| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,991,314 | A→C | 7.8% | intergenic (‑183/+46) | PP_4399 ← / ← bkdR | glutamine synthetase/Bkd operon transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,991,314 | 0 | A | C | 7.8% | 187.9 / 4.8 | 62 | intergenic (‑183/+46) | PP_4399/bkdR | glutamine synthetase/Bkd operon transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/24); new base C (2/3); total (35/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAGGGCAAAACTCGAGCGAATATTGGCTACCCCTGGCAAG > NC_002947/4991169‑4991462 | aCGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAAc < 2:281001/148‑1 (MQ=255) gCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCcg > 1:58361/1‑149 (MQ=255) cATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCcgc < 6:310244/149‑1 (MQ=255) cATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCcgc 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aTAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCcggcaac > 7:293788/1‑146 (MQ=255) gCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGgcaacggcaacg > 3:103402/1‑149 (MQ=255) gggTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTc > 5:361894/1‑149 (MQ=255) tgtTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTg < 4:274147/149‑1 (MQ=255) ttCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTa < 5:226155/149‑1 (MQ=255) 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6:138875/148‑1 (MQ=255) agcagcCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCtt > 6:244519/1‑149 (MQ=255) gcCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAgg < 2:8815/149‑1 (MQ=255) ccTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAggg > 4:142481/1‑149 (MQ=255) aTTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCACCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAGGGCa > 4:16008/1‑148 (MQ=255) tGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCAGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATTCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAGGGCaa > 3:20443/1‑147 (MQ=255) 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cGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAGGGCAAAACTCGAGCGAatat > 1:154954/1‑149 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAGGGCAAAACTCGAGCGAATAtt < 5:244519/149‑1 (MQ=255) ctctTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAGGGCAAAACTCGAGCGAATATTGGc < 8:40194/149‑1 (MQ=255) cgcgGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCACGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAGGGCAAAACTCGAGCGAATATTGGCTAc < 4:213171/147‑1 (MQ=255) cgcgGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGCGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAGGGCAAAACTCGAGCGAATATTGGCTAccc > 4:275865/1‑149 (MQ=255) cgcgGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGCGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAGGGCAAAACTCGAGCGAATATTGGCTAccc > 4:270855/1‑149 (MQ=255) ggTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAGGGCAAAACTCGAGCGAATATTGGCTACCCCTgg < 6:84156/149‑1 (MQ=255) ggTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAGGGCAAAACTCGAGCGAATATTGGCTACCCCTgg > 4:190383/1‑149 (MQ=255) gTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAGGGCAAAACTCGAGCGAATATTGGCTACCCCTgg > 6:57175/1‑148 (MQ=255) aaCCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAgg < 4:178145/113‑1 (MQ=255) aaCCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAGGGCAAAACTCGAGCGAATATTGGCTACCCCTGGCAAg < 3:347310/149‑1 (MQ=255) aaCCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCACCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAGGGCAAAACTCGAGCGAATATTGGCTACCCCTGGCaa < 3:16008/148‑1 (MQ=255) | ACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCATTGGCCGGCAACGGCAACGCCGTCTTGTAGCGCACCTGCTTCAGGGCAAAACTCGAGCGAATATTGGCTACCCCTGGCAAG > NC_002947/4991169‑4991462 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |