Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,333,664 | C→A | 8.0% | L32M (CTG→ATG) ‡ | PP_4695 → | two‑component system sensor histidine kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,333,664 | 0 | C | A | 8.0% | 158.1 / 3.9 | 50 | L32M (CTG→ATG) ‡ | PP_4695 | two‑component system sensor histidine kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/24); new base A (2/2); total (24/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
CTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGTACGGCTACGGCTTCCTTGCCTGTTACCTGGGGGTGTCTGGC > NC_002947/5333519‑5333810 | cTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGa > 1:30201/1‑149 (MQ=255) tGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGAt > 8:38216/1‑149 (MQ=255) ctctGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGCGCGCGGGc > 8:99163/1‑143 (MQ=255) ctctGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGc < 7:99163/143‑1 (MQ=255) ctctGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGACTGGCCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATcc > 4:36398/1‑149 (MQ=255) tGGCTGATCCTGATGGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATccc < 5:199858/147‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCTACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGt < 3:96400/149‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCcgc < 3:222959/147‑1 (MQ=255) ctgatcctgatcGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATGCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTTGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGATCAGCCcgcgct < 4:248505/149‑3 (MQ=255) atcctgatcGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGa < 2:30201/149‑1 (MQ=255) atcGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCAtt < 2:315860/148‑1 (MQ=255) gtcACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGGCCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGccac < 3:36398/148‑1 (MQ=255) aCCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATc > 8:186927/1‑124 (MQ=255) aCCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATc < 7:186927/124‑1 (MQ=255) cTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACtt < 3:325132/149‑1 (MQ=255) cTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACt > 7:203164/1‑148 (MQ=255) cTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACt > 2:343288/1‑148 (MQ=255) aTCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTAcc < 7:38216/148‑1 (MQ=255) agagCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCt < 1:343288/149‑1 (MQ=255) ccAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCg > 1:85228/1‑149 (MQ=255) aCGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTa > 8:147624/1‑136 (MQ=255) aCGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTa < 7:147624/136‑1 (MQ=255) tGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTc < 6:207210/149‑1 (MQ=255) gATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTgg < 6:151516/140‑1 (MQ=255) gATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTgg > 5:151516/1‑140 (MQ=255) gATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACg > 6:85129/1‑149 (MQ=255) aTGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGc > 7:102149/1‑149 (MQ=255) aGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCa < 8:185634/148‑1 (MQ=255) tttAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGc > 4:137831/1‑149 (MQ=255) cTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGc > 7:41844/1‑129 (MQ=255) cTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGc < 8:41844/129‑1 (MQ=255) gatgatCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTAt < 2:193516/148‑1 (MQ=255) gatgatCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTAt > 1:193516/1‑148 (MQ=255) atgatCCTGATGAGGGGCGGGTACCTCTTGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGGGGGCTGATGCCGCTTTCGATCTTTCGCCTCCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTAGGCGTGTGCCTGGGCCTTGTATgg < 4:108082/149‑1 (MQ=255) gatCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCt > 8:300157/1‑149 (MQ=255) cTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGACTACGCCACTGACTGGGCCTTCTATGGCTCGGt > 2:264826/1‑149 (MQ=255) tGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGtt > 5:81708/1‑149 (MQ=255) aTCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTtg < 8:102149/148‑1 (MQ=255) ccGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTtggcctggcc > 1:259351/1‑149 (MQ=255) cTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTtggc < 4:20875/135‑1 (MQ=255) cTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTtggc > 3:20875/1‑135 (MQ=255) cTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGtacggctacgg < 5:85129/149‑1 (MQ=255) ttCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGtacggctacggc < 2:85228/147‑1 (MQ=255) ggATCAGCCCGCGCTCGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGTACGGCTACGGCTTCCTTGCCTGTTAc > 2:333154/1‑149 (MQ=255) agcgagcgCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGTACGGCTACGGCTTCCTTGCCTGTTACCTggg > 6:87845/1‑149 (MQ=255) agcgagcgCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGTACGGCTACGGCTTCCTTGCCTGTTACCTgg < 3:137831/148‑1 (MQ=255) tcgaacgCGGGATCAGCCCGCGCTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGTACGGCTACGGCTTCCTTGCCTGTTACCTgggg < 1:41801/148‑1 (MQ=255) tcgaacgCGGGATCAGCCCGCGCTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGTACGGCTACGGCTTCCTTGCCTGTTACCTgggg > 2:41801/2‑149 (MQ=255) gcgagcgCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGTACGGCTACGGCTTCCTTGCCTGTTACCTgggg < 2:259351/149‑1 (MQ=255) gaacgcgGGATCAGCCCGCGCTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTGAGCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCAATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGTACGGCTACGGCTTCCTTGCCTGTTACCTggggg > 1:281197/4‑149 (MQ=255) gggCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGTACGGCTACGGCTTCCTTGCCTGTTACCTGGGGGTGTCTgg > 7:146306/1‑149 (MQ=255) ggCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGTACGGCTACGGCTTCCTTGCCTGTTACCTGGGGGTGTCTGgc < 8:203164/149‑1 (MQ=255) | CTGCTCTGGCTGATCCTGATCGTCGTCACCTTCATCCTGCAGAGCCAACGAGATGCCGATGAGCTTTAGCCTGACCCAGATGATCCTGATCAGCGCCGGGTACCTCATGGTGCTGTTCGGCGTGGCCTGGATCAGCGAGCGCGGGCTGATCCCGCGTTCGATCATTCGCCACCCACTTACCTACACCCTG‑TCGCTGGGCGTCTACGCCAGTGCCTGGGCCTTCTATGGCTCGGTTGGCCTGGCCTACCAGTACGGCTACGGCTTCCTTGCCTGTTACCTGGGGGTGTCTGGC > NC_002947/5333519‑5333810 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |