Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,451,126 | G→A | 9.1% | V244M (GTG→ATG) | nicB → | nicotinate dehydrogenase subunit B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,451,126 | 0 | G | A | 9.1% | 154.1 / 5.4 | 55 | V244M (GTG→ATG) | nicB | nicotinate dehydrogenase subunit B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/26); new base A (3/2); total (27/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 |
CTCGAGTAGACATCCCTGGCAAGGCCACCGGCGAGCTGACCTATGTGCACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGCCCATGAGCTGAAAGTCAGCTGGAAGCCATTCACAGGCAAGC > NC_002947/4450980‑4451273 | cTCGAGTAGACATCCCTGGCAAGGCCACCGGCGAGCTGACCTATGTGCACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTg > 3:13978/1‑149 (MQ=255) tCGAGTAGACATCCCTGGCAAGGCCACCGGCGAGCTGACCTATGTGCACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCgg > 4:133413/1‑146 (MQ=255) gAGTAGACATCCCTGGCAAGGCCACCGGCGAGCTGACCTATGTGCACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGa < 4:251623/148‑1 (MQ=255) gTAGACATCCCTGGCAAGGCCACCGGCGAGCTGACCTATGTGCACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGa < 6:54877/149‑1 (MQ=255) gACATCCCTGGCAAGGCCACCGGCGAGCTGACCTATGTGCACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTc > 2:26468/1‑149 (MQ=255) cATCCCTGGCAAGGCCACCGGCGAGCTGACCTATGTGCACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGCCGGTGTATGAGTCtt > 6:253893/1‑149 (MQ=255) ccTGGCAAGGCCACCGGCGAGCTGACCTATGTGCACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTccct > 3:98970/1‑147 (MQ=255) ccTGGCAAGGCCACCGGCGAGCTGACCTATGTGCACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCa < 6:6797/148‑1 (MQ=255) gCAAGGCCACCGGCGAGCTGACCTATGTGGACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGc < 3:162072/148‑1 (MQ=255) ggCCACCGGCGAGCTGACCTATGTGCACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATc < 1:352670/149‑1 (MQ=255) aCCGGCGAGCTGACCTATGTGCACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTAcc > 4:14782/1‑149 (MQ=255) gCGAGCTGACCTATGTGCACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTAGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGc < 3:133413/149‑1 (MQ=255) gACCTATGTGCACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCg > 5:241387/1‑149 (MQ=255) cTATGTGTACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGATGGAAGACTCATCCACCGcca < 4:78066/128‑2 (MQ=255) cTATGTGTACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGATGGAAGACTCATCCACCGcca > 3:78066/1‑127 (MQ=255) cTATGTGCACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCg < 7:122785/149‑1 (MQ=255) tgtgCACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCgtg < 4:13978/148‑1 (MQ=255) tgCACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCACCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCgtggtg < 1:26468/149‑1 (MQ=255) aCGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTggtggt > 1:228707/1‑148 (MQ=255) gcgcCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCcgcg > 6:150137/1‑149 (MQ=255) tGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCgtgg > 4:173422/1‑132 (MQ=255) tGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCgtgg < 3:173422/132‑1 (MQ=255) cAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTtcgtcg > 2:149442/1‑149 (MQ=255) aCATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGgt < 1:149442/149‑1 (MQ=255) aCATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGgt < 2:228707/149‑1 (MQ=255) aCATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGgt < 1:143396/149‑1 (MQ=255) aCGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGtggtgg > 8:12685/1‑147 (MQ=255) ggTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAgcgc > 3:112420/1‑148 (MQ=255) gTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGtggtgg < 3:230197/112‑1 (MQ=255) gTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGtggtgg > 4:230197/1‑112 (MQ=255) aTCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGaa > 4:128405/1‑147 (MQ=255) aTCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAaga > 4:262870/1‑149 (MQ=255) aTCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAag < 7:12685/148‑1 (MQ=255) tCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAagag > 8:177469/1‑149 (MQ=255) tCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAagag > 4:47636/1‑149 (MQ=255) cccgcccTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAg < 6:241387/149‑1 (MQ=255) ccgcccTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGc < 3:262870/149‑1 (MQ=255) tATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAg > 7:38403/1‑142 (MQ=255) tATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAg < 8:38403/142‑1 (MQ=255) ccGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTg > 1:184584/1‑147 (MQ=255) gCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGc < 3:154374/148‑1 (MQ=255) gCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGc > 4:154374/1‑148 (MQ=255) cATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGCCCa < 7:177469/149‑1 (MQ=255) cggcgACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGTCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGCCCATGAGCTGa < 5:253893/149‑1 (MQ=255) cggcgACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGcc > 3:62034/1‑139 (MQ=255) cggcgACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGcc < 4:62034/139‑1 (MQ=255) cggcgACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGATGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGCCCATGAGCTg > 4:122164/1‑148 (MQ=255) ggcgACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGCCCATGAGCTGa > 8:325559/1‑148 (MQ=255) gcgACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGCCCATGAGCTGaaa < 3:14782/149‑1 (MQ=255) gACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGCCCATGAGCTGAAAGt < 3:128405/149‑1 (MQ=255) ggCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGCCCATGAGCTGAAAGTCAGCt < 4:243829/145‑1 (MQ=255) ggCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGCCCATGAGCTGAAAGTCAGCt > 3:243829/1‑145 (MQ=255) cAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGCCCATGAGCTGAAAGTCAGCTGGAAGc > 1:161747/1‑149 (MQ=255) aGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGCCCATGAGCTGAAAGTCAGCTGGAAGCCAtt < 7:325559/149‑1 (MQ=255) gCTTGCTGGCGATGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGCCCATGAGCTGAAAGTCAGCTGGAAGCCATTc < 3:122164/149‑1 (MQ=255) gCGATGGAAGACTCATCCACCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGCCCATGAGCTGAAAGTCAGCTGGAAGCCATTCACAGGc > 7:20204/1‑147 (MQ=255) ggTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGCCCATGAGCTGAAAGTCAGCTGGAAGCCATTCACAGGCAAGc > 4:347820/1‑149 (MQ=255) ggTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGCCCATGAGCTGAAAGTCAGCTGGAAGCCATTCACAGGCAAGc > 7:98260/1‑149 (MQ=255) | CTCGAGTAGACATCCCTGGCAAGGCCACCGGCGAGCTGACCTATGTGCACGACATGCGCCTGCCCAACATGCTTCACGGTCGGGTCATCCGCCCGCCCTATGCCGGCCATGACAGCGGCGACTTTGTCGGCAACAGCTTGCTGGCGGTGGATGAGTCTTCCATCGCCCATCTACCCGGCGTGGTCGCCGTGGTGGTCATCCGCGACTTCGTCGGTGTGGTGGCAGAGCGCGAAGAGCAAGCCATCCGTGCAGCCCATGAGCTGAAAGTCAGCTGGAAGCCATTCACAGGCAAGC > NC_002947/4450980‑4451273 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |