Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,202,981 | C→A | 8.9% | L430M (CTG→ATG) | PP_4583 → | putative Peptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,202,981 | 0 | C | A | 8.9% | 166.4 / 4.1 | 55 | L430M (CTG→ATG) | PP_4583 | putative Peptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/22); new base A (3/2); total (31/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGAAGCGCTCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGTGGCCTTTG > NC_002947/5202833‑5203128 | cGAAGCGCTCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCAccc > 5:270793/1‑149 (MQ=255) cAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGa > 7:289817/1‑149 (MQ=255) aaCCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGTCTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGAt > 5:254612/1‑149 (MQ=255) aaCCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGAt > 3:94379/1‑149 (MQ=255) aaCCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCAGGGTGCCgtc < 7:261890/149‑3 (MQ=255) aaCCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACACCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGAt > 6:278189/1‑149 (MQ=255) gCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCa > 6:303278/1‑147 (MQ=255) gCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCa < 5:303278/147‑1 (MQ=255) cccAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTa > 7:96471/1‑149 (MQ=255) cccAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTa < 5:48287/149‑1 (MQ=255) aaCTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAg > 1:29142/1‑149 (MQ=255) ggcgCCCACGCCCGCCCCGGCGGCGCTCCAGCAAACCCCGCGGCGCGGTGCACCCGACGCCGATGCCTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCCCCCTGGTGCCGATCAGCCTCGTACGCCGCCCCCACGACC‑Tgg < 8:96471/146‑1 (MQ=255) gCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGc < 8:289817/148‑1 (MQ=255) ccACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCGCCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCGGCCAGGACC‑TGGGCAAg > 6:88679/1‑149 (MQ=255) ccACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAg > 7:203708/1‑149 (MQ=255) aCGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGAc < 8:203708/149‑1 (MQ=255) cAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCTATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCAct < 6:270793/149‑1 (MQ=255) tggtgCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCActgtac < 3:55247/149‑1 (MQ=255) gtgCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCActgtacct > 2:264369/1‑149 (MQ=255) cTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCa < 3:8763/116‑1 (MQ=255) cTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCa > 4:8763/1‑116 (MQ=255) aaGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTg < 3:232409/87‑1 (MQ=255) aaGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTg > 4:232409/1‑87 (MQ=255) aaGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACgg > 3:111756/1‑149 (MQ=255) gCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCATGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACgg < 1:38099/148‑1 (MQ=255) gCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACgg > 2:38099/1‑147 (MQ=255) aaaCCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTAt > 4:216391/1‑149 (MQ=255) aaCCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATg < 5:278189/149‑1 (MQ=255) cccGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTg > 6:43454/1‑149 (MQ=255) cTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATg < 6:257087/148‑1 (MQ=255) ggTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGc > 2:118196/1‑105 (MQ=255) ggTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGc < 1:118196/105‑1 (MQ=255) gCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGaa < 8:302800/147‑1 (MQ=255) gCATTCGATGCAGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGaa > 7:302800/1‑147 (MQ=255) aTTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGcc > 5:279558/1‑149 (MQ=255) gATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGGGCCGATCAGCCTTGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTg < 5:88679/149‑1 (MQ=255) aCTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTtc < 5:43454/149‑1 (MQ=255) gTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTcaca > 6:335666/1‑149 (MQ=255) aGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTTCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATgc > 1:168219/1‑149 (MQ=255) tGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATgcgc < 1:264369/149‑1 (MQ=255) cgcCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCt < 6:306732/149‑1 (MQ=255) gcCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTg < 8:201788/80‑1 (MQ=255) gcCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTg > 7:201788/1‑80 (MQ=255) ctgtgCAAGCGCAGTGGAGGGCACCATTGTTACGATCATCCTGGTACGCCGCCGCCAGTACG‑TGGTGAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGc < 3:10269/144‑1 (MQ=255) ggCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCctgc < 3:216391/149‑1 (MQ=255) ggCAACCGCAGCGGACCGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCACGACC‑TGGGCAAGACCCTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTTCCTATGTCGAAAGACTCTACCCCTGGTTCTCACATACGCCCCTGAAccaa > 4:10269/1‑146 (MQ=255) cAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCctgctg < 6:254612/149‑1 (MQ=255) aaCCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCctgctg > 4:339530/1‑148 (MQ=255) aaCCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCctgctg > 4:333144/1‑148 (MQ=255) ccGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAg > 7:33128/1‑149 (MQ=255) tgatcGGCACCAGGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCgcggc > 3:294902/5‑149 (MQ=255) tgatcGGCACCAGGGTGCAGATCAGCCTCGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCAACTGTACCTCTACGGCAATGGTGCCTATGGCGACAGCCTCGACCCCAGGTTCTCACCTGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCgcggc > 3:285205/5‑149 (MQ=255) cGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCgcggc < 5:335666/149‑1 (MQ=255) ggACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCgcggcg > 2:306729/1‑149 (MQ=255) atcGGCACCAGGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGt > 4:196204/3‑149 (MQ=255) aCCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGTGGCCtt > 4:273152/1‑149 (MQ=255) cccTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGTGGCCttt < 4:111756/149‑1 (MQ=255) cccTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGTGGCCttt < 3:273152/149‑1 (MQ=255) ccTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGTGGCCTTTg < 6:279558/149‑1 (MQ=255) | CGAAGCGCTCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACC‑TGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGTGGCCTTTG > NC_002947/5202833‑5203128 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |