Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,524,281 | C→T | 7.7% | V198I (GTC→ATC) | yhjG ← | protein YhjG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,524,281 | 0 | C | T | 7.7% | 148.3 / 2.9 | 52 | V198I (GTC→ATC) | yhjG | protein YhjG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/26); new base T (2/2); total (24/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 |
ACGGCTGGCTGGCGTCCTGCAGGGCCAGCAGGCCACCGATCTTGCCGGTGCCGGACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGCCCTGGTCAAAGCCGATGGCGCCGATGTCCAGCTGCCATTTGGAAGGTTCGGCGTTT > NC_002947/5524137‑5524426 | aCGGCTGGCTGGCGTCCTGCAGGGCCAGCAGGCCACCGATCTTGCCGGTGCCGGACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAAtc < 7:172911/149‑1 (MQ=255) gctggctgGCGTCCTGCAGGGCCAGCAGGCCACCGATCTTGCCGGTGCCGGACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCa > 1:312753/1‑149 (MQ=255) ctggcGTCCTGCAGGGCCAGCAGGCCACCGATCTTGCCGGTGCCGGACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGaa < 7:200093/149‑1 (MQ=255) gcGTCCTGCAGGGCCAGCAGGCCACCGATCTTGCCGGTGCCGGACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACg < 1:2638/148‑1 (MQ=255) gCCAGCAGGCCACCGATCTTGCCGGTGCCGGACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGc > 7:171074/1‑148 (MQ=255) agcagGCCACCGATCTTGCCGGTGCCGGACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACg > 3:174488/1‑133 (MQ=255) agcagGCCACCGATCTTGCCGGTGCCGGACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACg < 4:174488/133‑1 (MQ=255) ggCCACCGATCTTGCCGGTGCCGGACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGACGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCggg < 5:92630/149‑1 (MQ=255) cACCGATCTTGCCGGTGCCGGACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGATAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCggg > 8:97449/1‑146 (MQ=255) cACCGATCTTGCCGGTGCCGGACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGATAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCggg > 8:92242/1‑146 (MQ=255) cACCGATCTTGCCGGTGCCGGACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGATAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCggg < 7:97449/146‑1 (MQ=255) cACCGATCTTGCCGGTGCCGGACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGATAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCggg < 7:92242/146‑1 (MQ=255) atctgccggtgccggACACTGGCTGGCCTTGGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGCGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGc < 7:179116/146‑1 (MQ=255) gccggtgccggACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAAC‑GGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCt < 3:71680/148‑1 (MQ=255) ccggtgccggACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGACAAGCGGGTCGATCCGc > 8:179116/1‑144 (MQ=255) ccggACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGc < 2:210849/148‑1 (MQ=255) cggACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTg < 3:95264/149‑1 (MQ=255) cggACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTg > 8:273140/1‑149 (MQ=255) tggctggcCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGtttt > 5:325403/1‑147 (MQ=255) gctggcCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAgg < 5:343982/149‑1 (MQ=255) gcCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCTCTGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTc < 1:74260/149‑1 (MQ=255) cTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTgg < 6:203076/149‑1 (MQ=255) tttGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGACCGGGATTGGCT‑TGc > 2:123576/1‑104 (MQ=255) tGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAAGGGGATTGGCT‑TGCCAAGCTGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGgtc < 6:325403/148‑1 (MQ=255) gCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGCAGGCTTAGTCCTGAGCACCGACGGCCTTCTCCGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGAATGGCT‑TGCCAAGCGGGACGAGATGCACATTCATGCTGGTTGTCAGGGTCTGGtcgtcg > 4:277505/1‑148 (MQ=255) gCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGAtt < 7:95610/91‑1 (MQ=255) gCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGAtt > 8:95610/1‑91 (MQ=255) gCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGcc > 2:217004/1‑99 (MQ=255) cGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGtcgtcg > 8:9453/1‑147 (MQ=255) gCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGc > 6:130663/1‑149 (MQ=255) ccTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCGCTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTg > 3:79166/1‑149 (MQ=255) ccTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTg > 2:232611/1‑149 (MQ=255) gAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGt < 3:324875/92‑1 (MQ=255) gAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGt > 4:324875/1‑92 (MQ=255) gAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGccc < 7:273140/148‑1 (MQ=255) ggCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCTGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGTTTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCGTCATGCTGGTTTTCAgtg < 6:277347/120‑3 (MQ=255) ggCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGACGGACTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATATCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATATGCACCTTCATGCTGGTTTTCAggg > 5:277347/1‑120 (MQ=255) ccGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGCCCTGGTc < 2:312753/149‑1 (MQ=255) gAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGCCCTGGTCa > 8:175876/1‑148 (MQ=255) ggCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGCCCTGGTCAAAGc < 1:232611/149‑1 (MQ=255) aTAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGCCCTGGTCAAAGCCGa > 3:185882/1‑149 (MQ=255) aGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGCCCTGGTCAAAGCCGATGGCGCCg < 7:9453/148‑1 (MQ=255) cgGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGCCCTGGTCAAAGCCGATGGCGCCGATGTCCAGc > 5:125346/1‑149 (MQ=255) ctcGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGCCCTGGTCAAAGCCGATGGCGCCGATGTCCAGCTGCCAtt > 2:48645/1‑149 (MQ=255) ggCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCGCTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGCCCTGGTCAAAGCCGATGGCGCCGATGTCCAGCTGCCATTTg < 4:79166/148‑1 (MQ=255) gcgcTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGCCCTGGTCAAAGCCGATGGCGCCGATGTCCAGCTGCCATTTGGa < 5:130663/149‑1 (MQ=255) cgcTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGCCCTGGTCAAAGCCGATGGCGCCGATGTCCAGCTGCCATTTGGaa < 8:171074/149‑1 (MQ=255) cTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGCCCTGGTCAAAGCCGATGGCGCCGATGTCCAGCTGCCATTTGGAAgg > 5:22945/1‑149 (MQ=255) ccTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGCCCTGGTCAAAGCCGATGGCGCCGATGTCCAGCTGCCATTTGGaa < 4:310488/143‑1 (MQ=255) ccTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGCCCTGGTCAAAGCCGATGGCGCCGATGTCCAGCTGCCATTTGGaa > 3:310488/1‑143 (MQ=255) ccTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGCCCTGGTCAAAGCCGATGGCGCCGATGTCCAGCTGCCATTTGGAAGGTTCg < 6:125346/149‑1 (MQ=255) cGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGCCCTGGTCAAAGCCGATGGCGCCGATGTCCAGCTGCCATTTGGAAGGTTCGGCGttt < 4:185882/149‑1 (MQ=255) | ACGGCTGGCTGGCGTCCTGCAGGGCCAGCAGGCCACCGATCTTGCCGGTGCCGGACACTGGCTGGCCTTTGTAGCGGCCCTGGGCCTTGAGGCCGAAGGCATAGTCCTGAGCACCGCCGGCCTTCTCGGCGCTGGCCTTGCCGACAATCTCACTGAACGGGATTGGCT‑TGCCAAGCGGGTCGATCTGCACCTTCATGCTGGTTTTCAGGGTCTGGTCGTCGAAGCTGACGTTGCCCTGGTCAAAGCCGATGGCGCCGATGTCCAGCTGCCATTTGGAAGGTTCGGCGTTT > NC_002947/5524137‑5524426 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |