| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,154,690 | C→A | 6.3% | P126P (CCG→CCT) | azoR2 ← | FMN‑dependent NADH‑azoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,154,690 | 0 | C | A | 6.3% | 198.2 / 3.8 | 64 | P126P (CCG→CCT) | azoR2 | FMN‑dependent NADH‑azoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/32); new base A (2/2); total (30/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
GGCATGGATGAAGTCGACATCGTGGATGCCGATGAAAGCCATGACCTGGCGCAGGTACGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATGGGCGCAGCCATCACCAGTACGTCGGCAGCCAACAACTCATCCGTCAGTTCGTTG > NC_002947/5154546‑5154837 | ggCATGGATGAAGTCGACATCGTGGATGCCGATGAAAGCCATGACCTGGCGCAGGTACGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGc > 7:250696/1‑149 (MQ=255)atttctgATGAAGTCGACATCGTGGATGCCGATGAAAGCCATGACCTGGCGCAGGTACGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGc < 7:171283/143‑1 (MQ=255) aaGTCGACATCGTGGATGCCGATGAAAGCCATGACCTGGCGCAGGTACGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGgt < 6:181576/149‑1 (MQ=255) 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gATGAAAGCCATGACCTGGCGCAGGTACGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑ggg < 7:296456/127‑1 (MQ=255) gATGAAAGCCATGACCTGGCGCAGGTACGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑ggg > 8:296456/1‑127 (MQ=255) gATGAAAGCCATGACCTGGCGCAGGTACGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCgg > 7:273292/1‑149 (MQ=255) gAAAGCCATGACCTGGCGCTGGTACGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATTGATGCCGCCGCGGGCAGTCTGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCa < 5:50376/148‑1 (MQ=255) aaGCCATGACCTGGCGCAGGTACGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGATTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCAGGCACg > 5:348246/1‑148 (MQ=255) aTGACCTGGCGCAGGTACTGTTCCTTATGGTCACTGCTGGCACCCGCATTGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTCTGGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACgcagca < 1:48696/149‑1 (MQ=255) aTGACCTGGCGCAGGTACGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCgg > 7:69361/1‑139 (MQ=255) aTGACCTGGCGCAGGTACGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCgg < 8:69361/139‑1 (MQ=255) tGACCTGGCGCAGGTACGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGcaca > 4:273978/1‑149 (MQ=255) aCCTGGCGCAGGTACGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATg < 1:144812/149‑1 (MQ=255) ccTGGCGCAGGTACGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATgg > 4:252716/1‑149 (MQ=255) cAGGTACGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTccagcc < 5:175230/149‑1 (MQ=255) aCGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCg > 1:21874/1‑122 (MQ=255) aCGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCg < 2:21874/122‑1 (MQ=255) ggTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCttt < 5:108741/149‑1 (MQ=255) ttCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCa < 3:249999/149‑1 (MQ=255) ttCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCa < 8:192015/149‑1 (MQ=255) cTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAgg < 8:273292/148‑1 (MQ=255) ggTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAgg < 6:370680/143‑1 (MQ=255) ggTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAgg > 5:370680/1‑143 (MQ=255) tCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTggg > 3:137210/1‑149 (MQ=255) gCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTg > 3:155541/1‑147 (MQ=255) cGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGt < 1:276415/149‑1 (MQ=255) gCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTa < 4:177137/149‑1 (MQ=255) gCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTa > 3:177137/1‑149 (MQ=255) aTGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACa > 4:127416/1‑149 (MQ=255) gATGCCTCCGCTGGCATTCAGGACGATGGCGCTCTTGCCAGTCAGCAGTCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATg < 6:348246/148‑1 (MQ=255) gccgccGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATGGgc < 1:329083/148‑1 (MQ=255) cgccgcGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATGGGCGCa < 1:68942/149‑1 (MQ=255) gccgcGGGCAGTCAGGAAGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATGGGCGCAg > 4:310724/1‑149 (MQ=255) gggCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATGGGCGCAGCCAt > 4:93408/1‑148 (MQ=255) cAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATGGGCGCAGCCATCAcc < 4:155541/149‑1 (MQ=255) aGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATGGGCGCAGCCATCACCa < 3:93408/149‑1 (MQ=255) aGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTgg > 7:55890/1‑109 (MQ=255) aGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTgg < 8:55890/109‑1 (MQ=255) aGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATg < 7:56230/129‑1 (MQ=255) aGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATGGGCGCAGCCATCACCAGTAc > 3:230643/1‑149 (MQ=255) aGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGACTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATg > 8:56230/1‑129 (MQ=255) gACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATGGGCGCAGCCATCACCAGTACGt < 4:137210/149‑1 (MQ=255) gACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATGGGCGCAGCCATCACCAGTACGt > 4:24376/1‑149 (MQ=255) gATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGtt < 1:22071/117‑1 (MQ=255) gATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGtt > 2:22071/1‑117 (MQ=255) gcgcgcTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATGGGCGCAGCCATCACCAGTACGTCGGCAg < 3:24376/148‑1 (MQ=255) gCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATGGGCGCAGCCATCACCAGTACGTCGGCAGCcaacaa < 3:273978/147‑1 (MQ=255) cAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGTGATGGTGAAGTTGTACATGGGCGCAGCCATCACCAGTACGTCGGCAGCcaac < 5:240649/143‑1 (MQ=255) cAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGTGATGGTGAAGTTGTACATGGGCGCAGCCATCACCAGTACGTCGGCAGCcaac > 6:240649/1‑143 (MQ=255) gTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATGCGCGCAGCCATCACCAGTACGTCGGCAGCCACCACCTCATc > 6:286037/1‑149 (MQ=255) gcagGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATGGGCGCAGCCATCACCAGTACGTCGGCAGCCAACAACTCATCCGt > 7:18090/1‑148 (MQ=255) agGCCTTGAGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATg > 4:69089/1‑56 (MQ=255) agGCCTTGAGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATg > 4:74183/1‑56 (MQ=255) agGCCTTGAGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATg < 3:74183/56‑1 (MQ=255) agGCCTTGAGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATg < 3:69089/56‑1 (MQ=255) cTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTg > 2:18490/1‑86 (MQ=255) cTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTg < 1:18490/86‑1 (MQ=255) cTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATGGGCGCAGCCATCACCAGTACGTCGGCAGCCAACAACTCATCCGTCAGTTCg > 2:209059/1‑149 (MQ=255) cGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATGGGCGCAGCCATCACCAGTAGGTCGGCAGCCAACAACTCATCCGTCAGTTCGTTg < 3:127416/148‑1 (MQ=255) | GGCATGGATGAAGTCGACATCGTGGATGCCGATGAAAGCCATGACCTGGCGCAGGTACGGTTCCTGATGGTCACTGCTGGCACCCGCATGGATGCCGCCGCGGGCAGTCAGGACGATGGCGCGCTTGCCAGTCAGCAGGCCTTGCGGGCCGGTC‑GGGGTGTATTTGAAGGTGATGCCGGCACGCAGCACATGGTCCAGCCAGGCTTTCAGGGTGCTGGGGATGGTGAAGTTGTACATGGGCGCAGCCATCACCAGTACGTCGGCAGCCAACAACTCATCCGTCAGTTCGTTG > NC_002947/5154546‑5154837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |