Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,363,327 | C→T | 7.0% | V147I (GTT→ATT) | glmM ← | phosphoglucosamine mutase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,363,327 | 0 | C | T | 7.0% | 167.3 / 2.1 | 57 | V147I (GTT→ATT) | glmM | phosphoglucosamine mutase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/26); new base T (2/2); total (29/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.65e-01 |
ACGGAATACGCTGGGCGCAACCTTGTAGGTAGCACCATGGGCGCAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGAT > NC_002947/5363184‑5363474 | aCGGAATACGCTGGGCGCAACCTTGTAGGTAGCACCATGGGCGCAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTg < 4:181698/148‑1 (MQ=255) tACGCTGGGCGCAACCTTGTAGGTAGCACCATGGGCGCAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCt < 6:349628/149‑1 (MQ=255) cGCTGGGCGCAACCTTGTAGGTAGCACCATGGGCGCAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTg > 6:145260/1‑149 (MQ=255) gCTGGGCGCAACCTTGTAGGTAGCACCATGGGCGCAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGc > 7:44503/1‑149 (MQ=255) ggCGCAACCTTGTAGGTAGCACCATGGGCGCAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGccc < 1:99423/147‑1 (MQ=255) gcgcAACCTTGTAGGTAGCACCATGGGCGCAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAg < 5:330695/139‑1 (MQ=255) gcgcAACCTTGTAGGTAGCACCATGGGCGCAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAg > 6:330695/1‑139 (MQ=255) ttGTAGGTAGCACCATGGGCGCAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAAc > 8:307398/1‑149 (MQ=255) cACCATGGGCGCAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGt > 1:53250/1‑149 (MQ=255) cACCATGGGCGCAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGt > 1:58468/1‑149 (MQ=255) tcgaTGGGATCAGGCGAACACCAGATTGAGGGCTTCGAAGATGGTGCTGCGAGGCTCACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGTCGGCAGCTTTGATACGCGAAACCTTGGCCAGCTTGCCCGACTGGAGAACGGTCATCTGt < 8:60039/145‑1 (MQ=255) aCCATGGGCGCAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGtt < 3:194051/149‑1 (MQ=255) aCCATGGGCGCAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGt > 7:60039/1‑148 (MQ=255) cATGGGCGCAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTg > 8:234770/1‑148 (MQ=255) cATGGGCGCAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTg < 7:234770/148‑1 (MQ=255) aTGGGCGCAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCATCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGt < 4:328772/149‑1 (MQ=255) gcgcAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGag < 3:340173/149‑1 (MQ=255) cgcAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGagc < 5:145260/149‑1 (MQ=255) gACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCtt < 7:307398/149‑1 (MQ=255) gACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCtt > 4:97390/1‑149 (MQ=255) accaccAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTc < 2:53250/149‑1 (MQ=255) accaccAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTc < 2:58468/149‑1 (MQ=255) gCCTTCGAAGCTGGTGCCGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGa > 3:46544/1‑149 (MQ=255) cTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGAcc > 4:230170/1‑149 (MQ=255) ttCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAATCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCt > 5:135530/1‑149 (MQ=255) ttCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAATCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCt > 5:141143/1‑149 (MQ=255) ttCGAAGCTGGTGATGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTAGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGATCATCGATCATCAGCTCGACCt > 6:199967/1‑149 (MQ=255) cTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCgg < 5:42512/149‑1 (MQ=255) acTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACt > 7:185765/1‑74 (MQ=255) acTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACt < 8:185765/74‑1 (MQ=255) acTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTACGGCAGCTTGGTGCCCTGGc > 8:236948/1‑149 (MQ=255) ctctTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGatcatc < 4:287707/111‑1 (MQ=255) ctctTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGatcatc > 3:287707/1‑111 (MQ=255) ctTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGACCCgag > 5:211853/1‑148 (MQ=255) gCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGagaa < 6:359878/147‑1 (MQ=255) aGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAAc > 8:88272/1‑149 (MQ=255) ttCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGCCCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGa > 7:246683/1‑149 (MQ=255) gATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGc > 2:79754/1‑149 (MQ=255) tAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAATCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGtt < 6:141143/149‑1 (MQ=255) tAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAATCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGtt < 6:135530/149‑1 (MQ=255) cggccggcGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGACCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTc < 6:211853/149‑1 (MQ=255) ggccggcGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCa < 7:2161/149‑1 (MQ=255) ggcggcATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATcag > 2:264137/1‑147 (MQ=255) ggcATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGAt > 1:279250/1‑132 (MQ=255) ggcATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGAt < 2:279250/132‑1 (MQ=255) aTCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGt > 6:176933/1‑149 (MQ=255) aTCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCACGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGt > 4:231275/1‑149 (MQ=255) gATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTGCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGc < 7:236948/148‑1 (MQ=255) aTACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGa < 4:46544/149‑1 (MQ=255) aCGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAgg > 5:348658/1‑149 (MQ=255) gcgAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTg > 6:5438/1‑46 (MQ=255) gcgAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTg < 5:5438/46‑1 (MQ=255) gcgAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCa > 4:337199/1‑149 (MQ=255) gAATCCTTGCCCCGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTGCGTTCATCAGCTCGACCTCGTGCGGCAGCTTGGTGCCGTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTCTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACt < 5:42676/149‑1 (MQ=255) gAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCg > 4:227865/1‑133 (MQ=255) gAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCg < 3:227865/133‑1 (MQ=255) aCCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACtgat < 6:348658/149‑1 (MQ=255) | ACGGAATACGCTGGGCGCAACCTTGTAGGTAGCACCATGGGCGCAGTCGACCACCAGCTTGAGGCCTTCGAAGCTGGTGCTGCTCGGCACACTGCTCTTGCAGAATTCGATGTAGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGAT > NC_002947/5363184‑5363474 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |