Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,162,834 | T→C | 12.8% | A339A (GCA→GCG) | PP_4545 ← | beta‑ketodecanoyl‑ACP synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,162,834 | 0 | T | C | 12.8% | 89.7 / 5.8 | 39 | A339A (GCA→GCG) | PP_4545 | beta‑ketodecanoyl‑ACP synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/20); new base C (2/3); total (16/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.02e-01 |
CACACTACCAATCGAATACCCCGCACCAAACGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCAGCCAGAAGCGCTTCACGTCGCCTGGTTGCAACCCGTTCTCCTGCAGGTGCTCAC > NC_002947/5162696‑5162964 | cacaCTACCAATCGAATACCCCGCACCAAACGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCt > 3:240482/1‑149 (MQ=255) acacTACCAATCGAATACCCCGCACCAAACGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTc > 1:250859/1‑149 (MQ=255) cTACCAATCGAATACCCCGCACCAAACGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGc < 8:263743/149‑1 (MQ=255) tACCAATCGAATACCCCGCACCAAACGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGt < 1:147993/134‑1 (MQ=255) tACCAATCGAATACCCCGCACCAAACGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGt > 2:147993/1‑134 (MQ=255) aaTCGAATACCCCGCACCAAACGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACtt > 2:71028/1‑149 (MQ=255) aTCGAATACCCCGCACCAAACGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTc < 6:156388/149‑1 (MQ=255) aaTACCCCGCACCAAACGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGc > 6:140131/1‑149 (MQ=255) aaTACCCCGCACCAAACGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGc > 6:46636/1‑149 (MQ=255) aTACCCCACACCAAACGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGcc < 2:298393/149‑1 (MQ=255) ccccGCACCAAACGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGcccc < 5:140131/148‑1 (MQ=255) cGCTCCAAACGAGCTGAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGCGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACa < 2:269620/149‑1 (MQ=255) aCCAAACGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGc < 2:318200/129‑1 (MQ=255) aCCAAACGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGc > 1:318200/1‑129 (MQ=255) cAAACGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTc < 1:71028/149‑1 (MQ=255) cGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGa < 5:46636/149‑1 (MQ=255) cGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGa < 5:107672/149‑1 (MQ=255) tCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGCGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGAt > 4:247411/1‑148 (MQ=255) aCGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGGACTGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATg < 7:329227/149‑1 (MQ=255) gAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCt < 2:250859/149‑1 (MQ=255) gTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGt < 5:76958/149‑1 (MQ=255) aTCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCa < 1:110534/149‑1 (MQ=255) cTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGCGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCAGc < 3:247411/148‑1 (MQ=255) gTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCAGCCAGAAGCGCt > 7:333615/1‑149 (MQ=255) gCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCa < 7:202704/130‑1 (MQ=255) gCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCa > 8:202704/1‑130 (MQ=255) gCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCAGCCAGAAGCGCTTCACg > 1:344453/1‑147 (MQ=255) gCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCAGCCAGAAGCGCTTCACg < 2:344453/147‑1 (MQ=255) aaTCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTg < 5:357678/123‑1 (MQ=255) aaTCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCCGAGGTTGGCCTGGTGCAGCCAGAAGCGCTTCACGTCGc > 3:40097/1‑149 (MQ=255) aaTCACCGACCCCGCAGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTg > 6:357678/1‑123 (MQ=255) aCCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATg < 8:196551/105‑1 (MQ=255) ccGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCAGCTAGAAGCGCTTCACGTCGCCTGGt > 7:221711/1‑149 (MQ=255) ccGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCAGCCAGAAGCGCTTCACGTCGCCTGGt > 8:120689/1‑149 (MQ=255) ccgccgAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCAGCCAGAAGCGCTTCACGTCGCCTGGTTGCAAc < 7:120689/149‑1 (MQ=255) cgccgAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGCGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCAGCCAGAAGCGCTTCACGTCGCCTGGTTGCAAcc > 2:235355/1‑149 (MQ=255) gccgAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCAGCCAGAAGCGCTTCACGTCGCCTGGTTGCAAccc < 3:324679/149‑1 (MQ=255) tGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCAGCCAGAAGCGCTTCACGTCGCCTGGTTGCAACCCGTTCTcc > 5:236501/1‑149 (MQ=255) tATTGGCGTAACGGTCAAGTATAACCTGTGCCTCTTCCTCGGCCTCTTCACGCGCCAAGATTTTCTTGACGATCAGCTGGTGGATGCGGAGGTTGGCGTGGTGCAGGCAGAAGCTCTTCAGGTCGCCTGGTTGCAACACTTTCTCCTgg < 4:40097/149‑2 (MQ=255) aCGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCAGCCAGAAGCGCTTCACGTCGCCTGGTTGCAACCCGTTCTCCTGCAGGTGCTCAc < 8:333615/149‑1 (MQ=255) aCGGTCCAGAATCACCGGCGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCAGCCAGAAGCGCTTCACGTTGCCTGGTTGCAACCCGTTCTCCTGCAGGTGCTCAc < 1:235355/149‑1 (MQ=255) tGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCAGCCAGAAGCGCTTCACGTc < 3:175601/96‑1 (MQ=255) tGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCAGCCAGAAGCGCTTCACGTc > 4:175601/1‑96 (MQ=255) | CACACTACCAATCGAATACCCCGCACCAAACGAGCTCAACACGCCCAACGAGCCTTTGGCCAGGTCATCCTGGTACAGGTGGAAGGCAATCACCGACCCCGCCGAGCTGGTATTGGCGTAACGGTCCAGAATCACCGGTGCCTCTTCCTCGGCCACTTCACGCCCCAACAGTTTCTTGACGATCAGCTGGTTCATGCTGAGGTTGGCCTGGTGCAGCCAGAAGCGCTTCACGTCGCCTGGTTGCAACCCGTTCTCCTGCAGGTGCTCAC > NC_002947/5162696‑5162964 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |