTTGCGGAATGCCTg > 6:216035/1‑149 (MQ=255) caccTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGGTGTGCGGGTGGCCAGGCCTTGCGGAATGCCTGgc > 8:31973/1‑149 (MQ=255) | CCAGGCGTTGCACTTGCGGGCCGCCCCAGCCATCGGTCACACGCACGCCCTCGGCATTGGCCAGGGCGAAGTAGCGCCGCGCGGGGCAGCGGCCAAAGTGTTCGATGCCGATGACCGGGGTTACCCCATGGTGGTCGA‑TACGCACCACCTGGCCCTTGTCGTAAGGCATGCCGATGCGGGCCAGCAGGCTGCCATCTTCCAGCAGCAGGACATGGCTGATGCCTTGGCCGTGGTCTTCGAGCAACGGTATCAAGGGGTGGTGTGCGGGTGGCCAGGCCTTGCGGAATGCCTGGC > NC_002947/2774980‑2775273 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |