New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5520633 = | 55 (0.970) | 3 (0.060) | 3/248 | NT | 6.0% | coding (679/882 nt) | PP_4853 | DMT superfamily permease |
? | NC_002947 | 5520679 = | 41 (0.760) | coding (725/882 nt) | PP_4853 | DMT superfamily permease |
GCCAATGCAGCTGCTGTACCTGCAGGTGCTGGTGGCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACC > NC_002947/5520485‑5520776 | gccAATGCAGCTGCTGTACCTGCAGGTGCTGGTGGCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCAGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCAAAACATCGGCCTGGTGCAATATGCCAGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCAgg > 2:313481/1‑149 (MQ=255) gCAGCTGCTGTACCTGCAGGTGCTGGTGGCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCAGTCAGAAAATACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGTTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTCGa > 4:236124/1‑149 (MQ=255) atcggcgtggtccagcgttcggccagcactacgccggccaaggtcagcaagccgccgaccaggtggtaactggccagttgttcgtcgagcaccacggcggcgatcagcgcggtgaccagcggcagcaagttgaagaacaGtgtg < 7:108845‑M1/5‑1 (MQ=255) atcggcgtggtccagcgttcggccagcactacgccggccaaggtcagcaagccgccgaccaggtggtaactggccagttgttcgtcgagcaccacggcggcgatcagcgcggtgaccagcggcagcaagttgaagaacaGtgtg > 8:108845‑M1/140‑144 (MQ=255) ctgTACCTGCAGGTGCTGGTGGCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAg < 4:259969/147‑1 (MQ=255) tccagcgttcggccagcactacgccggccaaggtcagcaagccgccgaccaggtggtaactggccagttgttcgtcgagcaccacggcggcgatcagcgcggtgaccagcggcagcaagttgaagaacagt < 4:214238‑M1/2‑1 (MQ=255) tccagcgttcggccagcactacgccggccaaggtcagcaagccgccgaccaggtggtaactggccagttgttcgtcgagcaccacggcggcgatcagcgcggtgaccagcggcagcaagttgaagaacagt > 3:214238‑M1/130‑131 (MQ=255) gTGCTGGTGGCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCt < 7:318091/149‑1 (MQ=255) gCTGGTGGCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAg > 1:223718/1‑133 (MQ=255) gCTGGTGGCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAg < 2:223718/133‑1 (MQ=255) cTGGTGGCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTggg < 4:328273/149‑1 (MQ=255) tggtggCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTgggg > 3:65061/1‑149 (MQ=255) gtggCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTgggg < 5:75400/147‑1 (MQ=255) gtggCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGcc < 4:76986/149‑1 (MQ=255) ccATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGc < 5:35079/149‑1 (MQ=255) cATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCAcc > 5:236569/1‑134 (MQ=255) cATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCAcc < 6:236569/134‑1 (MQ=255) cATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGccc > 5:263978/1‑145 (MQ=255) cATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGccc < 6:263978/145‑1 (MQ=255) gccggccaaggtcagcaagccgccgaccaggtggtaactggccagttgttcgtcgagcaccacggcggcgatcagcgcggtgaccagcggcagcaagttgaagaacaGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGcac < 7:82297‑M1/41‑1 (MQ=255) tgtTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACcaca < 4:8651/149‑1 (MQ=255) gctgcCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGt > 1:72521/1‑149 (MQ=255) ggtcagcaagccgccgaccaggtggtaactggccagttgttcgtcgagcaccacggcggcgatcagcgcggtgaccagcggcagcaagttgaagaacaGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGttc > 4:143899‑M1/99‑149 (MQ=255) gcCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCCGCCGCACCACACTGttct > 8:326715/1‑149 (MQ=255) tcagcaagccgccgaccaggtggtatctggccagttgttcgtcgagcaccacggcggcgatcagcgcggtgaccagcggcagcaagttgaagaacaGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGttctt > 8:82297‑M1/97‑149 (MQ=255) cGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTTTGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGttcttc < 3:181835/149‑1 (MQ=255) ttCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACt < 3:131259/148‑1 (MQ=255) ctgctgTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTtgc < 8:7256/148‑1 (MQ=255) tgctgTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGc > 7:90046/1‑105 (MQ=255) tgctgTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGc < 8:90046/105‑1 (MQ=255) tgctgTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTtgctg > 1:196895/1‑149 (MQ=255) tCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGc < 6:101817/100‑1 (MQ=255) tCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGc > 5:101817/1‑100 (MQ=255) aGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTgg > 8:75989/1‑149 (MQ=255) aGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTgg < 1:313481/149‑1 (MQ=255) aGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTgg > 5:121674/1‑149 (MQ=255) aGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTgg < 2:72521/149‑1 (MQ=255) aGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCAcc < 2:196895/149‑1 (MQ=255) aCCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACcgc > 7:210078/1‑149 (MQ=255) ccGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACcgcg > 5:243081/1‑149 (MQ=255) tGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGc < 5:152678/101‑1 (MQ=255) tGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGc > 6:152678/1‑101 (MQ=255) aaCAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACt > 8:72894/1‑110 (MQ=255) aaCAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACt < 7:72894/110‑1 (MQ=255) caacaTCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCgtgg < 3:236124/149‑1 (MQ=255) caTCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGAAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACAATGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGc > 5:303811/1‑149 (MQ=255) aTCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCt < 6:121674/149‑1 (MQ=255) cGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTc > 8:171185/1‑148 (MQ=255) ggCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTcg < 6:106179/148‑1 (MQ=255) gCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTcgac < 7:75989/149‑1 (MQ=255) gTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACcaca < 1:226725/88‑1 (MQ=255) gTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACcaca > 2:226725/1‑87 (MQ=255) gTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGaac > 2:165577/1‑148 (MQ=255) tGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCgtgg < 8:68623/132‑1 (MQ=255) tGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGcc < 4:65061/148‑1 (MQ=255) gCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCAACGCCTGGGGCCCAGACGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCCCCGTGGTGCAAGACGAACAACTGGCAAGTTACCACCTGGt > 6:256415/1‑149 (MQ=255) cTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTcgac < 6:263345/122‑1 (MQ=255) cTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTcgac > 5:263345/1‑122 (MQ=255) ttCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGt < 8:56119/147‑1 (MQ=255) ttCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGt > 7:56119/1‑147 (MQ=255) ttCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTcg > 6:63818/1‑149 (MQ=255) cGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTcggc > 4:341356/1‑149 (MQ=255) gatgatCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTcggcg < 8:210078/149‑1 (MQ=255) cgcTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGAcc < 6:243081/149‑1 (MQ=255) | GCCAATGCAGCTGCTGTACCTGCAGGTGCTGGTGGCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGG‑CCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACC > NC_002947/5520485‑5520776 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |