Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,154,163 | G→A | 8.6% | T444M (ACG→ATG) | PP_3658 ← | aromatic compound MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,154,163 | 0 | G | A | 8.6% | 159.4 / 5.0 | 59 | T444M (ACG→ATG) | PP_3658 | aromatic compound MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/30); new base A (2/3); total (26/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.12e-01 |
ACGACCTGATGCTCCGACGTGAGACAATTGCCCAGTCGATCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGCGGCAACGCCATCGACACCAAGGCACCAATCAAAA > NC_002947/4154016‑4154307 | aCGACCTGATGCTCCGACGTGAGACAATTGCCCAGTCGATCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGt < 5:331637/149‑1 (MQ=255) cGACCTGATGCTCCGACGTGAGACAATTGCCCAGTCGATCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTg < 2:126196/149‑1 (MQ=255) aTGCTCCGACGTGAGACAATTGCCCAGTCGATCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCcttc < 3:168114/148‑1 (MQ=255) tGCTCCGACGTGAGACAATTGCCCAGTCGATCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCcttctt < 2:269467/149‑1 (MQ=255) cTCCGACGTGAGACAATTGCCCAGTCGATCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCttcttc < 1:340510/148‑1 (MQ=255) cGACGTGAGACAATTGCCCAGTCGATCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCTACCGTGGCCTTCTTCCTc < 4:92218/148‑1 (MQ=255) cGACGTGAGACAATTGCCCAGTCGATCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCa < 6:251906/149‑1 (MQ=255) cGTGAGACAATTGCCCAGTCGATCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTa < 1:203094/149‑1 (MQ=255) cGTGAGACAATTGCCCAGTCGATCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCATGGCCTTCTTCCTCACTa < 6:236886/149‑1 (MQ=255) agaCAATTGCCCAGTCGATCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGc > 4:139947/1‑149 (MQ=255) cAATTGCCCAGTCGATCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGa < 5:6870/149‑1 (MQ=255) aaTTGCCCAGTCGATCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAg > 1:282255/1‑149 (MQ=255) gTCGATCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCgg > 4:226666/1‑149 (MQ=255) tCGATCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGAggg > 4:211154/1‑149 (MQ=255) aTCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGAtt > 3:195899/1‑149 (MQ=255) tCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACGGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTg > 5:311872/1‑149 (MQ=255) aaaCGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTgg < 3:226666/148‑1 (MQ=255) aaCGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGtt < 4:195899/149‑1 (MQ=255) cGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCttcttc < 3:24132/115‑1 (MQ=255) cGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCttcttc > 4:24132/1‑115 (MQ=255) cTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCAt < 6:311872/149‑1 (MQ=255) tCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTAACt > 6:254458/1‑148 (MQ=255) aCCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACa < 1:5863/149‑1 (MQ=255) aCCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCATGGCCTACTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACa > 5:24496/1‑149 (MQ=255) cGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGcccc > 5:17896/1‑148 (MQ=255) aTTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGcc < 8:260445/141‑1 (MQ=255) aTTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGcc > 7:260445/1‑141 (MQ=255) gATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAgcgc > 4:220920/1‑149 (MQ=255) aGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCa > 2:280523/1‑149 (MQ=255) gCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCAt < 2:282255/149‑1 (MQ=255) aTACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATg > 4:339845/1‑148 (MQ=255) tACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATg > 5:127555/1‑147 (MQ=255) ggCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGtt < 3:139947/147‑1 (MQ=255) ggCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTc < 6:17896/148‑1 (MQ=255) ggCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTc < 3:220920/148‑1 (MQ=255) tctctcAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACGGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGc < 3:211154/149‑1 (MQ=255) tctctcAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGc > 5:175785/1‑149 (MQ=255) ctcAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGCgg > 1:352910/1‑148 (MQ=255) tcAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGCGGc > 1:1423/1‑148 (MQ=255) tcAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCCTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGCTTGATCATGGTCACAGCAACATAACCTACCAGTCCGGCGAGAGCGATTGCCATGAAGTTATGCTCCAGctcg > 5:196540/1‑145 (MQ=255) aGAATTTCGGGCAGGGCAGCTCGTGGGCAACCATGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGCGGCAAc < 6:24496/149‑1 (MQ=255) aaTTACGGTCAGGTCAGCTCTGGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGTGATTTTTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGAtt < 5:216818/120‑1 (MQ=255) aCGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGCGGCAACGCCAt < 3:339845/148‑1 (MQ=255) aCGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGCGGCAACGCCATc > 5:370100/1‑149 (MQ=255) aCGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGCGGCAACGCCATc > 3:37777/1‑149 (MQ=255) gtcaggtcagCTCGTGGGCAACCATGGCCTTCCTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGCGGCAACGCCATCGac > 5:123934/1‑149 (MQ=255) tcaggtcagCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTc < 5:308558/129‑1 (MQ=255) tcaggtcagCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTc > 6:308558/1‑129 (MQ=255) gtcagCTCGTTGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCACCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGCGGCAACGCCATCGACACCaa < 5:254458/149‑1 (MQ=255) gtcagCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGCGGCAACGCCATCGACAcc > 5:253117/1‑147 (MQ=255) agCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCTCTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGc < 3:165437/126‑1 (MQ=255) agCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCTCTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGc > 4:165437/1‑126 (MQ=255) agCGCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGCGGCAACGCCATCGACACCAAGGc < 6:253117/149‑1 (MQ=255) cTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGCGGCAACGCCATCGACACCAAGGCAc < 6:175785/149‑1 (MQ=255) cTCGTGGGCAACCATGGCCTTCCTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGCGGCAACGCCATCGACACCAAGGCAc < 6:123934/149‑1 (MQ=255) tGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCCCTACCGCCGAGTCCGAGCGGGAATGGCTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGCCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCCCCAGCGGCAACGCCATCGACACCAACGCACCact < 2:1423/149‑3 (MQ=255) tGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGCGGCAACGCCATCGACACCAAGGCACCAAt < 4:37777/149‑1 (MQ=255) tGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGCGGCAACGCCATCGACACCAAGGCACCAAt < 6:370100/149‑1 (MQ=255) aaCCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATCAAGTTCTGCTCCAGCGGCAACGCCATCGACACCAAGGCACCAATCaaaa > 8:329075/1‑149 (MQ=255) | ACGACCTGATGCTCCGACGTGAGACAATTGCCCAGTCGATCAAACGGGCTGTTTCGTCCGAACCTACCGGTGATTCGCGCAAGCGATCAATAAGCATACTTGGCACCTGTCTCTCAGAATTACGGTCAGGTCAGCTCGTGGGCAACCGTGGCCTTCTTCCTCACTACAGCCGAGTCCGAGCGGGATTGGTTGATCATGGTCACTGCAACAGCCCCTACCAGGCCGGCGAGCGCGATTGCCATGAAGTTCTGCTCCAGCGGCAACGCCATCGACACCAAGGCACCAATCAAAA > NC_002947/4154016‑4154307 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |