Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,521,834 | C→T | 7.5% | intergenic (‑97/‑318) | icd ← / → idh | NADP(+)‑specific isocitrate dehydrogenase/isocitrate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,521,834 | 0 | C | T | 7.5% | 153.9 / 2.3 | 53 | intergenic (‑97/‑318) | icd/idh | NADP(+)‑specific isocitrate dehydrogenase/isocitrate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/22); new base T (2/2); total (29/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
GACGGTAATTTTGGTGCCGTCGGTCGGAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAATCCCAGGAAAATGCGGACCGCCCTAGGCCATGAAT > NC_002947/4521687‑4521980 | gACGGTAATTTTGGTGCCGTCGGTCGGAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACccgcc < 6:121959/148‑1 (MQ=255) gTGCCGTCGGTCGGAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTa < 2:16421/148‑1 (MQ=255) ccGTCGGTCGGAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCAt > 1:54752/1‑136 (MQ=255) ccGTCGGTCGGAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCAt < 2:54752/136‑1 (MQ=255) cGTCGGTCGGAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCtt > 5:7325/1‑149 (MQ=255) tcggtcggAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTg < 7:38925/149‑1 (MQ=255) gtcggAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTc < 4:114597/149‑1 (MQ=255) gAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTta > 5:132256/1‑148 (MQ=255) cTTGAATTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAAt > 2:292596/1‑149 (MQ=255) ttttCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCa < 5:41475/116‑1 (MQ=255) ttttCTGGTATCCCAAGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCa > 6:41475/1‑116 (MQ=255) tGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGt < 4:189870/123‑1 (MQ=255) tGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGt > 3:189870/1‑123 (MQ=255) tGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGatat > 4:145730/1‑149 (MQ=255) gTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATc < 6:132256/148‑1 (MQ=255) cccATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACtt < 2:330082/148‑1 (MQ=255) ccATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTc > 8:174372/1‑117 (MQ=255) ccATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTc < 7:174372/117‑1 (MQ=255) ccATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTgg > 5:52175/1‑149 (MQ=255) cTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTg < 1:292596/149‑1 (MQ=255) gCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGc < 3:145730/147‑1 (MQ=255) actactCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGAt < 6:7325/149‑1 (MQ=255) tactCCGCTGTCGGGTGTGCTTTGGACATCGTGCGAACCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCAGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACATCGCCTTGATGATTa > 7:127603/1‑149 (MQ=255) ctCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTa < 6:50060/147‑1 (MQ=255) gtgtGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAACCCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTg < 2:102688/149‑1 (MQ=255) tttGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATAc > 1:136534/1‑149 (MQ=255) gACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTtat < 2:71802/92‑1 (MQ=255) gACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTtat > 1:71802/1‑92 (MQ=255) gACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTccg > 7:279840/1‑149 (MQ=255) gACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATATGCCGCCATGAAAGCCATGCGACACCCCCCCGATTTCCTACTTAGTATTTGGAATTATAAATGGGCCGATAAACATTGGCCTTGATGATTa > 6:85068/1‑125 (MQ=255) gTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCTACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGa < 1:51603/149‑1 (MQ=255) tCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAg < 6:52175/149‑1 (MQ=255) aCTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTa < 5:123660/63‑1 (MQ=255) aCTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTa > 6:123660/1‑63 (MQ=255) cTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCTGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAgg > 1:122665/1‑146 (MQ=255) cTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCTGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAgg < 2:122665/146‑1 (MQ=255) ccTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCgg > 3:9081/1‑149 (MQ=255) ccACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCTGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGaa > 5:224349/1‑149 (MQ=255) ccACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAAt > 8:270034/1‑69 (MQ=255) ccACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAAt < 7:270034/69‑1 (MQ=255) ccACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGaa > 7:121822/1‑149 (MQ=255) ccACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGaa > 3:227781/1‑149 (MQ=255) cTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAATCCCAg > 6:101920/1‑149 (MQ=255) tGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGta < 8:239113/108‑1 (MQ=255) tGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGta > 7:239113/1‑108 (MQ=255) gACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAATCCCAGGaaaa > 2:102131/1‑149 (MQ=255) aCCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCTGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAATCCCAGGAAAAt < 6:224349/149‑1 (MQ=255) cTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAATCCCAGGAAAATGc > 4:71635/1‑149 (MQ=255) tGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAATCCCAGGAAAATGCg > 6:325077/1‑149 (MQ=255) aaGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAATCCCAGGAAAATGCGGAc > 6:300707/1‑149 (MQ=255) aGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACGTGGCCTTGCTGATTAGCCGAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAAGCCCAGGAAAAGGCGGAcc > 8:71262/1‑149 (MQ=255) cGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAATCCCAGGAAAATGCGGACCGCCCTa < 5:101920/148‑1 (MQ=255) gACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATTCTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAATCCCAGGAAAATGCGGACCGCCCTAgg < 1:102131/149‑1 (MQ=255) cccGCCGCATTGCTGCTTAGTC‑TTGGTATTATAAATGGGCCGATATAAATTGGCCTTGATGATTAGACAAAATGTTTTGTTATAATAACCCGCGACCGAAGGTTAATCGGGGCGAATACCAGGAAAATGAGGACCGCCATAGGACAtt > 7:228034/1‑147 (MQ=255) ccgccgCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAATCCCAGGAAAATGCGGACCGCCCTAGGCCATg > 8:171319/1‑148 (MQ=255) gccgcATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAATCCCAGGAAAATGCGGACCGCCCTAGGCCATGAAt < 2:136534/149‑1 (MQ=255) | GACGGTAATTTTGGTGCCGTCGGTCGGAACCTTGATTTTCTGGTATCCCATGCTTGCACTACTCCGCTGTCGGGTGTGGTTTGGACATCGTGCGATCCACTGAGCCTAAACCACATCTGCCGACCTGCAAGGCATGCGACAACCCGCCGCATTGCTGCTTAGTCTTTGGTCTTATAAATGGGCCGATATCACTTGGCCTTGCTGATTAGCCCAAATGGTTTGGTATACTCCGCCGCGACCGAAGGGTCATCGGGGCGAATCCCAGGAAAATGCGGACCGCCCTAGGCCATGAAT > NC_002947/4521687‑4521980 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |