| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,090,174 | T→C | 10.3% | G75G (GGT→GGC) | gudP → | glucarate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,090,174 | 0 | T | C | 10.3% | 148.6 / 5.8 | 58 | G75G (GGT→GGC) | gudP | glucarate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/29); new base C (3/3); total (26/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCTGCGCTTCCTGGTCGGTTTCGCCGAAGCCCCGT > NC_002947/4090029‑4090316 | tctgagcgACCATAGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGAGGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTcc < 8:295309/144‑1 (MQ=255) cgcgcgACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCaa < 6:93496/149‑1 (MQ=255) cgACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAAc < 6:333102/149‑1 (MQ=255) aTTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTa < 7:251997/149‑1 (MQ=255) tATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGCCGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCAGTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGCTTCCTGGTGGCTGGCTACTATATCGCTTCGGCTCCATGAACGTCTACGCCt > 5:144798/1‑149 (MQ=255) tCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTcc < 8:259063/131‑1 (MQ=255) tCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTcc > 7:259063/1‑131 (MQ=255) tCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGGGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCtt < 4:301598/148‑1 (MQ=255) gCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATc < 5:77999/149‑1 (MQ=255) cAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTc < 3:246250/148‑1 (MQ=255) ccTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTcc < 3:193599/118‑1 (MQ=255) ccTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTcc > 4:193599/1‑118 (MQ=255) ccTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCt > 3:38358/1‑149 (MQ=255) ccTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACCTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCCCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCACCAACTTCACATGGTCGCTGTTCa > 2:245706/1‑149 (MQ=255) tCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCAcc > 1:228283/1‑149 (MQ=255) cGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCAccc > 3:85263/1‑149 (MQ=255) aCGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGc > 8:315843/1‑132 (MQ=255) aCGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGc < 7:315843/132‑1 (MQ=255) gCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAggg < 4:38358/149‑1 (MQ=255) ccGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGCTCCAAGAACGTCTAc < 3:224304/104‑1 (MQ=255) ccGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGCTCCAAGAACGTCTAc > 4:224304/1‑104 (MQ=255) cGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGtt < 4:58898/149‑1 (MQ=255) tAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGtttt < 4:85263/149‑1 (MQ=255) tAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGAGGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGtttt < 6:115747/149‑1 (MQ=255) aCCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGGGGCGGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGt < 6:66521/149‑1 (MQ=255) cTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCg > 3:233011/1‑109 (MQ=255) cTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCg < 4:233011/109‑1 (MQ=255) cGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGcc < 6:186969/148‑1 (MQ=255) cGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCt < 2:228283/149‑1 (MQ=255) cGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCt > 2:243412/1‑149 (MQ=255) gCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCctgc > 3:172665/1‑115 (MQ=255) gCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCctgc < 4:172665/115‑1 (MQ=255) gATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTg > 2:57108/1‑149 (MQ=255) gCTTTCGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCAc < 1:245706/149‑1 (MQ=255) gCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTg > 4:185462/1‑144 (MQ=255) gCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTg < 3:185462/144‑1 (MQ=255) gCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCAc > 3:96846/1‑149 (MQ=255) cTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCAcc < 1:57108/149‑1 (MQ=255) ggctggcCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGACGTGGTCACCCTCTTCa > 6:43159/1‑149 (MQ=255) ctggcCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCAc < 1:344914/73‑1 (MQ=255) ctggcCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCAc > 2:344914/1‑73 (MQ=255) gcCATATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCATGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCt < 1:91249/148‑1 (MQ=255) cAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCTgcg > 4:97660/1‑149 (MQ=255) ttCCTGGTGGTTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCTGCGCTTc < 7:275884/149‑1 (MQ=255) tCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGTTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCTGCGCTTcc > 1:210139/1‑149 (MQ=255) tggtggCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCTGCGCTTc > 6:49290/1‑145 (MQ=255) tggtggCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCTGCGCTTc < 5:49290/145‑1 (MQ=255) ctggctACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCTGCGCTTCCTGGTCGGtt < 1:243412/149‑1 (MQ=255) gctACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCTGCGCTTCCTGGTCGGttt < 3:97660/147‑1 (MQ=255) cTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTAACCCTGCGCTTCCTGGTCGGTTTAGCCg > 7:255543/1‑148 (MQ=255) tCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCTGCGCTTCCTGGTCGGTTTCGCCg > 3:353024/1‑147 (MQ=255) gATCGCTTCGGCTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCTGCGCTTCCTGGTc > 7:223218/1‑135 (MQ=255) gATCGCTTCGGCTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCTGCGCTTCCTGGTc < 8:223218/135‑1 (MQ=255) gCTTCGGCTCCAAGAACGGCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCATGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTTCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCTGCGCTTCCTGGTCGGTTTCGGCGAAGcccc < 6:144798/148‑1 (MQ=255) ttCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCTGCGCTTCCTGGTCGGTTTCGCCGAAGCCCCGt > 5:198002/1‑148 (MQ=255) ttCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCAGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCTGCGCTTCCTGGTCGGTTTCGCCGCAGCCCCGt > 7:331731/1‑148 (MQ=255) gTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCTGCGCTTCCTGGTCGGTTTCGCCGaa > 7:174063/1‑137 (MQ=255) gTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCTGCGCTTCCTGGTCGGTTTCGCCGaa < 8:174063/137‑1 (MQ=255) | ACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTCACCTGGTCGCTGTTCACCCTGCTGCAGGGTTTTGTCGGTGGCCTGCCGGTTGCCTGGGCCGTGGTCACCCTCTTCACCCTGCGCTTCCTGGTCGGTTTCGCCGAAGCCCCGT > NC_002947/4090029‑4090316 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |