New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5135437 | 56 (0.990) | 3 (0.060) | 3/250 | NT | 5.2% | coding (1133/1566 nt) | PP_4521 | aerotaxis receptor |
? | NC_002947 | = 5135461 | 56 (1.030) | coding (1109/1566 nt) | PP_4521 | aerotaxis receptor |
GCCCCGGCCCTCAACGAGGCGATGATATGGTGGATCTCTTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGACTGCCTGACCAATGTCATTGACCGCATCGCTCATGCTGCCCATGTCTTTCAGG > NC_002947/5135317‑5135601 | gCCCCGGCCCTCAACGAGGCGATGATATGGTGGATCTCTTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAgcgc > 2:146755‑M2/1‑145 (MQ=255) cccGGCCCTCAACGAGGCGATGATATGGTGGATCTCTTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCca < 1:229934/149‑1 (MQ=255) ccTCAACGAGGCGATGATATGGTGGATCTCTTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGt > 1:230878/1‑149 (MQ=255) cAACGAGGCGATGATATGGTGGATCTCTTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAgg > 2:315323/1‑145 (MQ=255) cAACGAGGCGATGATATGGTGGATCTCTTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAgg < 1:315323/145‑1 (MQ=255) aaCGAGGCGATGATATGGTGGATCTCTTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGt < 4:290343/149‑1 (MQ=255) aCGAGGCGATGATATGGTGGATCTCTTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTc < 6:346940/149‑1 (MQ=255) gCGATGATATGGTGGATCTCTTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTc < 5:138158/149‑1 (MQ=255) atgatATGGTGGATCTCTTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGt < 6:37019/140‑1 (MQ=255) atgatATGGTGGATCTCTTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGt > 5:37019/1‑140 (MQ=255) atgatATGGTGGATCTCTTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGc < 7:52360/149‑1 (MQ=255) gtggATCTCTTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAg < 7:40880/149‑1 (MQ=255) gtggAGCTCTTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTGCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGaa < 5:5026/148‑1 (MQ=255) gATCTCTTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGa < 8:77933/149‑1 (MQ=255) aTCTCTTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGAt > 7:276300/1‑149 (MQ=255) ctctTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCa > 1:45131/1‑149 (MQ=255) tctTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCAc > 5:213758/1‑149 (MQ=255) ttCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTg < 5:85758/121‑1 (MQ=255) ttCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTg > 6:85758/1‑121 (MQ=255) ttCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTc < 3:158766/124‑1 (MQ=255) ttCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTc > 4:158766/1‑124 (MQ=255) ttCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGt > 6:170402/1‑149 (MQ=255) ttCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGt > 8:218458/1‑149 (MQ=255) gTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGAc < 7:218458/149‑1 (MQ=255) gTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGAc < 4:117912/149‑1 (MQ=255) tCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCCCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGAc > 1:138576/1‑148 (MQ=255) gACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACca > 7:25602/1‑148 (MQ=255) gACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACca < 2:230878/148‑1 (MQ=255) gACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACca < 5:170402/148‑1 (MQ=255) aCGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCCCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACcaca < 2:138576/149‑1 (MQ=255) gcgcgGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCacac > 8:21607/1‑148 (MQ=255) gcgGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTAc < 3:251248/149‑1 (MQ=255) cgcCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTgg < 6:213758/148‑1 (MQ=255) cAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCGTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTATGCTCGGCAATCGAAGTTATAACGTCGACCACACGAc > 6:224265/1‑134 (MQ=39) aCGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGc > 3:300394/1‑149 (MQ=255) cACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCACGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGcc > 1:105775/1‑148 (MQ=255) cTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAgg > 3:356368/1‑149 (MQ=255) catcaGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACca < 5:94263/114‑1 (MQ=255) catcaGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACca > 6:94263/1‑114 (MQ=255) tcaGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGtt < 7:92370/149‑1 (MQ=255) aGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGa < 8:276300/149‑1 (MQ=255) accagGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCGAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCaa < 3:332667/137‑1 (MQ=255) accacGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCACGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATAACGTCGACCACAAAACCAATCGACTGGGTATGCGGGGCCaa > 4:332667/1‑137 (MQ=37) aaCCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGACTGCCTGACCAAt < 7:21607/149‑1 (MQ=255) aCCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGACTGCCTGACCAATg < 4:300394/149‑1 (MQ=255) cccGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGACTGCCTGACCAATGt > 3:265322/1‑149 (MQ=255) ccGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTAGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGACTGCCTGACCAATGt > 4:218166/1‑148 (MQ=255) ttGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAgcgccggtgagcaaggacgcgggttcgccgtggtggctgatgaggtgcggtcgttggcgcagcgtacccgcgcgtcgaccgaagagatccaccatatcatcgcctcgtt < 7:205140‑M2/147‑110 (MQ=255) tCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGACTGc > 5:362691/1‑125 (MQ=255) tCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGACTGc < 6:362691/125‑1 (MQ=255) aCCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAgcgccggtgagcaaggacgcgggttcgccgtggtggctgatgaggtgcggtcgttggcgcagcgtacccgcgcgtcgaccgaagagatccaccatatcatcgcctcgttgagggccg < 8:72152‑M2/149‑118 (MQ=255) aCCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAgcgccggtgagcaaggacgcgggttcgccgtggtggctgatgaggtgcggtcgttggcgcagcgtacccgcgcgtcgaccgaagagatccaccatatcatcgcctcgttgagggcc > 8:205140‑M2/1‑32 (MQ=255) ttCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGACTGCCTGACCAATGTCATTGAc < 7:166237/126‑1 (MQ=255) ttCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGACTGCCTGACCAATGTCATTGAc > 8:166237/1‑126 (MQ=255) aTGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGACTGCCTGACCAATGTCATTGACCGCATCGCTCATGCTGCCCATGTCtt > 4:111502/1‑148 (MQ=255) tGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGACTGCCTGACCAATGTCATTGACCGCATCGCTCATGCTGCCCATGTCttt > 8:185029/1‑148 (MQ=255) tGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGACTGCCTGACCAATGTCATTGACCGCATCGCTCATGCTGCCCATGTCTTTc < 3:111502/149‑1 (MQ=255) gcggcgTTAAGCGCCAGCGGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGACTGCCTGACCAATGTCa < 1:143720/114‑1 (MQ=255) gcggcgTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGACTGCCTGACCAATGTCATTGACCGCATCGCTCATGCTGCCCATGTCTTTCa < 4:265322/148‑1 (MQ=255) gcggcgTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGACTGCCTGACCAATGTCATTGACCGCATCGCTCATGCTGCCCATGTCTTTCAg > 2:160807/1‑149 (MQ=255) cggcgTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGACTGCCTGACCAATGTCATTGACCGCATCGCTCATGCTGCCCATGTCTTTCAgg < 4:356368/149‑1 (MQ=255) | GCCCCGGCCCTCAACGAGGCGATGATATGGTGGATCTCTTCGGTCGACGCGCGGGTACGCTGCGCCAACGACCGCACCTCATCAGCCACCACGGCGAACCCGCGTCCTTGCTCACCGGCGCGCGCCGCTTCAATGGCGGCGTTAAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGCTCGGCAATCGAAGTGATCACGTCGACCACACTACCAATCGACTGGGTCTGCTCGGCCAAGGCGTTGACTGCCTGACCAATGTCATTGACCGCATCGCTCATGCTGCCCATGTCTTTCAGG > NC_002947/5135317‑5135601 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |