New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 931357 = | 47 (0.830) | 5 (0.090) | 5/246 | NT | 11.1% | coding (14265/18933 nt) | PP_0806 | surface adhesion protein |
? | NC_002947 | 931394 = | 36 (0.670) | coding (14228/18933 nt) | PP_0806 | surface adhesion protein |
GCTGCCGTCGGCGTTGATCACCACTTGGGTGAGTGGGTCGGGCGGGGTGAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGTGAGGGTGACACCATCACCGGAAACGGCCAGTTCGCCGGGTGCC > NC_002947/931246‑931537 | tgtcaccctcaccggccgcggcgaagtgggcgcacgggttaccgtgaccaacccggcaggcgaggaaatcggcagcgcgaccgtcgatgccagtggccacttcaccatcacGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCg > 5:194697‑M1/112‑149 (MQ=255) gCTGCCGTCGGCGTTGATCACCACTTGGGTGAGTGGGTCGGGCGGGGTGAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCg < 5:94064/149‑1 (MQ=255) tcaccctcaccggccgcggcgaagtgggcgcacgggttaccgtgaccaacccggcaggcgaggaaatcggcagcgccaccgtcgatgccagtggccacttcaccatcacGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTg > 1:84956‑M1/110‑149 (MQ=255) ccGTCGGCGTTGATCACCACTTGGGTGAGTGGGTCGGGCGGGGTGAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGAt > 8:106059/1‑149 (MQ=255) ccGTCGGCGTTGATCACCACTTGGGTGAGTGGGTCGGGCGGGGTGAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGAt < 5:293051/149‑1 (MQ=255) gTCGGCGTTGATCACCACTTGGGTGAGTGGGTCGGGCGGGGTGAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATgg > 4:5147/1‑149 (MQ=255) gCGTTGATCACCACTTGGGTGAGTGGGTCGGGCGGGGTGAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTg > 3:281631/1‑147 (MQ=255) gCGTTGATCACCACTTGGGTGAGTGGGTCGGGCGGGGTGAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGaa < 2:133116/149‑1 (MQ=255) gCGTTGATCACCACTTGGGTGAGTGGGTCGGGCGGGGTGAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGaa < 3:157279/149‑1 (MQ=255) gTTGATCACCACTTGGGTGAGTGGGTCGGGCGGGGTGAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGt < 4:281631/149‑1 (MQ=255) aTCACCACTTGGGTGAGTGGGTCGGGCGGGGTGAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTgg > 1:61007/1‑147 (MQ=255) aTCACCACTTGGGTGAGTGGGTCGGGCGGGGTGAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTgg < 2:61007/147‑1 (MQ=255) tCACCACTTGGGTGAGTGGGTCGGGCGGGGTGAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGcc > 3:193668/1‑148 (MQ=255) ccacTTGGGTGAGTGGGTCGGGCGGGGTTAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTg < 7:62050/149‑1 (MQ=255) ccacTTGGGTGAGTGGGTCGGGCGGGGTGAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTg > 8:62050/1‑149 (MQ=255) cacTTGGGTGAGTGGGTCGGGCGGGGTGAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCGCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTgg > 5:179936/1‑149 (MQ=255) gggggCGGGGGGGGTGAAGGCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTg < 8:328279/147‑1 (MQ=255) gTCGGGCGGGGTGAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTTGCCACTGGCATCGACGGTGtcgc > 6:72180/1‑149 (MQ=255) ggggTGAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGAt < 3:283518/149‑1 (MQ=255) gAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCt < 7:106059/149‑1 (MQ=255) gAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCt > 8:13744/1‑149 (MQ=255) aaGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTc > 1:174518/1‑149 (MQ=255) gggTTTGCAGTGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCAGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGcc < 5:72180/149‑1 (MQ=255) gCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGtt < 7:345677/148‑1 (MQ=255) aCTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCgg > 3:325949/1‑134 (MQ=255) aCTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCgg < 4:325949/134‑1 (MQ=255) ccGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGt < 3:5147/149‑1 (MQ=255) gTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCggg > 4:204451/1‑124 (MQ=255) gTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCggg < 3:204451/124‑1 (MQ=255) ccggccgCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTc > 1:65182/1‑149 (MQ=255) gccgCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTcgcc < 4:193668/149‑1 (MQ=255) gCATCGGCCTGGGTGAAGCGTCGCCGCGCGGCGGTGCCCAGTGCCGGGCGCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCcgcg < 7:117012/149‑1 (MQ=255) aTCGGCCTGGGTGAAGCGTAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGc < 6:98269/149‑1 (MQ=255) gCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGt > 3:212277/1‑149 (MQ=255) tGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGTGAg > 3:303578/1‑149 (MQ=255) tGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGTGAg > 4:241557/1‑149 (MQ=255) ggggTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCGCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGTGAg < 6:13080/148‑1 (MQ=255) ggTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGTGAggg > 6:304520/1‑149 (MQ=255) gAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGTGAGGGTGa < 2:174518/149‑1 (MQ=255) cacgctgagcccggcactgggcaacgccgagctgctcagcGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGTGAGGGTGa > 1:84956‑M2/41‑149 (MQ=255) cgctgagcccggcactgggcaacgccgagctgctcagcGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTCGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGTGAGGGTGaca > 5:194697‑M2/39‑149 (MQ=255) gctgagcccggcactgggcaacgccgagctgctcagcGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCgg > 6:330977‑M2/38‑133 (MQ=255) gctgagcccggcactgggcaacgccgagctgctcagcGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCgg < 5:330977‑M2/96‑1 (MQ=255) GCTGAGCAGCTCGGCTTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGTTTTCCGCGCCTGCCGGGTTGGTCACGTTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGTTGAGGGTGacac > 4:285300‑M1/1‑149 (MQ=255) agcccggcactgggcaacgccgagctgctcagcGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTCGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGTGAGGGTGACACCAt < 6:194697‑M2/115‑1 (MQ=255) CAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGTGAGGGTGACACCATCAc < 2:16371‑M1/149‑1 (MQ=255) cTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGTGAGGGTGACACCATCACCg > 3:52611/1‑148 (MQ=255) ttGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATTGTGAATGGGCCACTGGAATCGACGGTGGCGCTGCATATTTCCTCGCATTCCGGGTTGGTCAAGGTAACCCGTTCGCACACTTAGCCGCGGACGTTGAGGGGGAAACCATCACCTGAAACGGc < 7:10347/149‑1 (MQ=255) cGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACGCGTGCGCCCACATCGCCGCGGCCg < 1:22457/109‑1 (MQ=255) cGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCTGCCg > 2:22457/1‑109 (MQ=255) cGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGGTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGTGAGGGTGACACCATCACCGGAAACGGCCAGTTCGCCgg < 7:13744/149‑1 (MQ=255) tcagcGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGTGAGGGTGACACCATCACCGGAAACGGCCAGTTCGCCGGGTGcc > 2:84095‑M2/6‑149 (MQ=255) cagcGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGTGAGGGTGACACCATCACCGGAAACGGCCAGTTCGCCGGGTGcc > 4:285034‑M2/5‑148 (MQ=255) gTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGTGAGGGTGACACCATCACCGGAAACGGCCAGTTCGCCGGGTg > 7:93927/1‑142 (MQ=255) gTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGTGAGGGTGACACCATCACCGGAAACGGCCAGTTCGCCGGGTg < 8:93927/142‑1 (MQ=255) | GCTGCCGTCGGCGTTGATCACCACTTGGGTGAGTGGGTCGGGCGGGGTGAAGTCCGGGGTTTGCAGGGTAGCCACTGCCGACACGTTGCCGGCCGCATCGGCCTGGGTGAAGCTGAGCAGCTCGGCGTTGCCCAGTGCCGGGCTCAGCGTGATGGTGAAGTGGCCACTGGCATCGACGGTGGCGCTGCCGATTTCCTCGCCTGCCGGGTTGGTCACGGTAACCCGTGCGCCCACTTCGCCGCGGCCGGTGAGGGTGACACCATCACCGGAAACGGCCAGTTCGCCGGGTGCC > NC_002947/931246‑931537 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |