Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,931,720 | G→A | 6.1% | G166G (GGC→GGT) | fliA ← | RNA polymerase sigma 28 factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,931,720 | 0 | G | A | 6.1% | 191.7 / 2.1 | 65 | G166G (GGC→GGT) | fliA | RNA polymerase sigma 28 factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/35); new base A (2/2); total (28/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.45e-01 |
ACCGATTTCCTTGAGGTTCAGCTCTTCGTCGTAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCGAGACTCAATTGGAGTTCGGCAGCAACTTCATGATCTTTAGCGTC > NC_002947/4931573‑4931866 | aCCGATTTCCTTGAGGTTCAGCTCTTCGTCGTAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGgcgc < 5:86873/149‑1 (MQ=255) aCCGATTTCCTTGAGGTTCAGCTCTTCGTCGTAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGgcgc < 8:111410/149‑1 (MQ=255) cTTGAGGTTCAGCTCTTCGTCGTAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCAt > 3:90819/1‑149 (MQ=255) cTTGAGGTTCAGCTCTTCGTCGTAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCAt > 2:242167/1‑149 (MQ=255) ttGAGGTTCAGCTCTTCGTCGTAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATg > 6:252480/1‑149 (MQ=255) ttGAGGTTCAGCTCTTCGTCGTAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATg > 2:23907/1‑149 (MQ=255) gAGGTTCAGCTCTTCGTCGTAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATg < 4:32991/147‑1 (MQ=255) aGGTTCAGCTCTTCGTCGTAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAg < 5:191034/149‑1 (MQ=255) cAGCTCTTCGTCGTAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCtt > 7:65462/1‑149 (MQ=255) aGCTCTTCGTCGTAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTc < 1:201199/149‑1 (MQ=255) aGCTCTTCGTCGTAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTc < 6:269854/149‑1 (MQ=255) ctTCGTCGTAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGc > 7:196980/1‑149 (MQ=255) cgtcgtAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCCCAGGTTCGACCTGGCCACTGCCGCCAACCTCATGCAGTCATACGTGCACg > 8:50815/1‑149 (MQ=255) gtcgtAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCAt > 2:118356/1‑131 (MQ=255) gtcgtAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCAt < 1:118356/131‑1 (MQ=255) tcgtAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGcc > 4:258567/1‑149 (MQ=255) tagtaCAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTc > 8:315341/1‑149 (MQ=255) ttcAGGGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTGCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCt < 7:50815/146‑1 (MQ=255) cAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCa < 6:9996/125‑1 (MQ=255) cAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCa > 5:9996/1‑125 (MQ=255) cAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGc < 8:169568/148‑1 (MQ=255) gcgcCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCaa > 6:195889/1‑148 (MQ=255) aGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGgtc < 5:327619/149‑1 (MQ=255) aCCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGgtcgtc < 1:242167/149‑1 (MQ=255) aCCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGgtcgt > 6:133924/1‑148 (MQ=255) ccAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGgtcgtc > 7:84379/1‑148 (MQ=255) ccAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCa < 3:342904/149‑1 (MQ=255) cAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCaa < 5:252480/149‑1 (MQ=255) ggCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTc < 8:195336/124‑1 (MQ=255) ggCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTc > 7:195336/1‑124 (MQ=255) cTCACGATCCGGCAGGTTGGCGATGGCATCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGAAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCAGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGcat > 3:238423/1‑146 (MQ=255) aCGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACa < 8:93150/149‑1 (MQ=255) gATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTAt > 1:304520/1‑149 (MQ=255) gATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCACCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTAt > 3:274057/1‑149 (MQ=255) gATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACATGGCCACTGGCACCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTAt > 3:269043/1‑149 (MQ=255) gCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGt < 5:133924/148‑1 (MQ=255) cTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTc > 1:3865/1‑148 (MQ=255) cTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTc > 7:132459/1‑148 (MQ=255) cTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCa < 8:132459/149‑1 (MQ=255) ggTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCATGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTTAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCaa < 4:90819/147‑1 (MQ=255) ggTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCaa < 8:65462/147‑1 (MQ=255) tCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCaa > 3:148131/1‑145 (MQ=255) tCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCaa < 4:148131/145‑1 (MQ=255) aGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATccc < 6:193434/149‑1 (MQ=255) gCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCGAGGGTATCGTTCAAGATCCCgta < 7:315341/149‑1 (MQ=255) gCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCgta < 1:23907/149‑1 (MQ=255) cAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCgtag > 8:40494/1‑149 (MQ=255) gcgcTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCga < 8:196980/149‑1 (MQ=255) gcgcTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCga < 2:304520/149‑1 (MQ=255) agcgcttccAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCGAGACt < 1:333472/143‑1 (MQ=255) ctccAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATccc < 4:102827/126‑1 (MQ=255) ctccAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATccc > 3:102827/1‑126 (MQ=255) ctccAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCGAGACTCAAtt < 8:84379/149‑1 (MQ=255) ctccAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCGAGACTCAAtt < 7:40494/149‑1 (MQ=255) tccAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAatcatc < 3:233298/137‑1 (MQ=255) tccAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAatcatc > 4:233298/1‑137 (MQ=255) ccAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCGAGACTCAATTg > 8:315002/1‑148 (MQ=255) cAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCGAGACTCAATTgg < 3:258567/148‑1 (MQ=255) cAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCGAGACTCAATTg < 2:3865/147‑1 (MQ=255) cgcgcAGGTTCTACCTTGCCACTTGCACCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGTGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCGAGACTCAATTGGAGTTCGgc < 4:269043/149‑1 (MQ=255) cgcgcAGGTTCGACCTGGCCACTGGCACCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCGAGACTCAATTGGAGTTCGgc < 4:274057/149‑1 (MQ=255) gcgcAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCGAGACTCAATTGGAGTTCgg > 3:349944/1‑147 (MQ=255) gcgcAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCGAGACTCAATTGGAGTTCGgca < 7:315002/149‑1 (MQ=255) gcgcAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCGAGACTCAATTGGAGTTCGgca < 5:195889/149‑1 (MQ=255) cGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCGAGACTCAATTGGAGTTCGGCAGCAACTTc < 5:221207/148‑1 (MQ=255) gACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCGAGACTCAATTGGAGTTCGGCAGCAACTTCa < 8:38345/148‑1 (MQ=255) cTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCGAGACTCAATTGGAGTTCGGCAGCAACTTCATGAt > 7:64932/1‑149 (MQ=255) gcgcCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCGAGACTCAATTGGAGTTCGGCAGCAACTTCATGATCTTTAGCGTc < 4:349944/149‑1 (MQ=255) | ACCGATTTCCTTGAGGTTCAGCTCTTCGTCGTAGTACAGCGCCAGCACCAGGCGCTCACGCTCCGGCAGGTTGGCGATGGCCTCGGTCAGGGCAGCCTGGAAGCGCTCCTCCTCCAGGCCGCGCGCAGGTTCGACCTGGCCACTGGCGCCATCCTCATGCAGTCCTTCGTGCTCGCCGTCCTGCAACAGGTCGTCAAAGCTGAACAGGCGGCTGCCCAGGGTATCGTTCAAGATCCCGTAGTAATCATCGAGACTCAATTGGAGTTCGGCAGCAACTTCATGATCTTTAGCGTC > NC_002947/4931573‑4931866 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |