Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,082,741 | T→G | 8.0% | L229R (CTG→CGG) | PP_3592 → | RpiR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,082,741 | 0 | T | G | 8.0% | 150.7 / 2.7 | 50 | L229R (CTG→CGG) | PP_3592 | RpiR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/22); new base G (2/2); total (26/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
GACATCAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCT > NC_002947/4082599‑4082885 | gACATCAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTGCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGa < 7:234552/148‑1 (MQ=255) aCATCAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCAGGGTGAcc > 8:336801/1‑149 (MQ=255) aCATCAGCGCCGGGCAATTCGGAGAATTGCTGCTGGGACTTGACGAAGAAAGAGACCTGTTGGTGTTAGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGTCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGAcc > 4:117330/1‑149 (MQ=255) aTCAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCAGGGTGACCgc < 7:336801/149‑2 (MQ=255) tCAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCAGGGTGACCgc > 5:16692/1‑147 (MQ=255) tCAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCAGGGTGACCgc < 6:16692/148‑2 (MQ=255) cagcagCACTTCGCCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCtt > 2:12510/6‑149 (MQ=255) gcagCACTTCGCCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTCCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGAcc < 7:16056/136‑1 (MQ=255) gcagCACTTCGCCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTACCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGAcc > 8:16056/4‑139 (MQ=255) ggCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCtgt < 8:181428/149‑1 (MQ=255) ttCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGTAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTACCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTg > 1:205150/1‑149 (MQ=255) ttCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTg > 7:327646/1‑149 (MQ=255) ggCTAAGTGCTGCTTGGCCGTGCCTAATACAGCGCCCTGGTTGTTTTCGAGGCGCTCCGTTATTACCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCATAAGGCGAGCGATGCTGGCATTGCGGTCACACTGTTGACCGACACCTTCTGTGACTgttc < 3:117330/149‑4 (MQ=255) cGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCg > 1:332018/1‑128 (MQ=255) cGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCg < 2:332018/128‑1 (MQ=255) gAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGa > 2:158739/1‑149 (MQ=255) ctgctgGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCaa < 5:24464/149‑1 (MQ=255) ggCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCcga > 1:137625/1‑149 (MQ=255) cGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCcgacga < 1:158739/149‑1 (MQ=255) cGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGgtgt > 6:352576/1‑149 (MQ=255) aaGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTc > 5:169723/1‑149 (MQ=255) aGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTcc < 5:352576/149‑1 (MQ=255) gcCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGACAATGCCGACGAGGTGATCCGAATccc > 7:334321/1‑149 (MQ=255) gtgtTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGtt < 7:71991/149‑1 (MQ=255) ttCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCTAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCaa > 4:337406/1‑149 (MQ=255) cGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAAc < 8:327646/148‑1 (MQ=255) aGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTg < 2:137625/149‑1 (MQ=255) gcCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCTAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTgg < 3:337406/149‑1 (MQ=255) gTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCGGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAAc < 6:329167/137‑1 (MQ=255) gTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAAc > 5:329167/1‑137 (MQ=255) aTTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATc < 7:10509/148‑1 (MQ=255) ccGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCt > 2:359134/1‑149 (MQ=255) ccGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCt < 1:12510/149‑1 (MQ=255) cATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGACGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTcgac > 4:39132/1‑149 (MQ=255) ccTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGt > 1:190416/1‑125 (MQ=255) ccTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGt < 2:190416/125‑1 (MQ=255) ccTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGc > 7:182627/1‑149 (MQ=255) tGCTGTGGCAGATTGGGCGCGAGTGTGGGTTTGTGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTc < 8:334321/148‑1 (MQ=255) gtgCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTggg > 3:251546/1‑149 (MQ=255) tgCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTgg < 8:182627/147‑1 (MQ=255) tgCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGt < 6:169723/149‑1 (MQ=255) cAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCa > 6:239884/1‑149 (MQ=255) aGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAAt < 2:305181/120‑1 (MQ=255) aGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAAt > 1:305181/1‑120 (MQ=255) gcgcgcGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGAt > 2:78187/1‑149 (MQ=255) cTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAg < 5:239884/149‑1 (MQ=255) cATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCt < 2:205150/149‑1 (MQ=255) aTTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTg > 4:341973/1‑149 (MQ=255) aCCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCt > 4:314171/1‑149 (MQ=255) ccTGGTGACCGACACCATCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATACCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGCGAATCCACCACGACGAAGCAGTCCTGGGTGCATATGAAGGTCAACGATGTCt > 2:122436/1‑137 (MQ=255) | GACATCAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCT > NC_002947/4082599‑4082885 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |