| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1311719 | 44 (0.780) | 4 (0.070) +AC |
4/256 | NT | 8.9% | intergenic (‑187/+91) | PP_1144/rapA | membrane protein/RNA polymerase‑associated protein RapA |
| ? | NC_002947 | 5594111 = | 39 (0.690) | intergenic (‑58/+87) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase | |||||
AACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGT‑GGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCAT > NC_002947/5593965‑5594257 | aaCCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGcc > 5:370024/1‑149 (MQ=255) cgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCcgc > 3:52042‑M1/125‑149 (MQ=255) tgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCcgcg < 2:65710‑M1/26‑1 (MQ=255) agtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGaa > 1:99955‑M1/121‑148 (MQ=255) tGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAaca > 8:172466/1‑149 (MQ=255) tGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAaca > 3:300408/1‑149 (MQ=255) aaaaCAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACAcc < 6:237845/149‑1 (MQ=255) aaCAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGCCTTGCCCGCGAACACCgg < 7:172466/149‑1 (MQ=255) ccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGa > 4:220355‑M1/112‑138 (MQ=255) ccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGa < 3:220355‑M1/27‑1 (MQ=255) caagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcacctcACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAg < 7:46785‑M1/39‑1 (MQ=255) gAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGt < 6:83526/149‑1 (MQ=255) aggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGcc > 8:143988‑M1/103‑149 (MQ=255) 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GGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGAAAGCCCGCTCCcaca > 1:196693‑M1/1‑82 (MQ=255) GGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTtgt‑g < 2:282542‑M1/110‑1 (MQ=255) GGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTACCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTtgt‑g > 1:282542‑M1/1‑110 (MQ=255) GGGCTTCCCCGCTAACACCGGCAACG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGCCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGT‑GGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCAc > 3:202818‑M1/1‑149 (MQ=255) TTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGT‑GGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCAt < 8:119047‑M1/149‑1 (MQ=255) | AACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAG‑CCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGT‑GGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCAT > NC_002947/5593965‑5594257 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |