Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,951,160 | C→T | 7.8% | G371G (GGG→GGA) | fliK ← | flagellar hook‑length control protein FliK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,951,160 | 0 | C | T | 7.8% | 145.9 / 2.5 | 51 | G371G (GGG→GGA) | fliK | flagellar hook‑length control protein FliK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/24); new base T (2/2); total (25/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
GTAGTAATCGACCGCACTGTCGCCGACAACCACCTGCTGCTCC‑AAAGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGCGTCACGTACGCCGGCGTGGCCGCTGATGAAGGTGACCTGGGTGGCCTGG > NC_002947/4951013‑4951301 | gtagtaATCGACCGCACTGTCGCCGACAACCACCTGCTGCTCCAAAAGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTtgctgc > 1:74310/1‑149 (MQ=255) gtagtaATCGACCGCACTGTCGCCGACAACCACCTGCTGCTCC‑AAAGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCACCCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTtgctgc < 1:262026/149‑1 (MQ=255) gtagtaATCGACCGCACTGTCGCCGACAACCACCTGCTGCTCC‑AAAGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGcc > 3:346896/1‑149 (MQ=255) cACTGTCGCCGACAACCACCTGCTGCTCC‑AAAGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCGCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCa < 7:237756/149‑1 (MQ=255) cAACCACCTGCTGCTCC‑AAAGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACa > 5:239623/1‑149 (MQ=255) aaCCACCTGCTGCTCC‑AAAGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACAt > 8:254063/1‑149 (MQ=255) ccaccTGCTGCTCC‑AAAGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTtgctgc > 8:104309/1‑119 (MQ=255) ccaccTGCTGCTCC‑AAAGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTtgctgc < 7:104309/119‑1 (MQ=255) caccTGCTGCTCC‑AAAGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCTGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTTTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCg < 6:278356/149‑1 (MQ=255) caccTGCTGCTCC‑AAAGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCg > 6:108623/1‑149 (MQ=255) ccTGCTGCTCC‑AAAGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTg < 6:193941/127‑1 (MQ=255) ccTGCTGCTCC‑AAAGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTg > 5:193941/1‑127 (MQ=255) c‑AAAGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCaa < 2:215501/147‑1 (MQ=255) c‑AAAGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCaa > 1:215501/1‑147 (MQ=255) aaaGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAAccc < 4:346896/149‑1 (MQ=255) aaGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAAcccc > 3:59291/1‑149 (MQ=255) aGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCGCGACCGTGCTCGGGCCGGCGCGCGGCGA‑CCCCGGAATGGTTGCTGGCCTGCGCCTGCCCGTGCTGTTGTTGCTGCCGGCGCGACTGGTCAGGCAGGTTGAGATCCGGCTGCGCCAAccc < 4:171949/147‑1 (MQ=255) gCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCgg < 4:123665/133‑1 (MQ=255) gCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCgg > 3:123665/1‑133 (MQ=255) cGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCctgctg > 5:272981/1‑149 (MQ=255) gcgcTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTgg < 7:254063/147‑1 (MQ=255) aTCGACCGCTTCGCCCCCACCCTTATCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCACGGAAAGGTTGATGCCCTGCGCCAGCCCCTCCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTCGTCAGCCACCTTGACATCCGGCTGAGCCAACCCCTCCTGGGCaaa > 8:263605/1‑147 (MQ=255) tCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAg < 4:294985/149‑1 (MQ=255) cGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGt > 2:309106/1‑149 (MQ=255) aCCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTggg > 5:43033/1‑139 (MQ=255) aCCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTggg < 6:43033/139‑1 (MQ=255) aCCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTc < 7:263605/149‑1 (MQ=255) gCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCTCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTcgcg > 4:194827/1‑149 (MQ=255) gCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTcgcg > 5:110056/1‑149 (MQ=255) ggCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGc < 4:59291/149‑1 (MQ=255) gCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGTCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCg > 4:198943/1‑149 (MQ=255) gCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGTCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCg > 4:194069/1‑149 (MQ=255) aCCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCa > 4:259274/1‑149 (MQ=255) tCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCCGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAgg < 8:19384/135‑1 (MQ=255) tCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCCGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAgg > 7:19384/1‑135 (MQ=255) gcgcCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGCg > 1:342056/1‑149 (MQ=255) gccA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGCGTCACg < 5:108623/149‑1 (MQ=255) a‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTgg < 3:111314/129‑1 (MQ=255) a‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTgg > 4:111314/1‑129 (MQ=255) cccGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTc > 4:224336/1‑132 (MQ=255) cccGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTc < 3:224336/132‑1 (MQ=255) cccGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGc > 1:266179/1‑138 (MQ=255) cccGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGc < 2:266179/138‑1 (MQ=255) cGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGCGTCACGTACGCCg < 1:27355/149‑1 (MQ=255) gctgcCCTGCGCCTGCTCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGGTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGTGGGCGGCACGTACGCCGGCGTGGCCGc < 3:194827/149‑1 (MQ=255) cgcCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGCGTCACGTACGCCGGCGTGGCCGCTGATGAAg < 3:259274/148‑1 (MQ=255) cgcCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGCGTCACGTACGCCGGCGTGGCCGCTGATGAAg < 2:342056/148‑1 (MQ=255) ccTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGTCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGCGTCACGTACGCCGGCGTGGCCGCTGATGAAGGTg < 3:194069/149‑1 (MQ=255) ccTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGTCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGCGTCACGTACGCCGGCGTGGCCGCTGATGAAGGTg < 3:198943/149‑1 (MQ=255) ccTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGCGTCACGTACGCCGGCGTGGCCGCTGATGAAGGTGACCTgg > 5:276722/1‑149 (MQ=255) gttgttGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGCGTCACGTACGCCGGCGTGGCCGCTGATGAAGGTGACCTGGGTGGcc > 8:253328/1‑149 (MQ=255) ttgttgCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGCGTCACGTACGCCGGCGTGGCCGCTGATGAAGGTGACCTGGGTGGcc < 6:239623/148‑1 (MQ=255) ttgttgCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGCGTCACGTACGCCGGCGTGGCCGCTGATGAAGGTGACCTGGGTGGCCt > 8:1381/1‑149 (MQ=255) gttgCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGCGTCACGTACGCCGGCGTGGCCGCTGATGAAGGTGACCTGGGTGGCCTgg > 5:29204/1‑149 (MQ=255) gttgCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGCGTCACGTACGCCGGCGTGGCCGCTGATGAAGGTGACCTGGGTGGCCTg < 7:253328/148‑1 (MQ=255) gttgCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGCGTCACGTACGCCGGCGTGGCCGCTGATGAAGGTGACCTGGGTGGCCTg < 6:110056/148‑1 (MQ=255) | GTAGTAATCGACCGCACTGTCGCCGACAACCACCTGCTGCTCC‑AAAGGCCGGGCGCTATCGACCGCTTCGGCCCCACCCTGCTCGGCCCGGCGCGCCGCCA‑CCCCGGAAAGGTTGCTGCCCTGCGCCTGCCCCTGCTGTTGTTGCTGCCCGCGCGACTGGTCAGCCACGTTGACATCCGGCTGCGCCAACCCCTGCTGGGCAAACAGTTCGCGCAGGCGGTGCACCTGGCTGTCGAGGGCGTCACGTACGCCGGCGTGGCCGCTGATGAAGGTGACCTGGGTGGCCTGG > NC_002947/4951013‑4951301 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |