Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,819,948 | C→T | 9.3% | A3748T (GCC→ACC) | pvdL ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,819,948 | 0 | C | T | 9.3% | 118.3 / 2.6 | 43 | A3748T (GCC→ACC) | pvdL | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/19); new base T (2/2); total (22/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.21e-01 |
GATGATGCTTTGCAGGCGCGCCGCCGGCAGGCCCGGGTCCAGCGGCAGGTAGCCGGCGCCGGCCTTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGATGCGCCACAACCTGCGCTTCGAACTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCAGCGGA > NC_002947/4819802‑4820093 | gatgatGCTTTGCAGGCGCGCCGCCGGCAGGCCCGGGTCCAGCGGCAGGTAGCCGGCGCCGGCCTTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCa < 1:301480/148‑1 (MQ=255) tgCTTTGCAGGCGCGCCGCCGGCAGCCCCGGGTCCAGCGGCAGGTAGCCGGCGCCGGCCTTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGccacc > 3:80291/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCGCCGCCGGCAGGCCCGGGTCCAGCGGCAGGTAGCCGGCGCCGGCCTTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCa < 6:293397/148‑1 (MQ=255) ggtgcgcCGCCGGCAGGCCCGGGTCCCGCGGCAGGTAGCCGGCGCCGGCCTTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATgg < 8:201180/146‑1 (MQ=255) ggCGCGCCGCCGGCAGGCCCGGGTCCAGCGGCAGGTAGCCGGCGCCGGCCTTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATgg < 4:96294/149‑1 (MQ=255) ggCAGGCCCGGGTCCAGCGGCAGGTAGCCGGCGCCGGCCTTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGtt < 4:80291/149‑1 (MQ=255) ggCAGGCCCGGGTCCAGCGGCAGGTAGCCGGCGCCGGCCTTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGtt < 1:127482/149‑1 (MQ=255) ccGGGTCCAGCGGCAGGTAGCCGGCGCCGGCCTTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGgccgc > 2:355061/1‑148 (MQ=255) cGGGTCCAGCGGCAGGTAGCCGGCGCCGGCCTTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGgccgc > 6:237663/1‑147 (MQ=255) gTAGCCGGCGCCGGCCTTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGTAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCg > 5:69566/1‑148 (MQ=255) gTAGCCGGCGCCGGCCTTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGTAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCg > 3:21311/1‑148 (MQ=255) ccggcgccggcCTTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAAt > 5:12100/1‑148 (MQ=255) cgccggcCTTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGTAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAg < 4:21311/149‑1 (MQ=255) cgccggcCTTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGTAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAg < 6:69566/149‑1 (MQ=255) cgccggcCTTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAg < 1:241382/149‑1 (MQ=255) cggcCTTGATGCTGCCGACGATGATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTGGGCAAGCAGTGCGACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACGAGGGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCATCCCGGc < 1:317943/136‑1 (MQ=255) cggcATTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGAGCCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGCTCCACGCAGACGCCGCCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGATGGCCGCCAGCATCAGCCCGGc > 2:317943/1‑136 (MQ=255) gAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTc < 3:11555/147‑1 (MQ=255) ccGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCg > 2:155135/1‑149 (MQ=255) gacgaTCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATa > 5:230570/1‑129 (MQ=255) gacgaTCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATa < 6:230570/129‑1 (MQ=255) gacgaTCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCggg > 7:323247/1‑149 (MQ=255) acgaTCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAg < 6:269036/144‑1 (MQ=255) acgaTCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAg > 5:269036/1‑144 (MQ=255) ccAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGc > 1:86334/1‑149 (MQ=255) cGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGAt > 3:113763/1‑149 (MQ=255) ccACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGATGCGCcac < 6:60629/149‑1 (MQ=255) ggCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGATGCGCCACAACCTgc < 1:355061/148‑1 (MQ=255) gCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGATGCGCCACAACCTgcgc < 2:252364/149‑1 (MQ=255) gCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGa < 4:34782/128‑1 (MQ=255) gCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGa > 3:34782/1‑128 (MQ=255) cAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGATGCGCCACAACCTGCGCTTCg > 4:272893/1‑148 (MQ=255) ccACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGATGCGCCACAACCTGCGCTTCGAACTgc < 8:323247/149‑1 (MQ=255) cACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCg < 6:222829/102‑1 (MQ=255) cACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCg > 5:222829/1‑102 (MQ=255) ctggTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGATGCGCCACAACCTGCGCTTCGAACTGCGCGATGt < 3:272893/149‑1 (MQ=255) tggTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGATGCGCCACAACCTGCGCTTCGAACTGCGCGATg > 1:248229/1‑147 (MQ=255) cGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGATGCGCCACAACCTGCGCTTCGAACTGCGCGATGTAGCTCTg > 4:232180/1‑148 (MQ=255) aGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGATGCGCCACAACCTGCGCTTCGAACTgcg > 7:217790/1‑132 (MQ=255) aGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGATGCGCCACAACCTGCGCTTCGAACTgcg < 8:217790/132‑1 (MQ=255) gACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGATGCGCCACAACCTGCGCTTCGAACTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCa > 6:178041/1‑149 (MQ=255) cGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGATGCGCCACAACCTGCGCTTCGAACTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCAGc > 1:340740/1‑149 (MQ=255) cGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGATGCGCCACAACCTGCGCTTCGAACTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCAGCGGa > 6:28336/1‑149 (MQ=255) | GATGATGCTTTGCAGGCGCGCCGCCGGCAGGCCCGGGTCCAGCGGCAGGTAGCCGGCGCCGGCCTTGAAGCTGCCGACGATCATGCCCAGCAGCGGCAACCCACGCTCGGCAAGCAGTGCCACTGGCTGGTCCACGCAGACGCCGGCAGCCACCAGCGCATGGCCCAGGCGGTTGGCCGCCAGGTTCAGCCCGGCGTAATCATAGGATGCCTCCAGGCAGCGGGCCACGGTACGCTGTGGATGCGCCACAACCTGCGCTTCGAACTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCAGCGGA > NC_002947/4819802‑4820093 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |