Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,662,807 | C→T | 7.2% | A557A (GCC→GCT) | nuoG → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit G |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,662,807 | 0 | C | T | 7.2% | 160.8 / 2.3 | 55 | A557A (GCC→GCT) | nuoG | NADH‑quinone oxidoreductase subunit G |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/28); new base T (2/2); total (25/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.24e-01 |
CAACATCGCCAAGGCCCTGAAGCTGCGCGAGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAACCGCCACCGTCGACCGCGCCCACCTGGTGCTGCCGGCCG > NC_002947/4662666‑4662955 | cAACATCGCCAAGGCCCTGAAGCTGCGCGAGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCa < 2:234796/149‑1 (MQ=255) cAACATCGCCAAGGCCCTGAAGCTGCGCGAGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCa > 4:3674/1‑149 (MQ=255) aTCGCCAAGGCCCTGAAGCTGCGCGAGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCAt > 3:299566/1‑146 (MQ=255) aTCGCCAAGGCCCTGAAGCTGCGCGAGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCAt < 4:299566/146‑1 (MQ=255) tCGCCAAGGCCCTGAAGCTGCGCGAGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCgtg > 6:10360/1‑149 (MQ=255) tCGCCAAGGCCCTGAAGCTGCGCGAGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCgtg < 5:66268/149‑1 (MQ=255) aaGGCCCTGAAGCTGCGCGAGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGAt > 8:318114/1‑135 (MQ=255) aaGGCCCTGAAGCTGCGCGAGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGAt < 7:318114/135‑1 (MQ=255) aaGGCCCTGAAGCTGCGCGAGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCt < 7:279856/149‑1 (MQ=255) gCCCTGAAGCTGCGCGAGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTgg > 8:116260/1‑148 (MQ=255) cTGAAGCTGCGCGAGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGaaaa < 1:187005/149‑1 (MQ=255) aaGCTGCGCGAGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAAc < 7:222163/147‑1 (MQ=255) aGCTGCGCGAGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGAc < 5:349317/149‑1 (MQ=255) cgcgAGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGACAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGt < 4:113269/148‑1 (MQ=255) gcgAGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTAc < 6:176060/149‑1 (MQ=255) gagaAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGc < 4:157959/149‑1 (MQ=255) cTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCgg > 6:257764/1‑149 (MQ=255) tCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGgc > 5:316588/1‑149 (MQ=255) tCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGgc > 3:351430/1‑149 (MQ=255) gCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCGGGCGTACAggt < 6:173565/147‑2 (MQ=255) ccTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGAtgctgc > 3:333346/1‑149 (MQ=255) ccTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGAtgctg < 7:116260/148‑1 (MQ=255) gAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGcctt > 1:26134/1‑147 (MQ=255) aGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCt < 5:10360/148‑1 (MQ=255) ggCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTgg < 1:20450/149‑1 (MQ=255) gCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGcc > 1:290535/1‑144 (MQ=255) gCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGcc < 2:290535/144‑1 (MQ=255) aaCAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCgtg > 7:122960/1‑87 (MQ=255) aaCAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCgtg < 8:122960/87‑1 (MQ=255) aaCAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGAc > 1:118470/1‑102 (MQ=255) aaCAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGAc < 2:118470/102‑1 (MQ=255) ccTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCTGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGcc > 3:230998/1‑148 (MQ=255) ccTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCTGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGcc > 3:235606/1‑148 (MQ=255) ggCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCTGTCATCAGCGGCAAAGCTGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAgg < 4:235606/148‑1 (MQ=255) ggCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCTGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAgg < 4:230998/148‑1 (MQ=255) gCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCTTGGCCGCAGCCAgggca < 2:26134/149‑3 (MQ=255) gCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAggtg < 1:12752/149‑1 (MQ=255) cTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGccc < 4:56141/100‑1 (MQ=255) cTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGccc > 3:56141/1‑100 (MQ=255) cTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAggtggt < 4:351430/149‑1 (MQ=255) cATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCg < 6:316588/149‑1 (MQ=255) ggTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTTCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGa < 1:162292/149‑1 (MQ=255) gAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGt > 7:280050/1‑76 (MQ=255) gAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGt < 8:280050/76‑1 (MQ=255) gAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTc < 3:3674/149‑1 (MQ=255) ggtcgATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGAtgct > 2:331724/1‑103 (MQ=255) gtcgATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAAc > 6:351301/1‑149 (MQ=255) cgATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAACCg > 5:45333/1‑149 (MQ=255) gATGCCGCACTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCATGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACGAGTGCTAAACCGc > 7:142400/1‑149 (MQ=255) gccCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAACCGCCACCGt > 3:93229/1‑149 (MQ=255) gcgGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTACCGACCACTCCAAAACCGCCACCGTCGACCgcgc > 3:233903/1‑149 (MQ=255) ggTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTACCGACCACTCCAAAACCGCCACCGTCGACCGCGccc < 4:233903/149‑1 (MQ=255) atcaGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAACCGCCACCGTCGACCGCGCCCAcc < 7:31839/148‑1 (MQ=255) tcaGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAACCGCCACCGTCGACCGCGCCCACCTg > 6:180467/1‑149 (MQ=255) aGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTCGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACAACTCCAAAACCGACAACGTCGACAGCGCCCACCtctt > 2:216069/1‑146 (MQ=255) cGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAACCGCCACCGTCGACCGCGCCCACCTGGTGCTgccggccg > 6:8108/1‑149 (MQ=255) | CAACATCGCCAAGGCCCTGAAGCTGCGCGAGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAACCGCCACCGTCGACCGCGCCCACCTGGTGCTGCCGGCCG > NC_002947/4662666‑4662955 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |